ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2016 春 開催報告

生物機能情報分析室　重信秀治

日程：2016 年 3 月 10 日 – 11 日
受講生：21 名
講師：
重信秀治（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 特任准教授）【オーガナイザー】
内山郁夫（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 助教）
佐藤昌直（慶應義塾大学 特任助教）
山口勝司（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 技術職員）
西出浩世（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 技術職員）

概要
　ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース「RNA-seq入門」は、生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シークエンサー（NGS）を使ったトランスクリプトーム解析（RNA-seq）をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目指したものです。次世代シークエンスデータのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にする de novo RNA-seq 解析などの発展的内容までを、講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行いました。

　RNA-seq が生物学の各方面へ浸透してきた事を反映して、生物学者からの RNA-seq データ解析技術習得のニーズはとても高い状況にあります。今回も定員（16名）を大幅に超える 67 名もの応募があり、書類選考の結果、21 名に参加いただきました。学部生から PI まで幅広い年齢層の受講生全員が、2 日間のタイトなスケジュールでの講義や演習に熱心に取り組みました。アンケートの結果からは、コースに対する満足度は大変高いことが伺えました。

　今回ははじめての取り組みとして、準備編（2 日間）と RNA-seq 入門（2 日間）を分割して実施しました。受講生からは、準備編で UNIX や R の基礎を学んだあと、2 週間復習をして RNA-seq 入門に望む事が出来良かった、という声がほとんどでした。RNA-seq は新しい技術ですが、モデル生物・非モデル生物問わず、また、基礎から応用分野まで爆発的に普及してきています。一方で、RNA-seq をはじめとする次世代シーケンシングデータは巨大かつ複雑で、その扱いは専門家以外には未だハードルの高いものであることも事実です。多くの生物学者が自由自在に RNA-seq 等のビッグデータを活用できるように、今後も基生研はゲノムインフォマティクストレーニングコースを改良しながら続けて参ります。

参考リンク
研究所のトレーニングコース公式ページ：　http://www.nibb.ac.jp/training/2016-1st/
コースのサポートページ：　https://github.com/nibb-gitc/gitc2016mar-rnaseq/wiki

プログラム
日程：2016 年 3 月 10 日（木）10:00 ～ 11 日（金）17:30  2日間

1日目：
– 概論
– NGS 基本フォーマット
– NGS 基本ツール Bowtie2, samtools, IGV
– 統計学入門
– RNA-seq 基礎
– 懇親会

2日目：
– RNAseq genome base
– RNAseq de novo
– 多変量解析
– 実践演習