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森林総合研究所 上野真義チーム長らとの統合ゲノミクス共同利用研究のスギに関係する成果が BMC Genomics 誌に掲載されました

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森林総合研究所 上野真義チーム長らとの共同利用研究の一環として行われた、スギゲノムの染色体スケールのアセンブル関する論文が、11月5日付で BMC Genomics 誌に掲載されました。
トランスオミクス解析室は、NGS解析に貢献しました。

論文
A chromosome-level genome assembly of a model conifer plant, the Japanese cedar, Cryptomeria japonica D. Don
BMC Genomics volume 25, Article number: 1039 (2024)
https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-024-10929-4

この共同利用研究課題に関しては、ここまで長い時間を費やし技術的な検討を進めてきました。以下、当室での技術面での貢献をまとめました。

今では染色体スケールの全ゲノム配列決定は論文として頻繁に見られるものになり、手法の技術的な新規性や独自性の価値が減少し、より汎用化が進みました。しかしこのプジェクトが始まった2016年の時点ではまだ知見は極めて少なく、試行錯誤を積み重ね、技術的な部分は2021年辺りに確立させました。Hi-Cの結果に関して、”綺麗でない”データを最初からの結論ありきで、染色体数を決定したとするような論文も見られますが、この contact map は紛れもなく染色体数11本だ、と断定できるでしょう。

技術支援員募集

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トランスオミクス解析室では、次世代シーケンサーを利用した研究支援を主たる業務とする技術支援員を募集します。

業務内容：次世代シーケンサー等を使ったオミクス関連研究の支援。シーケンサーのオペレーションのほか、ライブラリ作製などの分子生物学実験、コンピュータを使った簡単なデータ整理。関連機器の管理運用業務。

詳細は下記をご覧ください。
https://www.nibb.ac.jp/about/recruit/2024/02/09.html

PCP Best Paper Award 受賞

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京都大学 河内孝之教授らとの統合ゲノミクス共同利用研究の成果が PCP Best Paper Award 受賞しました。
PCP 論文賞選考委員会による選考と理事会の議を経て、Plant and Cell Physiology に掲載された論文を、2024年度 PCP Best Paper Award 授賞対象論文とすることに決定。

論文
https://doi.org/10.1093/pcp/pcac004

プレスリリース：共生菌に栄養を依存するラン（蘭）の発芽メカニズムを解明 〜発芽促進剤を用いた絶滅危惧種の保全へ〜

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　鳥取大学 上中弘典准教授らとの統合ゲノミクス共同利用研究の一環として行われた、ラン（蘭）の発芽メカニズムに関係する成果が、2023年9月30日付けで米国植物生理学会誌「Plant Physiology」にオンライン掲載されました。
　トランスオミクス解析室は、ゲノム解析に貢献しました。

プレスリリース
https://www.nibb.ac.jp/pressroom/news/2023/10/12.html

論文
DOI:https://doi.org/10.1093/plphys/kiad517

プレスリリース：リンドウ科植物に特有の苦味配糖体がアーバスキュラー菌根菌の菌糸分岐を活性化することを発見

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　鳥取大学 上中弘典准教授らとの統合ゲノミクス共同利用研究の一環として行われた、アーバスキュラー菌根（AM）菌の菌糸分岐に関係する成果が、2023年9月1日付けで米国植物生理学会誌「Plant Physiology」にオンライン公開されました。
　トランスオミクス解析室は、ゲノム解析に貢献しました。

プレスリリース
https://www.nibb.ac.jp/pressroom/news/2023/09/12.html

論文
DOI:https://doi.org/10.1093/plphys/kiad482