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大学共同利用機関法人 自然科学研究機構

基礎生物学研究所

国際連携

NIBBコンファレンス - 開催リスト

The 67th NIBB Conference / The 6th Quest for Orthologs Meeting "Quest for Orthologs"

Organizers Ikuo Uchiyama (NIBB)
Christophe Dessimoz (UNIL)

Toni Gabaldón Estevan (CRG)
Erik Sonnhammer (SU)
Paul D. Thomas (USC)
Wataru Iwasaki (UTokyo)
Shigehiro Kuraku (RIKEN BDR)
Shuji Shigenobu (NIBB)
Venue Okazaki Conference Center, Okazaki, Japan
Date Jul. 31-Aug. 2, 2019
Link オフィシャルサイト (http://www.nibb.ac.jp/conf67/)
Poster The 67th NIBB Conference / The 6th Quest for Orthologs Meeting

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「オーソログの探求」
 

 本会議は、多様な生物に対象が拡大しているゲノム研究において、それらを種間で比較する際の基盤技術である「オーソログ解析」に焦点をあて、その基礎から応用までを俯瞰することを目指して開催された。本会議の母体は、オーソログ推定の方法論の開発者を中心として形成された国際コンソーシアムQuest for Orthologs会議である。2009年から隔年で開催されており、オーソログ解析にまつわる最新の研究発表や情報交換に加えて、手法評価のためのベンチマークや、入力に用いるリファレンス配列セット、オーソログ関係を表現する共通フォーマットなど、共通の課題について議論を行い成果を挙げてきた。10年目の節目となる本会議は、欧米以外としては初めて日本での開催となり、約半数が日本からの参加者であった。本分野における日本の存在を一定程度アピールできたと思う。また、今回「NIBBコンファレンス」として開催するにあたり、当研究所で行われている多様な生物を用いた研究への応用を念頭に、オーソログ解析手法の遺伝子機能推定や進化学研究への応用にも力点を置いた構成とした。方法論の開発者が中心のコンソーシアムにとっても刺激的な会となったのではないかと思う。
 会議は、それぞれオーソログ解析の手法やデータベースの開発、機能推定への応用、進化解析への応用、オーソログ解析に関する新たな課題をテーマとした4つのセッションからなり、4件の基調講演を含む招待講演22件に加え、若手研究者による一般口頭発表8件とポスター発表14件が行われた。2日目の最後にはRound table discussionが行われ、オーソログ解析手法を開発する立場と応用する立場の研究者の間で活発な議論が展開された。
 全体的に、本会議はオーソログ解析の方法論という分野にフォーカスしつつ、基礎から応用まで幅広い観点からの発表が揃い、ゲノム研究を支える基盤として、本分野の現状と将来を俯瞰する良い機会となったと思う。また、コンソーシアムの意向もあって、若手研究者向けの旅費支援に予算の多くをあて、国内外から多くの若手研究者が参加したことも、議論を活性化する助けとなった。本会議を盛り上げていただいたすべての発表者・参加者の皆様、財政的支援をいただいた日本バイオインフォマティクス学会と大幸財団、並びに会の運営を強力に支援していただいた研究力強化戦略室国際連携グループの皆様に深く感謝します。
 
内山 郁夫 (ゲノム情報研究室)


 

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Program
Program  
July 31 (Wed) at the Okazaki Conference Center (OCC)
Optional Session
10:00 - 12:00 QfO Consortium Session I: Working Group Update
   
12:00 - 13:00 Registration
Opening Remarks 
13:00 - 13:05 Naoto Ueno (Vice-Director General, National Institute for Basic Biology, Japan)
   
13:05 - 13:10 Ikuo Uchiyama (National Institute for Basic Biology, Japan)
   
Session 1
13:10 - 13:35 "Quest for Orthologs at 10 years"
  Christophe Dessimoz (University of Lausanne, Switzerland)
   
13:35 - 14:00 "InParanoid improvements and spin-offs"
  Erik Sonnhammer (Stockholm University, Sweden)
   
14:00 - 14:25 "Ortholog Finder: A Tool for Constructing an Ortholog Data Set for phylogenetic analysis"
  Tokumasa Horiike (Shizuoka University, Japan)
   
14:25 - 14:40 "A genetic algorithm for refining orthology determinations"
  Madison Hansen (American Museum of Natural History, USA)
   
14:40 - 15:10 Coffee Break
   
15:10 - 15:45 "OrthoFinder: phylogenetic orthology inference for comparative genomics"
  Steven Kelly (University of Oxford, UK)
   
15:45 - 16:10 "Orthology predictions at scale in Ensembl"
  Mateus Patricio (EMBL-EBI, UK)
   
16:10 - 16:35 "Orthology Relationships among Pan-Genomes: the Microbial Genome Database (MBGD) for Exploring Microbial Diversity"
  Ikuo Uchiyama (National Institute for Basic Biology, Japan)
   
