基礎生物学研究所
| Organizers | 重信 秀治、内山 郁夫、佐藤 昌直、山口 勝司、西出 浩世、前田 太郎 （基礎生物学研究所） | |
|---|---|---|
| Venue | 基礎生物学研究所 | |
| Date | Feb. 25-27, 2015 | |
| Link | ウェブサイト （http://www.nibb.ac.jp/training/2015-1st/index.html） | |
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 「RNA-seq入門」は、生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シークエンサー（NGS）を使ったトランスクリプトーム解析（RNA-seq）をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目指したものである。NGS データのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にする de novo RNA-seq 解析などの発展的内容までを、講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行った。単にソフトウェアの使い方等小手先の技術の習得を目指すのではなく、応用のきく基本要素（実験デザインのための統計学入門やUNIX入門など）を重視したプログラム構成とした。
参加者は 22 名であり、定員（16名）を大幅に超える 62 名もの応募から書類選考を行った。回を重ねるごとに受講生の年齢層と研究分野が拡大しており、今回は学部 3 年生を含む若年層の応募が増加した点が特徴的であった。学部学生から PI クラスのシニアまで、どの受講生もモチベーションが高く、大変充実したトレーニングコースとなった。1 日目夕刻の懇親会では受講生同士の情報交換も活発に行われた。受講生には、演習用のデータセットを USB ディスクにコピーして配布し、復習が可能なように配慮した。アンケートの結果からも高い満足度を伺うことができ、学生や同僚にも是非勧めたいコースであるとのコメントを複数いただいた。
（重信 秀治）
2月25日(水)
13:00 - 受付
13:30 - 18:30
13:30-14:15 - 概論
14:15-15:55 - UNIX入門
16:10-17:10 - NGS基本フォーマット
17:10-18:10 - NGS基本ツール１，２
18:10-18:30 - 復習タイム(自習)
18:30 - 懇親会
2月26日(木)
9:00 - 19:30
9:00-10:30 - NGS基本ツール３（可視化ツール）
10:40-12:10 - 統計学入門
（昼食）
13:10-14:40 - R入門
14:40-15:20 - 復習タイム
15:20-16:20 - RNA-seq 基礎
16:20-17:50 - RNAseq genome base
18:00-19:30 - RNAseq de novo
2月27日(金)
9:00 - 17:00
9:00-10:00 - 復習タイム
10:00-11:40 - 多変量解析
(昼食)
12:40-16:30 - 実践演習
16:30-17:00 - まとめ
