（2007年度当時のものです）
多くの脊椎動物では、性は受精時における性染色体の組合わせで決定され、その遺伝的シグナルにしたがって未分化生殖腺は精巣と卵巣に分化する。配偶子(精子と卵)はこれら２つの生殖腺の体細胞でつくられる性ホルモンの働きで形成される。生殖生物学研究部門では、性決定遺伝子の探索、生殖腺の性分化カスケード、さらには精巣と卵巣における性ホルモンによる配偶子形成の制御メカニズムについて研究を進めている。研究対象としては、卵生から胎生まで様々な生殖様式を示し、性･生殖研究に優れた生物モデルとなる魚類を用いている。また、サンゴ礁域に棲息する性転換魚を用いて、性転換や性的可塑性の分子メカニズムに関する研究も推進している。
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年表
1977年-1986年　生殖研究部門 助教授
1986年-2004年3月31日　生殖研究部門 教授
2004年4月1日-2008年3月31日　生殖生物学研究部門 教授（部門の名称変更）
2008年4月　基礎生物学研究所 名誉教授
2008年4月1日-2011年3月31日　生殖生物学研究部門 特任教授

• Annual Report 2011年（PDF形式）
• 要覧 2008年 (PDF形式)

Matsuda, M., Shinomiya, S., Kinoshita, M., Suzuki, A., Kobayashi, T., Paul-Prasanth, B., Lau, E.L., Hamaguchi, S., Sakaizumi, M., and Nagahama, Y. (2007). DMY gene induces male development in genetically female (XX) medaka fish. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 104, 3865-3870.

Tokumoto, T., Tokumoto, M., Horiguchi, R., Ishikawa, K., and Nagahama, Y. (2004). Diethylstilbestrol induces fish oocyte maturation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 3686-3690.

Matsuda, M., Nagahama, Y., Shinomiya, A., Sato, T., Matsuda, C., Kobayashi, T., Morrey, C.E., Shibata, N., Asakawa, S., Shimizu, N., Hori, H., Hamaguchi, S., and Sakaizumi, M. (2002). A Y-specific, DMdomain gene, DMY, is required for male development in the medaka (Oryzias latipes). Nature 417, 559-563.

Tanaka, M., Kinoshita, M., Kobayashi, D., and Nagahama, Y. (2001). Establishment of medaka (Oryzias latipes) transgenic lines with the expression of green fluorescent protein fluorescence exclusively in germ cells: A useful model to monitor germ cells in a live vertebrate. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 2544-2549.

Tokumoto, T., Yamashita, M., Tokumoto, M., Katsu, Y., Horiguchi, R., Kajiura, H., and Nagahama, Y. (1997). Initiation of cyclin B degradation by the 26S proteasome upon egg activation. J. Cell Biol. 22, 1313-1322.