English

大学共同利用機関法人 自然科学研究機構

基礎生物学研究所

大学院

シラバス

アドバンストコンファレンスI

科目コード 20DBB029
生命科学研究科
基礎生物学専攻
共通
学年 1年 2年 3年 4年 5年
1単位 通年
内山 郁夫
 
 
■授業の概要
NIBBコンファレンス「Quest for Orthologs」に参加して、比較ゲノム解析の基礎であるオーソログ解析に関する先端的な研究成果を聴講する。
 
■到達目標
本会議のテーマであるオーソロジー推定の方法論とその応用についての先端的な話題を聴講して、比較ゲノム解析に関する基盤的技術についての理解を深める。また、「Questfor Orthologs」は国際的な研究コンソーシアムの一つであり、その議論に参加することで国際的な研究コミュニケーションのあり方について学ぶ。
 
■成績評価
会議に参加してレポートを提出すること。その内容によって評価する。レポートは、興味を持った発表の内容や所感などについてA4用紙1枚程度にまとめて、8月16日までに内山(uchiyama@nibb.ac.jp)宛にメールで提出すること。
 
■授業計画
7/31 - 8/2 NIBBコンファレンス「Quest for Orthologs」
シーケンス技術の進展により、非モデル生物を含む多様な生物種でゲノム解読が進展するようになり、多くの生物学者が自らの研究に比較ゲノム解析のアプローチを取り入れることが可能になってきた。本コンファレンスでは、比較ゲノム解析の基礎となるオーソログ解析に焦点を当てつつ、その方法論課題の解決やデータベースの構築、大規模なデータ解析に基づく進化学上の進展などのインフォマティクス側からの発表に加えて、非モデル生物やメタゲノム解析など、比較ゲノム解析アプローチを使った研究を行っている生物学者側からの発表も交えて、比較ゲノム学や進化ゲノム学の基盤的な議論を深めることを目標とする。会議中には、招待講演や口頭発表に加えて、主に若手研究者に向けたショートトークやポスター発表の場が設けられ、また「Quest for Orthologs」コンソーシアムの活動の一環として、方法を評価するためのベンチマークやリファレンスデータセットの作成などに関する議論も行われる予定である。これらの議論に積極的に参加することが期待される。
 
■実施場所
岡崎コンファレンスセンター
 
■使用言語
英語
 
■教科書・参考図書
教科書・参考書は特に指定しないが、参考文献として以下の論文を挙げる。
 
本会議の名称の元にもなったオーソログ推定の方法論に関するレビュー
Kuzniar, A. et al. The quest for orthologs: finding the corresponding gene across genomes. Trends Genet., 24, 539,2008.
 
前々回のQuest for Orthologs会議のレポート
Forslund, K. et al. Gearing up to handle the mosaic nature of life in the quest for orthologs. Bioinformatics, 34, 323, 2018.
 
オーソログ推定の標準ベンチマークについて述べた論文
Altenhoff, A.M. et al. Standardized benchmarking in the quest for orthologs. Nat. Methods, 13, 425, 2016.
 
■関連URL
URL:http://www.nibb.ac.jp/conf67/
 
■上記URLの説明
コンファレンスのWebサイト。
 
■備考・キーワード