2024年度は開講されません。以下は2023年度開講時の情報です。
バイオインフォマティクス
後期
1 単位
47 基礎生物学コース
重信秀治、内山郁夫、野澤昌文
A,B,C,Dの4段階評価
レベル：Level 2
力量：専門力
■授業の概要
DNAやアミノ酸の配列解析を中心としたバイオインフォマティクスの基礎を学ぶ。 配列解析を支えるアルゴリズムの理解から、ゲノム解析やトランスクリプトーム解析への応用までをカバーする。2日間の集中講義として実施し、⼀部ハンズオン演習を導入する。
■到達目標
以下の3つの目標の達成を目指す。
（１）DNAシーケンスやアミノ酸配列などの生物学的配列情報の解析法の基本原理を理解する。
（２）ゲノムやトランスクリプトームデータを解析する基本的なスキルを身につける。
（３）ゲノム科学やバイオインフォマティクス研究の現状を知り、ビッグデータ時代の生命研究の展望について議論する。
■成績評価方法
講義・演習での活動(出席状況を考慮する)50%、レポート課題(1回)50%。
■授業計画
2日間の集中講義として開催する。
2023年11月1日（水）- 11月2日（木）
場所：第一セミナー室（基礎生物学研究所）
1日目
第1回: Introduction / Biological sequence analysis 1 (pairwise alignment)
第2回: Biological sequence analysis 2 (multiple alignment, motifs)
第3回: Biological sequence analysis 3 (molecular evolution)
第4回: Genome analysis 1 (genome assembly and gene prediction)
2日目
第5回:Genome analysis 2 (gene annotation and ortholog analysis)
第6回:Transcriptome analysis 1 (RNA-seq and other omics technologies)
第7回:Transcriptome analysis 2 (clustering, multivariate analysis)
第8回:Biological databases and current topics (big data and AI in biology)
講師：重信秀治（総研大・基礎生物学研究所）、内山郁夫（総研大・基礎生物学研究所）、野澤昌文（東京都立大；外部講師）
■実施場所
基礎生物学研究所（部屋の詳細は調整中）
■使用言語
英語
■教科書・参考図書
特に指定しない。UNIXの基本的なコマンドライン操作に習熟していることが望ましい。
■他コース学生が履修する際の注意事項
基礎生物学コース以外の履修希望者は、履修登録期間内に、岡崎統合事務センター国際研究協力課大学院係（r7139@orion.ac.jp）まで連絡すること。
■キーワード
バイオインフォマティクスゲノム科学
トランスクリプトーム進化
ビッグデータ
