2016.08.25 - 2016.08.26 ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース2016秋 （準備編 ： UNIX・R・NGSの基本）
UNIX・R・NGSの基本
2016年08月25日(木) 13:00 より 2016年08月26日(金) 17:00 まで
明大寺地区１階 第1セミナー室 (132-134)
生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シーケンシング(NGS)技術を使ったトランスクリプトーム解析（RNA-seq）をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目的としたコースです。 次世代シーケンスデータのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にするde novo RNA-seq 解析などの発展的内容までカバーします。
本コースの準備編では、データ解析を行う際の共通の基盤として、Unixオペレーティングシステム、および統計解析パッケージRの基本的な使い方を学習します。UnixやRのコマンドを使った基本的な処理の流れを習得することを目的としますが、演習では次世代シーケンサーのデータ解析を想定した例題も扱います。
「UNIX・R・NGSの基本」 実習内容
UNIX基礎
R入門
NGSデータ解析入門
テキスト処理
シェルスクリプト
演習
