基礎生物学研究所（明大寺地区）
基礎生物学研究所の本部機能を担います。ラボの他、大型スペクトログラフ、人工気象室、水生動物室等の施設があります。 基礎生物学研究所（山手地区）
基生研・生理研・分子研および統合バイオサイエンスセンターに所属するラボが建物内に混在し、研究所間交流の中心となっています。生物機能解析センター 光学解析室 大型スペクトログラフ
生命現象の光による調節の仕組みを解析するための世界最大・最高性能の分光照射装置。世界の研究者に対して開かれた共同利用設備です。 モデル生物研究センター モデル植物研究支援室 植物環境制御システム
実験植物を光・温度・湿度等を詳細に記録して培養育成する為の施設です。３室のうち１室はCO2濃度の制御も可能です。インターネットを利用した観察システムにより、遠隔地からの環境応答や変異体の表現型の長期モニタリングを支援します。赤外線カメラにより、夜間の観察も可能です。所外の研究者に開かれた施設であり、「植物科学最先端研究拠点ネットワーク」事業を通じて広く利用申請を受け付けています。水生動物室(岡崎３研究所共通施設)
淡水産および海産水生動物を飼育する施設です。岡崎コンファレンスセンター（岡崎３研究所共通施設）
２５０名収容の大会議室・150名収容の中会議室・50名収容の小会議室（２室）を備え、岡崎における研究集会のメイン会場として機能しています。 岡崎コンファレンスセンター 大会議室（岡崎３研究所共通施設）
岡崎情報図書館（岡崎３研究所共通施設）
ライブラリーカードにより２４時間利用できます。多数のオンラインジャーナルを利用可能。三島ロッジ（岡崎３研究所共通施設）
短期滞在者用宿泊施設です。さくら保育園（岡崎３研究所共通施設）
研究と子育ての両立を支援する為に平成18年に開設されました。8時-19時（最大延長20時）までの常時保育の他、一時保育にも対応。生後57日目から小学校就学前までの乳幼児を受け入れています。食堂 J's キッチン
明大寺地区職員会館１階にある食堂です。昼食の提供を行っています。自然科学研究機構岡崎生協・売店
明大寺地区売店：職員会館２階 山手地区：３号館１階
