基礎生物学研究所
| Organizers | 重信 秀治、佐藤 昌直、内山 郁夫、山口 勝司 （基礎生物学研究所・生物機能解析センター） |
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|---|---|---|
| Venue | 基礎生物学研究所 | |
| Date | Mar. 14-15, 2013 | |
| Link | ウェブサイト （http://www.nibb.ac.jp/training/2013-1st/） | |
９月６日（木）
9:30 - 受付開始(基礎生物学研究所 明大寺地区)
10:00 - 11:00 NGSデ-タ解析概論
11:00 - 12:00 UNIX入門(前編)
(Lunch:食堂)
13:00 - 14:30 UNIX入門(後編)
14:45 - 16:00 NGS基本デ-タフォ-マット
16:15 - 18:00 NGS基本ツ-ルI:mapping
18:30 - 懇親会
９月７日（金)
9:00 - 12:00 NGS基本ツ-ルII:IGV, III:samtools(途中休憩をはさみます)
(Lunch:食堂)
13:00 - 14:00 テキストデ-タ処理法
14:15 - 17:00 実践演習
実習内容：
| ①次世代シークエンサーのデータ解析概論 |
| ②UNIX入門・プログラミング入門 |
| ③次世代シークエンサーの基本データフォーマット |
| ④次世代シークエンサーの基本ツール |
| ⑤実践演習 |
①次世代シークエンサーのデータ解析概論：次世代DNAシークエンサーを用いた研究を概観し、そのデータ解析手法の現状と問題点を概説する。そして、日々進歩している次世代シークエンサーのデータ解析のためには、われわれ生物学者は何を学ばなければいけないか、を提案する。
②UNIX入門・プログラミング入門：次世代DNAシークエンサーのデータ解析にはUNIXのツールの利用が必須である。UNIXの基礎を学ぶ。また、Rubyという言語を用いて最小限のプログラミング手法も学ぶ。
③次世代シークエンサーの基本データフォーマット：fastq, GFF, BAM, bedなど次世代シークエンサーデータで頻用されるフォーマットを理解する。
④次世代シークエンサーの基本ツール：基本フォーマットを処理するための基本ツール(samtools, bedtoolsなど）を使いこなせるようにする。さらに、マッピングデータをIGVなどのツールを使って可視化する。
⑤実践演習：実データを使って実戦的な演習を行う。