16:35 - 16:50 "OrthoDB Recent Developments"
  Evgenia Kriventseva (University of Geneva Medical School, Switzerland)
   
16:50 - 17:00 "Investigating evolutionary histories with OrthoInspector 3.0"
  Yannis Nevers (ICUBE/University of Strasbourg, France)
   
17:00 - 17:10 Short Break
   
Poster Session
17:10 - 17:50 Poster Flash Talk
17:50 - 18:50 Poster Session
   
August 1 (Thu) at the Okazaki Conference Center (OCC)
Session 2
09:00 - 09:35 "From KEGG Orthology to Modules and Human Diseases"
  Minoru Kanehisa (Kyoto University, Japan)
   
09:35 - 10:00 "Towards accessible functional discovery in any fully sequenced genome"
  Damian Szklarczyk (University of Zurich, Switzerland)
   
10:00 - 10:25 "Targeted and feature-aware searches in the quest for functionally
equivalent—and diverged—orthologs in large taxon collections"
  Ingo Ebersberger (Goethe University Frankfurt, Germany)
   
10:25 - 10:50 Coffee Break
   
10:50 - 11:15 "Uncovering Strategies and Evolution of Microbes by Comparative
Genomics, Comparative Metagenomics, and Metaepigenomics"
  Wataru Iwasaki (The University of Tokyo, Japan)
   
11:15 - 11:40 "Multi-level phylogenetic profiling with BLUR"
  Odile Lecompte (ICUBE/University of Strasbourg, France)
   
11:40 - 11:50 "Computationally Efficient Phylogenetic Profiling using Orthology Datasets"
  David Moi (UNIL, Switzerland)
   
11:50 - 12:00 "Unraveling the Microbial Gene Repertoire by Sub-gene Level Orthologous Clustering"
  Hirokazu Chiba (Research Organization of Information and Systems, Japan)
   
12:00 - 12:10 Group Photo
   
12:10 - 13:00 Lunch
   
Session 3
13:00 - 13:35 "Evolutionary Plasticity of Multidomain Proteins has Surprising Consequences for Orthology"
  Dannie Durand (Carnegie Mellon University, USA)
   
13:35 - 14:00 "Evolution of gene clustering in eukaryotes"
  Toni Gabaldón (Institute for Research in Biomedicine and Barcelona Supercomputing Center, Spain)
   
14:00 - 14:25 "Ortholog Analyses Reveal Genomic Basis of Evolutionary Novelty - Lessons from Insect Genomes"
  Shuji Shigenobu (National Institute for Basic Biology, Japan)
   
14:25 - 14:55 Coffee Break
   
14:55 - 15:20 "Orthology and ancestral genome reconstruction"
  Paul D. Thomas (University of Southern California, USA)
   
15:20 - 15:45 "Reshaping the Polyploidized Vertebrate Genomes: Case Studies on Developmental Regulators"
  Shigehiro Kuraku (RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research, Japan)
   
15:45 - 16:10 "Disparity of genomic fields may affect the fate of genes"
  Yuichiro Hara (Nagoya University, Japan)
   
16:10 - 16:20 "Fitting Evolutionary Distances to Hierarchical Orthologous Groups"
  Alex Warwick Vesztrocy (University College London, UK)
   
16:20 - 16:30 Short Break
   
16:30 - 17:30 Round Table Discussion
   
17:30 - 19:30 Banquet along with Poster Session 
   
August 2 (Fri) at the Okazaki Conference Center (OCC)
Session 4
09:00 - 09:35 "Accounting for alternative splicing for the reconstruction of gene and
transcript evolution"
  Aida Ouangraoua (Université de Sherbrooke, Canada)
   
09:35 - 10:00 "Improving Protein Sequence Quality – Shrinking the Gaps"
  William R. Pearson (University of Virginia, USA)
   
10:00 - 10:25 "Improving gene Classification with Phylo-kmers"
  Benjamin Linard (LIRMM, France)
   
10:25 - 10:50 Coffee Break
   
10:50 - 11:15 "OpenEBench. The ELIXIR Platform For Benchmarking"
  Salvador Capella-Gutierrez (Barcelona Supercomputing Center, Spain)
   
11:15 - 11:30 "Orthology Benchmarking in the Quest for Orthologs Community"
  Adrian Altenhoff (ETH Zurich / Swiss Institute of Bioinformatics, Switzerland)
   
11:30 - 11:55 "Assigning Standardized Gene Nomenclature To Vertebrate Orthologs:
Updates From The Vertebrate Gene Nomenclature Committee"
  Tamsin Jones (EMBL-EBI, UK)
   
11:55 - 12:10 "Querying Explicit and Implicit Homology Relations with ORTHology Ontology"
  Tarcisio M. de Farias (University of Lausanne, Switzerland)
   
Closing Remarks 
12:10 - 12:15 Christophe Dessimoz (University of Lausanne, Switzerland)
   
12:15 - 13:15 Lunch
   
Optional Session
13:15 - 15:00 QfO Consortium Session II: Future Planning

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