基礎生物学研究所
Organizers | 重信 秀治、内山 郁夫、三輪 朋樹、山口 勝司、西出 浩世、中村 貴宣(基礎生物学研究所)、佐藤 昌直 (北海道大学大学院) | |
---|---|---|
Venue | 基礎生物学研究所 | |
Date | Sep. 8-9, 2016 | |
Link | ウェブサイト (http://www.nibb.ac.jp/training/2016-2nd/) | |
生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シーケンシング(NGS)技術を使ったトランスクリプトーム解析(RNA-seq)をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目的としたコースです。 次世代シーケンスデータのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にするde novo RNA-seq 解析などの発展的内容までカバーします。講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行います。
本コースでは、RNA-seqによる発現変動解析の原理を理解した上で、実践的なデータ解析パイプラインを習得します。
受講者22名(応募61名)
9月8日
10:00-10:45 概論 (重信)
10:45-11:45 NGS基本フォーマット・基本ツールの復習(フォーマット・マッピング・samtools)
(昼食)
12:45-13:45 NGS基本フォーマット・基本ツールの復習
13:45-14:45 NGS可視化ツール IGV (山口)
14:45-15:15 復習タイム
15:15-16:45 統計学入門 (佐藤)
(休憩)
17:00-18:00 RNA-seq 基礎 (重信)
18:00-19:20 RNAseq genome base (山口)
9月9日
9:00-9:30 復習タイム
9:30-10:50 RNAseq de novo (重信)
10:50-11:00 復習タイム
11:00-12:00 多変量解析 (佐藤)
(昼食)
13:00-13:20 多変量解析 (佐藤)
13:20-13:50 復習タイム
13:50-16:50 実践演習
16:50-17:30 総括 (重信)