トレーニングコース

開催リスト

ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース2017春(実践編): RNA-seq解析パイプライン

Organizers 重信 秀治、内山 郁夫、三輪 朋樹、山口 勝司、西出 浩世、中村 貴宣(基礎生物学研究所)、佐藤 昌直 (北海道大学大学院)
Venue 基礎生物学研究所
Date Mar. 9-10, 2017
Link ウェブサイト (http://www.nibb.ac.jp/training/2017-1st/)

生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シークエンサー(NGS)を使ったトランスクリプトーム解析(RNA-seq)をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目的としたコースです。次世代シークエンスデータのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にするde novo RNA-seq 解析などの発展的内容までを2日間でカバーします。講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行います。

2017mar_1.jpg 2017mar_1.jpg 2017mar_1.jpg

受講者21名(応募85名)

Program

3月9日(木)

09:30      受付開始
10:00 - 10:45  RNA-seq入門 概論
10:45 - 11:45  NGS基本フォーマットとツール 補足と復習
11:45 - 12:45  (Lunch)
12:45 - 13:30  NGS基本フォーマットとツール 補足と復習
13:30 - 14:30  NGS基本ツール:IGV
14:30 - 15:00  復習タイム (自習)
15:00 - 16:30  統計学入門
16:30 - 16:40  休憩
16:40 - 17:40  RNA-seqの解析パイプライン:基礎
17:40 - 19:00  RNA-seq:ゲノムベース
19:00 - 19:30  復習タイム (自習)

3月10日(金)
09:00 - 10:20  RNA-seq:トランスクリプトベース
10:20 - 10:40  復習タイム (自習)
10:40 - 12:00  多変量解析
12:00 - 13:00  (Lunch)
13:00 - 13:30  復習タイム (自習)
13:30 - 14:30  機能アノテーションとGene Ontology解析
14:30 - 17:00  実践演習
17:00 - 17:30  総括