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大学共同利用機関法人 自然科学研究機構

基礎生物学研究所

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共同利用研究

トレーニングコース - 開催リスト

ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース2021夏「RNA-seq入門 - NGSの基礎からde novo解析まで」

Organizers 重信 秀治、内山 郁夫(基礎生物学研究所)
Venue オンライン
Date Aug. 25-26, Sep. 15-16, 2021
Link ウェブサイト (https://www.nibb.ac.jp/gitc/2021-1st/)
バイオインフォマティクスを専門としない生物学研究者を対象に、次世代シーケンシング(NGS)技術を使ったトランスクリプトーム解析(RNA-seq)をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目的としたコースです。 次世代シーケンスデータのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にするde novo RNA-seq 解析などの発展的内容までカバーします。講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行います。
本コースは、NGS解析入門とRNA-seq入門の2つから構成され、それぞれ2日間の日程で開催されます。NGS解析入門では、データ解析を行う際の共通の基盤として、UNIXオペレーティングシステムや統計解析パッケージRの基本的な使い方を学んだ上で、NGS解析と統計学の基礎を学習し、NGSデータ解析を想定した演習を行います。RNA-seq入門では、RNA-seqによる発現変動解析の原理を理解した上で、実践的なデータ解析パイプラインを習得します。


NGS解析入門
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RNA-seq入門
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Program
「NGS解析入門 : UNIX・R・NGSの基本」  2021年8月25日(水) 10:00~ 26日(木)17:30
    UNIX基礎
    シェルスクリプト
    R入門
    NGS基本データフォーマット
    NGS基本ツール
    テキスト処理
    統計学入門
    演習

「RNA-seq入門 : RNA-seq解析パイプライン」  2021年9月15日(水) 10:00~ 16日(木)17:30
    RNA-seq入門 概論
    NGS基本データフォーマット復習
    NGS基本ツール:Bowtie2、samtools、IGVなど
    RNA-seq基礎・トランスクリプトベース・ゲノムベース・de novo
    多変量解析
    機能アノテーションと GO 解析
    実践演習
    まとめ