基礎生物学研究所
総研大は他大学に比べて、大学院生に対する教員数が非常に多く、それぞれの学生にあった十分な個別指導が行える体制です。現在基礎生物学コースでは、総研大生43名に対して教員の57名体制（2025年4月1日現在）で教育を行っています。また、一人の学生を複数の教員が指導する複数教員指導体制をとっており、所属研究室の枠を超えて指導を受けることができます。また研究所には教員以外にも多くの研究者が在籍しており、共同研究や交流を行うことができます。
基礎生物学研究所では、国内外から講師を招き、数多くのセミナーが日常的に行われています。また、隣接する生理学研究所、分子科学研究所で行われるセミナーに参加することも可能です。セミナーは研究者としての視野を広げる良い機会となっています。
基礎生物学研究所では世界各国の様々な研究機関（EMBL 欧州分子生物学研究所、シンガポールのテマセク生命科学研究所、アメリカのプリンストン大学など）と学術交流協定を結び、連携活動を行っています。大学院生にも、連携先の研究機関を訪問するなどの学術交流の機会があります。また、基礎生物学研究所では、研究所主催の国際会議を岡崎の地で数多く開催しています。本専攻は、このような国際的学術交流を通じて、世界を身近に感じられる環境にあります。授業では英会話学習に力を入れており、外国人教師による実践的な英語教育を行っています。
基礎生物学研究所には、大学共同利用機関として全国の大学や研究所と共同研究を進めるための十分な設備と環境が整備されています。超階層生物学センターなどには数多くの最新鋭の共通機器があり、専門職員のサポートの元に利用することが出来ます。
大学院生は、全学年でリサーチアシスタントとして研究所の研究活動に参加することにより、全学年で年間約100万円の給与を得ることができます。
基礎生物学コースでは、高度な研究者養成を目標として教育活動を行っています。過去5年間の学位取得者の70％が、助教や博士研究員などの研究者として活躍しています。
総合研究大学院大学では、高い専門性とともに幅広い分野の教養を持った人材の育成を目指しています。また、総研大レクチャーや海外研修など、ユニークな勉学の機会があります。
５年一貫制博士課程：
北海道大学 旭川工業高等専門学校 弘前大学 東北大学 山形大学 埼玉大学 東京大学 東京農工大学 東京農業大学 東京理科大学 早稲田大学 慶應義塾大学 学習院大学 お茶の水女子大学 国際基督教大学 北里大学 山梨大学 横浜薬科大学 法政大学 信州大学 石川県立大学 岐阜大学 福井工業大学 石川大学 静岡大学 名古屋大学 名古屋工業大学 愛知教育大学 名古屋市立大学 大阪医科大学 京都工芸繊維大学 同志社大学 立命館大学 奈良女子大学 神戸大学 神戸大学付属中等教育学校 島根大学 山口大学 山陽小野田市立山口東京理科大学 高知大学 九州大学 Capital Normal Univ.(China), Stellenbosch Univ.(SouthAfrica), Mulawarman Univ.(Indonesia), Peking Univ.(China), Univ.of Sains Malaysia(Malaysia), Univ. of Belgrade(Serbia), Univ. of Pécs(Hungary), Vietnam National Univ.(Vietnam), Justus Liebig Univ.(Germany), AbdulWali Khan Univ.(Pakistan), Hanoi Univ. of Science(Vietnam), Vietnam National Univ. (Vietnam), Gyeongsang National Univ.(South Korea) [２０１１年度 - ２０２５年度 入学者]
博士後期課程：
北海道大学大学院 東北大学大学院 筑波大学大学院 千葉大学大学院 東京大学大学院 東京工業大学大学院 日本大学大学院 東京理科大学大学院 東京農業大学大学院 早稲田大学大学院 お茶の水女子大学大学院 北里大学大学院 麻布大学大学院 長岡技術科学大学大学院 石川県立大学大学院 名古屋大学大学院 名城大学大学院 三重大学大学院 奈良女子大学大学院 立命館大学大学院 京都府立医科大学大学院 大阪薬科大学大学院 広島大学大学院 岡山大学大学院 高知大学大学院 九州大学大学院 福岡大学(薬学部) 宮崎大学大学院 熊本大学大学院 Beihua Univ.(China), Capital Normal Univ.(China), Tarim Univ.(China), Huazhong Agricultural Univ.(China) [２０１１年度 - ２０２５年度 入学者]
