基礎生物学研究所
| Organizers | Atushi Mochizuki |
|---|---|
| Venue | Okazaki Conference Center, Okazaki, Japan |
| Date | Feb. 8-10, 2005 |
| Poster |
|
「複雑な生物ネットワークの構造と動的挙動」
生命科学における分子遺伝学的手法の進歩により、遺伝子の制御や相互作用に関する膨大な情報が得られるようになった。これらの情報を，生物としての高次な振る舞いへと結びつけることが、生命科学の次の課題である。しかし多数の遺伝子が相互作用して、高次生命現象を作り出す機構を、実験だけから解くのは容易ではない。これに答える手法として、情報科学や数理科学の可能性が、現在注目されている。
この会議では、様々な生命現象に対して、数理・計算機的手法を用いて取り組む研究者や、これらの手法に関心のある実験研究者に広く参加を呼びかけ、国際交流を行った。国内外から 91 名 ( 海外から 12 名 ) の参加者を得て、39 題の研究発表がなされ、活発な議論が進められた。これまで、生命現象を対象とした数理的・計算機的研究は、バイオインフォマティクスや数理生物学、物理学など、異なる領域のそれぞれにおいて進められてきた。これら異分野間の研究者が、一同に会する画期的な会議となった。
会議のキーワードとして、理論分野で注目を集めている「相互作用のネットワーク」を特に重視した。現在、代謝系から生態系まで、生命現象の様々なレベルにおける相互作用構造に関して、理論的研究が活発に行われている。それら異なる生命現象を対象とした研究が、この会議に於いては統一的に議論された。また、ネットワーク構造が生み出す、動的な振る舞いを明示することが、次の重要課題であるとの共通認識が得られた。この会議から始まる交流が、それぞれの分野をさらに発展させると期待できる。会議終了後には参加者の多くから、 理論生命科学の将来の方向を予期させる会議であった、との謝辞が寄せられた。
| Program | |
| February, 8th, 2005 | |
| 9:00 - 10:20 | Registration |
| 10:30 - 10:40 | Welcome address |
| Motoya Katsuki (Director-General, NIBB) | |
| Session 1 | Chair: Tatsuya Akutsu |
| 10:40 - 11:20 | Metabolic networks - plasticity and utilization |
| Eivind Almaas | |
| 11:20 - 12:00 | Supervised network inference |
| Jean-Philippe Vert | |
| 12:00 - 13:30 | Lunch (at the Conference Hall) |
| Session 2 | Chair: Jean-Philippe Vert |
| 13:30 - 14:10 | Building genetic networks with multivariate Markov chains |
| Wai Ki Ching | |
| 14:10 - 14:50 | On construction and transformation of scale-free networks |
| Tatsuya Akutsu | |
| 14:50 - 14:10 | Break |
| Session 3 | Chair: Wai Ki Ching |
| 15:10 - 15:50 | Inferring transcriptional networks from genome sequence data |
| Kenta Nakai | |
| 15:50 - 16:30 | Interpretation of metabolic networks |
| Masanori Arita | |
| 16:30 - 16:50 | Break |
| Session 4 | Chair: Kenta Nakai |
| 16:50 - 17:30 | The robot scientist project |
| Ross D. King | |
| 17:30 - 17:50 | Emergence of complex dynamics in a simple model of signaling networks |
| Albert Diaz-Guilera | |
| 17:50 - 18:10 | Scale-free network with geometrical structures |
| Satoru Morita | |
| 18:30 - 20:30 | Reception |
| February, 9th, 2005 | |
| Session 5 | Chair: Cyrill Muratov |
| 9:00 - 9:40 | An analytical study of the number of steady states in gene regulatory networks |
| Atsushi Mochizuki | |
| 9:40 - 10:20 | Understanding bistability in complex biochemical reaction networks |
| Gheorghe Craciun (Video Presentation) | |
| 10:20 - 10:40 | Break |
| Session 6 | Chair: Atsushi Mochizuki |
| 10:40 - 11:20 | Connecting network topology and dynamics in gene regulatory and signal transduction networks |
| Reka Albert | |
| 11:20 - 12:00 | |
| John Reinitz | |
| 12:00 - 13:30 | Lunch (at theConference Hall) |
| Session 7 | Chair: Reka Albert |
| 13:30 - 14:10 | Transmission of autocrine signals in epithelial layers: modeling and analysis |
| Cyrill Muratov | |
| 14:10 - 14:50 | Suppressing randomness in gene networks |
| Johan Paulsson | |
| 14:50 - 15:10 | Break |
| Session 8 | Chair: Johan Paulsson |
| 15:10 - 15:30 | Stochastic dynamics of coupled repressilators |
| Mitsumasa Yoda | |
| 15:30 - 15:50 | Mathematical analysis of interrelationship between plasmid copy number control systems and plasmid instability |
| Tetsuya J. Kobayashi | |
| 15:50 - 16:10 | From network motifs to morphogenesis |
| Shuji Ishihara | |
| 16:10 - 18:10 | Poster Presentation |
| 18:10 - 19:30 | Mixer (at the Conference Hall) |
| February, 10th, 2005 | |
| Session 9 | Chair: Kei Tokita |
| 9:00 - 9:40 | Gene regulatory network models for plant cell determination and spatio-temporal patterning |
| Elena Alvarez-Buylla Roces | |
| 9:40 - 10:20 | How do animals get their stripes? |
| Shigeru Kondo | |
| 10:20 - 10:40 | Break |
| Session 10 | Chair: Elena Alvarez-Buylla Roces |
| 10:40 - 11:20 | Complex systems biology: relevance of phenotypic fluctuations to evolution and adaptation |
| Kunihiko Kaneko | |
| 11:20 - 12:00 | Somatic evolution of cancer |
| Yoh Iwasa | |
| 12:00 - 13:30 | Lunch (at the Conference Hall) |
| Session 11 | Chair: Yoh Iwasa |
| 13:30 - 14:10 | Species abundance patterns in complex evolutionary dynamics |
| Kei Tokita | |
| 14:10 - 14:50 | Structure and Nonlinear Dynamics of Complex Ecological Networks |
| Neo Martinez | |
| 14:50 - 15:10 | Break |
| Session 12 | Chair: Neo Martinez |
| 15:10 - 15:30 | Frequency dynamics of lateral dimorphism in fishes |
| Mifuyu Nakajima | |
| 15:30 - 15:50 | Evolutionary dynamics of frequency-dependent growth strategy in cannibalistic amphibians |
| Joe Yuichiro Wakano | |
| 15:50 - 16:10 | The complexity-stability relationship of adaptive food webs |
| Michio Kondoh | |
| 16:10 - 16:20 | Closing remarks |
| Neo Martinez | |
