生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シーケンシング(NGS)技術を使ったトランスクリプトーム解析（RNA-seq）をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目的としたコースです。 次世代シーケンスデータのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にする
de novo RNA-seq 解析などの発展的内容までカバーします。講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行います。
本コースは、準備編と実践編の２つから構成され、それぞれ2日間の日程で開催されます。準備編では、データ解析を行う際の共通の基盤として、Unixオペレーティングシステム、および統計解析パッケージRの基本的な使い方を学習します。UnixやRのコマンドを使った基本的な処理の流れを習得することを目的としますが、演習では次世代シーケンサーのデータ解析を想定した例題も扱います。実践編では、RNA-seqによる発現変動解析の原理を理解した上で、実践的なデータ解析パイプラインを習得します。
受講者 準備編30名・実践編27名（応募118名）
Program
「準備編 ： UNIX・R・NGSの基本」 2019年2月21日（木）10:00～ 22日（金）17:30
UNIX基礎
シェルスクリプト
R入門
NGS基本データフォーマット
NGS基本ツール
テキスト処理
演習
「実践編 ： RNA-seq解析パイプライン」 2019年3月14日（木） 10:00～ 15日（金）17:30
RNA-seq入門 概論
NGS基本データフォーマット復習
NGS基本ツール：Bowtie2、samtools、IGVなど
統計学入門
RNA-seq基礎・トランスクリプトベース・ゲノムベース・de novo
多変量解析
機能アノテーションと GO 解析
実践演習
まとめ
