大学共同利用機関法人 自然科学研究機構



EMBL - シンポジウム

Systems Biology and Functional Genomics Workshop

Organizers Luis Serrano (CRG)
Eileen Furlong (EMBL Heidelberg)
Naoto Ueno (NIBB)
Atsushi Mochizuki (NIBB)
Venue CRG, Barcelona
Date Apr. 18-19, 2008

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 Center for Genomic Regulation (CRG) は南欧最大の研究拠点のひとつであるスペイン、バルセロナリサーチパーク(Barcelona Biomedical Research Park)内にあり、バイオインフォマティクス、システム生物学から幹細胞生物学、再生医療研究まで幅広い生命科学の最先端研究を展開する研究所である。今回の基礎生物学研究所とEMBLとの合同会議はEMBLの本拠地であるハイデルベルグで研究室をもち、2007年にCRGのシステム生物学ユニットのディレクターとなったLuis SerranoとEMBL(ハイデルベルグ)でショウジョウバエの筋分化をモデルとしてクロマチン免疫沈降と高速シークエンス(ChIP法)による転写因子の網羅的標的遺伝子スクリーニングにいち早く着手して成果を上げているEileen Furlong 博士、そして望月敦史博士(基礎生物学研究所)をオーガナイザーに迎え、「システム生物学と機能ゲノム学」と題した合同会議を行った。バクテリア、酵母など単細胞における遺伝子配列レベルでのインフォマティクスやメタボロミクスから肢芽形成における細胞ダイナミクスの観察に基づくシミュレーションや細胞増殖因子シグナル、初期発生や概日リズムの遺伝子制御ネットワークなど高次機能を司る複雑なシステムにどのようにアプローチできるのかについて議論した。この会議によって、生命現象を定量的に解析する技術(マイクロアレイ、ChIP 法、3次元顕微鏡など)は日々進化しつつあるが、それらのデータからシミュレーション、数理モデルの構築、あるいは複雑な現象に潜在する生物学的な意味の抽出などに結びつけるには、各実験間での再現性、精度が高い測定・観察技術にまでデータの質を高めることも重要であることを改めて印象づける会議であった。会議の空き時間にはSerrano博士の厚意でCRGの施設見学を企画くださり、細胞培養施設、3次元顕微鏡(OPTおよびSPIM顕微鏡)など最先端設備を見学することもでき、スペインにおける生命科学の粋を集めた研究所でバルセロナでの研究生活にも触れることができた会議であった。
 本会議がきっかけとなり、後にFurlong 博士、望月博士との共同研究を中心としたHuman Frontier Science Program (HFSP) グラントが採択されたことも本会議の成果のひとつである。(上野直人)


 Center for Genomic Regulation (CRG) is located at the Barcelona Biomedical Research Park (PRBB), one of the largest research clusters in southern Europe. This meeting was held at the new CRG/PRBB building overlooking the beautiful Catalonian coast. The main purpose of the meeting was to bring Japanese and European scientists in the field together to grasp the current status of systems biology and functional genomics, and to discuss the future direction of the field. We also aimed to stimulate international collaborations between scientists. The meeting included excellent presentations on gene and protein networks, biological systems controlling higher-order phenomena such as complex morphogenesis of organs of animals and plants, and gene regulatory networking of circadian rhythm. As a result of the meeting we realized some key issues that need to be addressed are the setting-up of experimental systems by which data with minimum noise can be obtained, comprehensive collection of data sets with different conditions or genetic backgrounds, a well-designed presentation of data that allows the extraction of biological significance, and the necessity of mathematical modeling to predict the principles behind biological phenomena. There is an ever increasing amount of biological data being accumulated by the achievements of large-scale biology such as genomic, proteomics, and phenomics, and therefore we certainly need sophisticated “Systems Biology”to make the best use of them.

April 18 (Friday)
9:00 James SHARPE (CRG)
"Towards a 4D computer simulation of vertebrate limb development"
9:30 Kazuki HORIKAWA (Hokkaido University)
"Biological pattern formation assisted with coupled oscillator system"
10:00 Rob RUSSELL (EMBL)
"Protein interaction networks"
10:30 coffee-break
11:00 Jochen WITTBRODT (EMBL)
"CRM prediction across metazoans"
11:30 Paola OLIVERI (UCL)
"Global regulatory logic for specification of an embryonic cell lineage"
12:00 Takashi MIURA (Kyoto University)
"Modelling lung branching morphogenesis"
12:30 Eileen FURLONG (EMBL)
"The Dynamics of regulatory networks during development"
13:00 lunch
14:30 Shuji ISHIHARA (University of Tokyo)
"Competitive molecular localization by mass-conserved reaction-diffusion systems"
15:00 Lars HUFNAGEL (EMBL)
"Regulation of Growth during Development: Role of Mechanics"
15:30 Francois NEDELEC (EMBL)
"A model for spindle movements leading to asymmetric division in the C.elegans embryo"
16:00 coffee-break
16:30 Ivan PAPONOV (University of Freiburg)
"Chemical genetics approach to resolve the auxin signalling network"
17:00 Patrick LEMAIRE (IBDM)
"Of gene regulatory networks and cell shapes in the ascidian Ciona intestinalis"
17:30 Takashi ITO (University of Tokyo)
"Unexpected complexity of the budding yeast transcriptome"
April 19 (Saturday)
"High-resolution mapping of meiotic recombination in yeast"
10:30 Shinya KURODA (University of Tokyo) 
"Temporal coding of ERK signaling networks"
11:00 coffee-break
11:30 Mark ISALAN (CRG)
"Engineering rewired bacterial gene networks"
12:00 Shuji SHIGENOBU (NIBB)
"The symbiotic system between insect and endocelluar bacteria"
12:30 Yutaka SATOU (Kyoto University)
"Gene regulatory networks in the Ciona embryo"
13:00 lunch
14:30 Hiroki UEDA (RIKEN, CDB)
"Systems Biology of Mammalian Circadian Clocks"
15:00 Ben LEHNER (CRG)
"When is too much bad for you?"
15:30 Atsushi MOCHIZUKI (NIBB)
"Structure of regulatory networks and diversity of gene expressions"