2015年4月28日に「岡崎統合バイオ・BIO-NEXT プロジェクト メタボロミクス 公開セミナー」が開催されました。
重信秀治特任教授・森友子技術職員が「ゲノミクスから統合オミクスへ〜基礎生物学研究所のオミクス解析の現状と展望」と題し、発表しました。
詳細は以下の URL をご覧ください。
http://www.oib.orion.ac.jp/report/2015/metaboro_seminar.pdf
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2015年3月に「第53号 生物機能情報分析室だより」を発行しました
2015年3月に「第53号 生物機能情報分析室だより」を発行しました。
こちらよりご覧ください。
論文発表：岡田元所長研（基生研）との、シロイヌナズナの変異同定に関する共同研究の共著論文がオンラインで出版されました
Toyokura Koichi, Yamaguchi Katushi, Shigenobu Shuji,
Fukaki Hidehiro, Tatematsu Kiyoshi, Okada Kiyotaka (2015).
Mutations in Plastidial 5-Aminolevulinic Acid Biosynthesis
Genes Suppress Pleiotropic Defect in Shoot Development of
Mitochondrial GABA Shunt Mutant in Arabidopsis.
Plant and Cell Physiology.
DOI: 10.1093/pcp/pcv050
URL: http://pcp.oxfordjournals.org/content/early/2015/04/02/pcp.pcv050.abstract
次世代DNAシーケンサー共同利用実験（課題番号11-714）
プレスリリース：井口研究室（基生研）との共同研究成果がプレスリリースされました
基礎生物学研究所から井口研究室（基生研）との共同研究成果のプレスリリースが行われたので、お知らせします。
日長時間に応じてメスとオスの出現をコントロールできるミジンコの誘導系の確立と、環境依存型性決定を制御する幼若ホルモンの生合成因子の発見
基礎生物学研究所 MAGAZINE に生物機能情報分析室の記事が掲載されました
基礎生物学研究所 MAGAZINE Vol.2 に生物機能情報分析室の記事が掲載されました。
生物機能解析センター生物機能情報分析室のリニューアルに関して特集されています。
是非、一度手にとってみてください。
分析機器オンライン予約システムを導入しました
生物機能情報分析室は本日より、分析機器オンライン予約システムを導入しました。
サイト上部の Reservation タブ、またはサイドメニューのバナーよりアクセスできます。
是非、ご利用ください。
論文発表：農業生物資源研究所・土生グループとのイネエピゲノムに関する共同利用研究の共著論文が出版されました
Yoshiki Habu, Tsuyu Ando, Sachie Ito, Kiyotaka Nagaki, Naoki Kishimoto, Fumio Taguchi-Shiobara, Hisataka Numa, Katsushi Yamaguchi, Shuji Shigenobu, Minoru Murata, Tetsuo Meshi, Masahiro Yano (2015).
Epigenomic modification in ricecontrols meiotic recombination and segregation distortion. MolecularBreeding, 35(4), 1–8.
DOI: 10.1007/s11032-015-0299-0
URL: http://link.springer.com/article/10.1007/s11032-015-0299-0
次世代DNAシークエンサー共同利用実験（課題番号13-703）
重信准教授が分担執筆した書籍「次世代シーケンサー活用術」が刊行されました
次世代シーケンサー活用術（林崎良英監修）化学同人
http://www.kagakudojin.co.jp/book/b185174.html
重信は以下の 2 章分を担当しました。
6 章 植物ゲノム解析
8 章 1 分子シーケンサーを用いた非モデル生物の de novo ゲノム解読
論文発表：ミジンコの環境依存的性決定に関する井口研究室（基生研）との共同研究成果が BMC Genomics 誌に発表されました
Kenji Toyota, Hitoshi Miyakawa, Katsushi Yamaguchi, Shuji Shigenobu, Yukiko Ogino, Norihisa Tatarazako, Shinichi Miyagawa and Taisen Iguchi (2015).
NMDA receptor activation upstream of methyl farnesoate signaling for short day-induced male offspring production in the water flea, Daphnia pulex. BMC Genomics 16, 186.
DOI: 10.1186/s12864-015-1392-9
URL: http://www.biomedcentral.com/1471-2164/16/186
次世代DNAシーケンサー共同利用実験（課題番号14-713）
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2015 春 開催報告
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2015 春
「RNA-seq 入門 – NGS の基礎から de novo 解析まで」
開催報告
生物機能情報分析室 重信秀治
日時：2015年2月25 – 27日
受講生：22名（所外19名、所内3名）
講師：
重信秀治（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 特任准教授）【オーガナイザー】
内山郁夫（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 助教）
佐藤昌直（基礎生物学研究所 発生遺伝学研究部門 助教）
山口勝司（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 技術職員）
西出浩世（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 技術職員）
前田太郎（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 研究員）
概要
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 「RNA-seq入門」は、生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シークエンサー（NGS）を使ったトランスクリプトーム解析（RNA-seq）をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目指したものである。NGS データのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にする de novo RNA-seq 解析などの発展的内容までを、講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行った。単にソフトウェアの使い方等小手先の技術の習得を目指すのではなく、応用のきく基本要素（実験デザインのための統計学入門やUNIX入門など）を重視したプログラム構成とした。
参加者は 22 名であり、定員（16名）を大幅に超える 62 名もの応募から書類選考を行った。回を重ねるごとに受講生の年齢層と研究分野が拡大しており、今回は学部 3 年生を含む若年層の応募が増加した点が特徴的であった。学部学生から PI クラスのシニアまで、どの受講生もモチベーションが高く、大変充実したトレーニングコースとなった。1 日目夕刻の懇親会では受講生同士の情報交換も活発に行われた。受講生には、演習用のデータセットを USB ディスクにコピーして配布し、復習が可能なように配慮した。アンケートの結果からも高い満足度を伺うことができ、学生や同僚にも是非勧めたいコースであるとのコメントを複数いただいた。
プログラム：
2月25日(水)
13:00 – 受付
13:30-14:15 – 概論 [重信]
14:15-15:55 – UNIX入門 [西出]
16:10-17:10 – NGS基本フォーマット [前田]
17:10-18:10 – NGS基本ツール１，２ [前田]
18:10-18:30 – 復習タイム(自習)
18:30 – 懇親会
2月26日(木)
9:00-10:30 – NGS基本ツール３ [山口]
10:40-12:10 – 統計学入門 [佐藤]
(昼食)
13:10-14:40 – R入門 [内山]
14:40-15:20 – 復習タイム(自習)
15:20-16:20 – RNA-seq 基礎 [重信]
16:20-17:50 – RNAseq genome base [山口]
18:00-19:30 – RNAseq de novo [重信]
2月27日(金)
9:00-10:00 – 復習タイム(自習)
10:00-11:40 – 多変量解析 [佐藤]
(昼食)
12:40-16:30 – 実践演習
16:30-17:00 – まとめ [重信]
