昨日 7 月 6 日、 ソニー株式会社によるセルソーター SH800 テクニカルセミナーが開催されました。
三部構成で開催し、第一部 21 名、第二部 15名、第三部 4 組 8 名の方々が参加してくださりました。第一部はセミナー形式の基本説明会、第二部は実機を前にした基本操作方法の説明会、そして第三部は測定相談会でした。こちら
質問や相談も活発に行われ、参加者にとっても有意義な時間になったのではないかと思います。生物機能情報分析室は今後も定期的にテクニカルセミナーを開催する予定です。興味のある方は是非、ご参加下さい。
Sony Japan フローサイトメター
http://www.sony.co.jp/Products/LifeScience/index.html
生物機能情報分析室 機器ページ
https://www.nibb.ac.jp/analyins/jp/?page_id=694
各位
生物機能情報分析室
重信 秀治
セルソーター（SONY SH800）セミナー及び測定相談会のお知らせ
この度、SONY によるセルソーター（SONY SH800）のセミナー及び測定相談会を企画しました。日にちは 2016 年 7 月 6 日（水）です。装置利用を計画されている方、現在装置を利用していてご質問等ある方、ご興味のある方はご参加下さい。
（１）基本説明会
【時間】10:00 〜 12:00
【場所】明大寺 基礎生物学研究所 会議室（111室）
【内容】セミナー形式で、SH800 の実践例、フローサイトメータ一般の技術解説、SONY フローサイトメータ全般の解説を行います。
（２）基本操作方法・ 96 ウェルプレートソーティング機能説明会
【時間】13:00 〜 14:30
【場所】明大寺 基礎生物学研究所 形質統御棟 G104 室
【内容】機器の立ち上げやビーズ等による模擬実験を行います。また 96 ウェルプレートソーティング機能の説明も行います。
（３）測定相談会
【時間】14:45 〜 17:00
【場所】明大寺 基礎生物学研究所 形質統御棟 G104 室
【内容】実際の機器を使用し、受講者の質問に答えます。
なお、（２）、（３）につきましては会場の都合上、メールにて参加申し込みをお願いいたします。またその際に試しに解析してみたいサンプルがある場合もご連絡ください。申し込み人数が超過した場合には、調整をお願いすることがありますが、ご了承ください。
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申込方法：下記の様式に必要事項をご記入の上、メールにてお申し込みください。
申込先：生物機能情報分析室 担当 尾納
bino ‘AT MARK’ nibb.ac.jp ( ‘at mark’ を @ に変換して下さい)
締切日：６月２９日（水） 締め切りました。
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１）氏名：
２）所属：
３）E-mail：
４）参加希望講習会：
基本操作方法・ 96 ウェルプレートソーティング機能説明会、 測定相談会
（どちらかの場合、どちらかを削除してください。両方の場合は両方とも残しておいて下さい）
以下は、４）で測定相談会へ参加希望の方のみへの質問です。
５）解析サンプル： 有 無 （どちらかを削除してください）
サンプル情報 ：
６）相談内容：
７）FCM 使用経験： 有 無
使用機種：
論文情報
掲載誌：Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
論文タイトル：Eyespot-dependent determination of the phototactic sign in Chlamydomonas reinhardtii
著者：*Noriko Ueki , *Takahiro Ide, Shota Mochiji, Yuki Kobayashi, Ryutaro Tokutsu, Norikazu Ohnishi, Katsushi Yamaguchi, Shuji Shigenobu, Kan Tanaka, Jun Minagawa, Toru Hisabori, Masafumi Hirono, and Ken-ichi Wakabayashi (*:共同筆頭著者)
DOI：10.1073/pnas.1525538113
要点
備考
本研究は基礎生物学研究所共同利用研究「次世代DNAシーケンサー共同利用実験」のサポートを受けて実施されました。
私たち基礎生物学研究所・生物機能情報分析室は次世代シーケンシングによるクラミドモナス変異体の原因遺伝子同定の過程に貢献しました。シーケンスライブラリは当室で作製し、当施設の共同利用機器であるイルミナ社HiSeq2000でシーケンスしました。クラミドモナスのゲノムは GC 含量が高く通常の方法ではシーケンスが困難であったため、特別な工夫を施しました。また、若林先生は当室の重信准教授が主催する基生研ゲノムインフォマティクス・トレーニングコースの修了生でもあります。
プレスリリース
基生研プレスリリース：http://www.nibb.ac.jp/press/2016/05/10.html
東工大プレスリリース：http://www.titech.ac.jp/news/2016/035113.html
メディアへの掲載情報
皆川純教授、重信秀治特任准教授らのグループによる共同研究「藻類の「眼」が正しく光を察知する機能を解明 －「眼」の色は細胞のレンズ効果を防ぐために必要だった－ 」に関する研究成果について、5月20日の科学新聞に紹介されました。
5月20日に愛知県司法修習生による施設見学が行われました。生物機能情報分析室では森友子技術班長が見学の対応を行いました。弁護士6名,司法修習生22名の計28名が見学に来られました。
本日、University of California-Santa Cruz の Prof. Joel A. Kubby が施設を見学し、重信秀治特任准教授が施設の説明を行いました。
Kubby 先生の情報は以下になります。
Prof. Joel A. Kubby
Director of Center for Adaptive Optics Microscopy
Department of Electrical Engineering
University of California-Santa Cruz
Prof. Kubby had a talk in the symposium “Adaptive Optics: Pushing the boundaries of deep imaging in living cells and tissues” held on May 19th, 2016, in International Symposium at the Biomedical Imaging and Sensing Conference 2016 (BISC’16) in Yokohama. Before that, he visited NIBB, and had a talk and discussions with people in NIBB.
