基礎生物学研究所
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2021 夏
「RNA-seq入門 - NGSの基礎からde novo 解析まで」
1. NGS解析入門 : UNIX・R・NGSの基本
2021年8月25日(水)10:00 〜 8月26日(木)17:30
バイオインフォマティクスを専門としない生物学研究者を対象に、次世代シーケンシング(NGS)技術を使ったトランスクリプトーム解析(RNA-seq)をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目的としたコースです。 次世代シーケンスデータのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にするde novo RNA-seq 解析などの発展的内容までカバーします。講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行います。
本コースは、NGS解析入門とRNA-seq入門の2つから構成され、それぞれ2日間の日程で開催されます。NGS解析入門では、データ解析を行う際の共通の基盤として、UNIXオペレーティングシステムや統計解析パッケージRの基本的な使い方を学んだ上で、NGS解析と統計学の基礎を学習し、NGSデータ解析を想定した演習を行います。RNA-seq入門では、RNA-seqによる発現変動解析の原理を理解した上で、実践的なデータ解析パイプラインを習得します。
次世代シーケンサーによるトランスクリプトーム実験 (RNA-seq)を行っている、もしくは行おうとしている研究者。本トレーニングコースは、バイオインフォマティクス専門家の養成コースではなく、いわゆる”wet”研究者がどのようにインフォマティクスを自分の研究課題に援用するかを学ぶことを目指しています。
本トレーニングコースはそれぞれ独立しているため片方のみの受講も可能ですが、NGS解析入門とRNA-seq入門の両方の受講が最も効果的です。
ただし、RNA-seq入門のみの受講希望者は、NGS解析入門を過去に受講したことがあるか、NGS解析入門修了相当のスキルをすでに習得していることを条件とします。
本トレーニングコースの受講対象者は、大学もしくは学術機関に所属する研究者、職員および学生といたします。
UNIX基礎
シェルスクリプト
R入門
NGS基本データフォーマット
NGS基本ツール
テキスト処理
統計学入門
演習
RNA-seq入門 概論
NGS基本データフォーマット復習
NGS基本ツール:Bowtie2、samtools、IGVなど
RNA-seq基礎・トランスクリプトベース・ゲノムベース・de novo
多変量解析
機能アノテーションと GO 解析
実践演習
まとめ
オンラインでの開催となります。基礎生物学研究所まで来ていただく必要はございません。
申し込み受付開始: 2021年6月28日(月)
申し込み〆切: 2021年7月25日(日)
募集定員: 26名
受講料:無料
受付開始後に掲載する応募登録フォームよりご応募下さい。
googleformを利用した登録となります(外部のページに移動します)。
こちらのフォームからメールアドレスを送信していただくと、応募登録のフォームのURLが記載されたメールをメールアドレスにお送りします。
メール内容を確認していただき、応募登録フォームをご記入ください。
本ホームページの登録フォームだけを送信しても応募登録が完了しませんのでご注意ください。
応募者多数の場合は選考となります。受講の可否は2021年8月4日頃までにメールにてお知らせします。
新型コロナウィルス(COVID-19)感染症への対応として、今回のトレーニングコースはオンライン方式で開催いたします。受講生の皆様には、インターネットに接続可能なコンピュータをご自身でご準備をお願いします。
本トレーニングコースの受講対象者は、大学もしくは学術機関に所属する研究者、職員および学生といたします。
使用パソコンについて
参加者の方がお持ちのパソコンで実習を行います。
講義配信画面と実習画面を同時に開くため、有線LAN接続環境および複数ディスプレイを用意していただけるとより快適に受講していただけます。
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース事務局
E-mail : nibb-gitc@nibb.ac.jp
TEL : 0564-55-7626