基礎生物学研究所
| Organizers | 安永卓生(九州工業大学) 塚田祐基(名古屋大学) 木森義隆、加藤輝(新分野創成センターイメージングサイエンス分野) 亀井保博、野中茂紀、村田隆、小山宏史(基礎生物学研究所) |
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| Venue | 基礎生物学研究所 | |
| Date | Oct. 16-18, 2013 | |
| Link | ウェブサイト （http://www.nibb.ac.jp/bioimage_course2013/） | |
10月16日（水）
12:00 – 13:00 受付（基生研正面玄関にて）
13:00 – 13:30 0. はじめに（野中）
•講習のねらいについて説明、講師陣の紹介。
13:30 – 14:30 1. クイックスタート（野中・木森）
•1-1 いくつかの実例を使い実際にImageJで処理をしてみる。
•1-2 ImageJの基本的機能ではカバーできないこと、について。
(14:30 – 14:50 コーヒーブレイク)
14:50 – 16:20 2. 画像処理・解析の基礎 講義（安永）
•ノイズ、コントラスト、分解能の意味
•画像の基礎（フーリエ変換と畳み込み演算、カーネルの畳み込みの意味）
•偽解像（エイリアス、モアレパターン）への注意
•前処理の基礎（カーネル処理（線形）、非線形フィルタ（メジアン、バイラテラル））
•広視野と高分解能（パノラマ）
•定量化（２値化（自動閾値（大津の方法））、ラベリング、面積、数などの決定）
•画像処理ソフトの紹介：ImageJ, Eosの紹介
(16:20 – 16:30 コーヒーブレイク)
16:30 – 18:00 3. 画像処理・解析の基礎 実習（木森）
•先の実習内容を受けて、自分で手を動かして理解する。
18:00 – 4. 受講者の自己紹介、懇親会 於基生研１F会議室（変更しました）
10月17日（木）
9:00 – 12:00 5. ImageJマクロ講義・実習（野中）
•マクロの使い方、書き方について簡単な講義と実習を行う。
(12:00 – 13:00 昼休み)
13:00 – 17:00 6. 画像の定量化について 講義・実習（木森・加藤・小山）
•実際の画像を使って定量をやってみる、今のところ以下を予定。
•6-1 Intensityの定量
•6-2 動きの定量
•6-3 数の定量
•6-4 形の定量
•6-5 画像の特性（模様など）の定量
17:00 – 18:00 7. 講演会（塚田）
•「動画像解析によるダイナミックな生命現象の記述と情報抽出」
18:00 – 8. 自由討論会
10月18日（金）
9:00 – 10:30 9. 講義「画像解析のための顕微鏡の基礎知識」（村田）
•画像を処理するより前、顕微鏡画像取得の時点で気をつけねばならないことについて講義
10:30 – 12:00 10. 受講者の抱えている課題について皆で議論
12:00 終了、解散