基礎生物学研究所は、ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース「RNA-seq入門-NGSの基礎からde novo解析まで」を開催します。
詳しくは以下のページをご覧ください。
http://www.nibb.ac.jp/training/2016-2nd/
過去の開催報告に関しては以下のページをご覧ください。
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2016 春 開催報告
SONY Cell Sorter SH800 アップグレードのお知らせ
生物機能情報分析室 特任准教授 重信秀治
平素より生物機能情報分析室の運営にご理解とご協力ありがとうございます。
この度、SONY Cell Sorter SH800 のアップグレードを行うことになりました。96 ウェルソーティングプレート機能を追加します。
このアップグレードに伴い、従来の機能を備えたままシングルセルソーティングが可能となります。
詳しくは下記 URL をご覧ください。
http://www.sony.co.jp/Products/fcm/products/sh800z/index.html
アップグレードは工場で行われるため、その間機器を使用できなくなります。期間は約 1 ヶ月ほどで、5 月 10 日から 6 月中旬までの予定です。ご迷惑をおかけしますが、ご了承ください。
またアップグレード後に使用説明会を開催する予定です。説明会に関しては後日改めて連絡をします。
ご興味のある方は是非ご参加下さい。よろしくお願いいたします。
本日、午後1時30分より液体窒素取扱説明会を開催しました。
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2016 春
「RNA-seq 入門 – NGS の基礎から de novo 解析まで」
開催報告
生物機能情報分析室 重信秀治
日程：2016 年 3 月 10 日 – 11 日
受講生：21 名
講師：
重信秀治（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 特任准教授）【オーガナイザー】
内山郁夫（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 助教）
佐藤昌直（慶應義塾大学 特任助教）
山口勝司（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 技術職員）
西出浩世（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 技術職員）
概要
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース「RNA-seq入門」は、生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シークエンサー（NGS）を使ったトランスクリプトーム解析（RNA-seq）をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目指したものです。次世代シークエンスデータのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にする de novo RNA-seq 解析などの発展的内容までを、講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行いました。
RNA-seq が生物学の各方面へ浸透してきた事を反映して、生物学者からの RNA-seq データ解析技術習得のニーズはとても高い状況にあります。今回も定員（16名）を大幅に超える 67 名もの応募があり、書類選考の結果、21 名に参加いただきました。学部生から PI まで幅広い年齢層の受講生全員が、2 日間のタイトなスケジュールでの講義や演習に熱心に取り組みました。アンケートの結果からは、コースに対する満足度は大変高いことが伺えました。
今回ははじめての取り組みとして、準備編（2 日間）と RNA-seq 入門（2 日間）を分割して実施しました。受講生からは、準備編で UNIX や R の基礎を学んだあと、2 週間復習をして RNA-seq 入門に望む事が出来良かった、という声がほとんどでした。RNA-seq は新しい技術ですが、モデル生物・非モデル生物問わず、また、基礎から応用分野まで爆発的に普及してきています。一方で、RNA-seq をはじめとする次世代シーケンシングデータは巨大かつ複雑で、その扱いは専門家以外には未だハードルの高いものであることも事実です。多くの生物学者が自由自在に RNA-seq 等のビッグデータを活用できるように、今後も基生研はゲノムインフォマティクストレーニングコースを改良しながら続けて参ります。
参考リンク
研究所のトレーニングコース公式ページ： http://www.nibb.ac.jp/training/2016-1st/
コースのサポートページ： https://github.com/nibb-gitc/gitc2016mar-rnaseq/wiki
プログラム
日程：2016 年 3 月 10 日（木）10:00 ～ 11 日（金）17:30 2日間
1日目：
– 概論
– NGS 基本フォーマット
– NGS 基本ツール Bowtie2, samtools, IGV
– 統計学入門
– RNA-seq 基礎
– 懇親会
2日目：
– RNAseq genome base
– RNAseq de novo
– 多変量解析
– 実践演習
新年度となりました。以下のページの内容を更新しました。
ご確認ください。よろしくお願いいたします。