基礎生物学研究所
| Organizers | 重信 秀治、内山 郁夫、三輪 朋樹、山口 勝司、西出 浩世、中村 貴宣（基礎生物学研究所）、佐藤 昌直 （北海道大学大学院） | |
|---|---|---|
| Venue | 基礎生物学研究所 | |
| Date | Aug. 25-26, 2016 | |
| Link | ウェブサイト （http://www.nibb.ac.jp/training/2016-2nd/） | |
生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シーケンシング(NGS)技術を使ったトランスクリプトーム解析（RNA-seq）をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目的としたコースです。 次世代シーケンスデータのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にするde novo RNA-seq 解析などの発展的内容までカバーします。講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行います。
本コースでは、データ解析を行う際の共通の基盤として、Unixオペレーティングシステム、および統計解析パッケージRの基本的な使い方を学習します。UnixやRのコマンドを使った基本的な処理の流れを習得することを目的としますが、演習では次世代シーケンサーのデータ解析を想定した例題も扱います。
8月25日
12:00- 受付開始
13:00-13:15 挨拶
13:15-13:45 GITC概要 [重信]
13:45-15:00 UNIX基本コマンド（前編） [三輪]
15:00-15:15 （休憩）
15:15-16:45 UNIX基本コマンド（後編） [三輪]
16:45-17:15 （休憩・復習）
17:15-18:15 R入門（前編） [内山]
8月26日
08:30-09:00 （開場・復習）
09:00-10:30 R入門（後編） [内山]
10:30-10:45 （休憩）
10:45-11:25 NGS基本フォーマット [山口]
11:25-12:00 NGS基本ツール（前編） [西出]
12:00-13:00 （昼休憩）
13:00-13:45 NGS基本ツール（後編） [西出]
13:45-14:45 UNIXによるテキストファイル処理 [中村]
14:45-15:15 生物情報解析システムの紹介 [中村]
15:15-17:00 演習
