【開催案内】
This course is jointly organzied by Global BioImaging (GBI) and Advanced Bioimaging Support (ABiS), an imaging infrastructure in Japan. The course will feature an overarching topic of image data including image analysis, data management and image data reuse.
During 3-5 July, the course will kick-off at the National Institute for Basic Biology in Okazaki, Japan and will feature the following: an image analysis component, both theoretical and practical sessions (duration: 2-2.5 days) taught by Dr. Ignacio Arganda-Carreras (Network of European BioImage Analysts [NEUBIAS]), Dr. Kagayaki Kato (NIBB, Japan) and Dr. Yusaku Ohta (NIBB, Japan) and two seminars featuring OMERO data management software and IDR image repository delivered by Open Microscopy Environment (OME) members, Dr. Jean-Marie Burel and Dr. Petr Walczysko.
The image analysis topics that will be covered in Okazaki include the following:
・Image acquisition, formats and handling images
・Registration and stitching
・Visualization
・Segmentation and thresholding
During 6-7 July, the course will continue at RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research in Kobe, Japan and will feature workshops on OMERO data management software and seminars featuring BioImage Archive image repository delivered by Dr. Matthew Hartley (EMBL-EBI, United Kingdom) and SSBD database delivered by Dr. Shuichi Onami (RIKEN BDR, Japan). This course will also provide opportunities for the participants to network with each other and instructors.
【開催報告】
2023年7月3日から7日にかけて、基礎生物学研究所 岡崎コンファレンスセンターおよび理化学研究所 生命機能科学研究センターを会場として、国際トレーニングコースABiS-GBI 2023 course - Image data: image analysis, data management and reuseが開催されました。本コースは、「画像データ解析、データ管理、再利用」をテーマに、国内外の専門家による理論的および実践的なセッションが行われました。
岡崎での初日から3日間は、バイオイメージング解析の分野における協力と発展を促進するための専門家の国際ネットワークであるNEUBIAS、そして生物画像データの管理、共有、解析を効率化し標準化と相互運用性を促進するための国際的な協働体であるOMEからIgnacio Arganda-Carreras氏、Jean-Marie Burel氏、Petr Walczysko氏が、さらに基礎生物学研究所からは加藤輝、太田裕作が講師として登壇し、生物画像解析技術の習得を目的とした講習会を実施しました。セッションでは、主に生物画像処理・解析のための標準的なオープンソースのプラットフォームであるImageJ/FIJIを用いて、デジタル画像の成り立ちや画像形式といった基礎から、レジストレーション、位置合わせ画像合成、視覚化、セグメンテーション、画像を対象としたプログラミングといった応用的な技術まで幅広い内容についての講義が行われました。
ここで使用された教材はGitHub上で作成、広く公開されており、各講師がこれらの構成をもとにセッションを分担する形で進行しました。このような教材構成は、教材の執筆と講義の連環を促進し、学習効率を最適化する上で効果的であると考えられます。また、生物画像解析についての広範な技法を網羅することで、参加者それぞれのニーズに応じたスキルを深められる機会を提供する形式となっておりました。
さらに、各セッションでは「Assessment」と称した小テストが用意され、注意深く設定された設問に基づき活発な質疑応答が交わされました。その他、必要に応じて受講者に対し随時問題を課すことで、各項目における理解を深められるよう、講義が進められました。
本トレーニングコースが、今後の研究活動におけるデータ解析の質の向上、さらには国内外の生物学分野における研究者間のネットワーク強化に貢献することを期待しています。
加藤 輝（基礎生物学研究所 バイオイメージング解析室）
