English

大学共同利用機関法人 自然科学研究機構

基礎生物学研究所

  • Home
  • 共同利用研究
  • > 開催リスト
  • > ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース2016秋(実践編)「RNA-seq解析パイプライン」

共同利用研究

トレーニングコース - 開催リスト

ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース2016秋(実践編)「RNA-seq解析パイプライン」

Organizers 重信 秀治、内山 郁夫、三輪 朋樹、山口 勝司、西出 浩世、中村 貴宣(基礎生物学研究所)、佐藤 昌直 (北海道大学大学院)
Venue 基礎生物学研究所
Date Sep. 8-9, 2016
Link ウェブサイト (http://www.nibb.ac.jp/training/2016-2nd/)

 生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シーケンシング(NGS)技術を使ったトランスクリプトーム解析(RNA-seq)をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目的としたコースです。 次世代シーケンスデータのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にするde novo RNA-seq 解析などの発展的内容までカバーします。講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行います。

 本コースでは、RNA-seqによる発現変動解析の原理を理解した上で、実践的なデータ解析パイプラインを習得します。

 

2016sep_1.jpg 2016sep_2.jpg 2016sep_3.jpg

 

受講者22名(応募61名)

Program

9月8日

10:00-10:45  概論 (重信)

10:45-11:45  NGS基本フォーマット・基本ツールの復習(フォーマット・マッピング・samtools)

(昼食)

12:45-13:45  NGS基本フォーマット・基本ツールの復習

13:45-14:45  NGS可視化ツール IGV (山口)

14:45-15:15  復習タイム

15:15-16:45  統計学入門 (佐藤)

(休憩)

17:00-18:00  RNA-seq 基礎 (重信)

18:00-19:20  RNAseq genome base (山口)

 

9月9日

  9:00-9:30    復習タイム

  9:30-10:50  RNAseq de novo (重信)

10:50-11:00  復習タイム

11:00-12:00  多変量解析 (佐藤)

(昼食)

13:00-13:20  多変量解析 (佐藤)

13:20-13:50  復習タイム

13:50-16:50  実践演習

16:50-17:30  総括 (重信)