日本学術会議は、第46回総会において、生物研究所(仮称) 並びに生物科学研究交流センター(仮称) の設立について内閣総理大臣に勧告した。

学術審議会は、分子科学研究所、基礎生物学研究所(仮称) 及び生理学研究所(仮称)を緊急に設立すべき旨、文部大臣に報告した。

基礎生物学研究所 創設。生理学研究所と共に生物科学総合研究機構を形成。

桑原萬壽太郎 初代所長就任。3研究系(細胞生物学研究系・発生生物学研究系・制御機構研究系)、培養育成研究施設及び技術課が設置された。創設当初は愛知教育大旧図書館を仮庁舎として使用した。

第１回 基礎生物学研究所コンファレンス 開催。

基礎生物学研究所 研究実験棟第１期竣工。

岡崎国立共同研究機構 創設。分子科学研究所及び生物科学総合研究機構(基礎生物学研究所、生理学研究所)は総合化され、3研究所は岡崎国立共同研究機構として一体的に運営されることとなった。

金谷晴夫 第２代所長就任。

岡田節人 第３代所長就任。

最先端の研究技術の国内若手研究者への普及を目指し、 第一回バイオサイエンストレーニングコースが開催された。

創立10周年を記念し、記念式典と施設公開を実施した。「転換期をむかえた生物科学」と題した10周年記念講演会が京都にて開催された。

日本初の大学院大学である、国立大学総合研究大学院大学 創設。基礎生物学研究所には生命科学研究科分子生物機構論専攻（３年制の博士課程 ）が設置された。

形質統御実験施設 設置。

竹内郁夫 第４代所長就任。

毛利秀雄 第５代所長就任。

基礎生物学研究所研究実験棟に隣接して、形質統御実験棟が竣工した。

創立20周年を迎え、記念式典が新たに竣工した岡崎コンファレンスセンターにて行われた。

形質転換生物研究施設 設置。

生命環境科学研究センター 設置。

共通研究施設として、統合バイオサイエンスセンター、計算科学研究センター、動物実験センター、アイソトープ実験センター 設置。

情報生物学研究センター 設置。

勝木元也 第６代所長就任。

山手地区に山手１号館と２号館東が竣工。以後山手地区には2004年3月までに順次、5号館までが竣工した。

生物学が取り組むべき新たな研究分野の国際的コミュニティー形成を支援する為の国際研究集会として、第1回生物学国際高等コンファレンス（Okazaki Biology Conference）が開催された。

大学共同利用機関法人自然科学研究機構 創設。国立大学法人法の施行により、国立天文台、核融合科学研究所、基礎生物学研究所、生理学研究所及び分子科学研究所が統合再編され、大学共同利用機関法人自然科学研究機構となった。3研究系の廃止とともに研究部門名を変更し、新たに研究室を設けた。統合バイオサイエンスセンターは岡崎統合バイオサイエンスセンターに名称変更。総合研究大学院大学は国立大学法人に移行。 生命科学研究科分子生物機構論専攻に５年一貫制の博士課程が設置された。

連携・広報企画運営戦略室を設置。総合研究大学院大学分子生物機構論専攻は基礎生物学専攻に名称変更された。

欧州分子生物学研究所(EMBL)と自然科学研究機構との間で共同研究協定が調印された。基礎生物学研究所とEMBLとの連携活動開始。

バイオサイエンストレーニングコースにかわり、国内外の若手研究者を対象とした国際的な研究技術普及および交流活動として、第1回 NIBB International Practical Courseが開催された。

岡田清孝 第7代所長就任。

基礎生物学研究所は、創設30周年を迎えた。6月1日に30周年記念式典が開催された。

山本正幸 第8代所長就任。

阿形清和 第9代所長就任。