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京都産業大学 近藤寿人 教授との次世代シーケンサー共同利用研究の成果が Development に掲載されました

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京都産業大学 総合生命科学部 近藤 寿人 教授と自然科学研究機構 基礎生物学研究所 生物機能解析センター 重信 秀治 特任准教授らは、「In vivo ビオチン化転写因子を用いた汎用性と定量性をもった ChIP-Seq 解析法の確立」に関する共同研究を行い、その解析法を多能性幹細胞の研究に用いて、これまでの定説を覆す、転写因子 ZIC2 を中心とした新しい制御機構を発見しました。

【発表論文】
“ChIP-seq analysis of genomic binding regions of five major transcription factors highlights a central role for ZIC2 in the mouse epiblast stem cell gene regulatory network”
(５種類の主要な転写因子に関するゲノム上の結合領域の解析から、マウスエピブラスト幹細胞では ZIC2 が遺伝子発現制御の主役であることが明らかになった)

英国発行の国際科学雑誌　Development 114巻11号1948-1958
（5月30日正午[英国時間]刊行）に掲載

【本研究に参加したメンバー】
京都産業大学　 近藤寿人、飯田英明（大学院生、現研究員）
基礎生物学研究所　 重信秀治、山口勝司（主任技術職員）

[試料作製と予備解析]
大阪大学（生命機能研究科） 松田一成、三上智之（大学院生、現社会人）
Munazah Andrabi（研究員、現 Manchester 大）

[ゲノムデータ解析ツールの提供と解析のサポート]
九州大学（医学研究院） 沖　真弥（助教）

[転写因子ビオチン化システムの提供]
Emory University School of Medicine    Jeremy B. Boss（教授）

詳しいプレスリリースは以下をご覧ください。

基生研プレスリリース
多能性幹細胞について、転写因子ZIC2を中心とした、定説を覆す新しい制御機構を発見
〜 iPS細胞をはじめとした多能性幹細胞の研究の新展開を期待 〜

ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2017 春 開催報告

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ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2017 春
「RNA-seq 入門 – NGS の基礎から de novo 解析まで」
開催報告

　「RNA-seq入門」は、生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シークエンサー（NGS）を使ったトランスクリプトーム解析（RNA-seq）をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目指したコースです。NGS のフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にする de novo RNA-seq 解析などの発展的内容までを、講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行いました。今回は、一般化線形モデルや Gene Ontology 解析のトピックを追加し、コース内容もグレードアップしました。 過去最高となる 85 名もの応募があり、選考の結果、準備編に 22 名、実践編に 21 名参加いただきました。受講者からは「これまでに試した NGS 関連の勉強の中では、一番ためになった。」などの感想をいただきました。また本コースのテキストを大学院の授業に使いたいという要望もいただいています。ゲノムインフォマティクストレーニングコースを基生研生物機能解析センターの事業の中核のひとつと位置づけ、さらに質の高いコースをコミュニティに提供していきたいと思います。

（参考：コーススケジュール）
「準備編：UNIX・R・NGS の基本」 2017 年 2 月 23 日（木）10:00 ～ 24 日（金）17:30
・UNIX 基礎
・R 入門
・NGS データ解析入門
・テキスト処理
・シェルスクリプト
・演習

「実践編：RNA-seq 解析パイプライン」 2017 年 3 月 9 日（木）10:00 ～ 10 日（金）17:30
・RNA-seq 入門 概論
・NGS 基本データフォーマット
・NGS 基本ツール：Bowtie2、samtools、IGV など
・統計学入門
・RNA-seq 基礎、ゲノムベース、トランスクリプトベース
・多変量解析
・機能アノテーションと Gene Ontology 解析 [ New!! ]
・実践演習 まとめ

（参考リンク）
・研究所のトレーニングコース公式ページ：http://www.nibb.ac.jp/training/2017-1st/
・過去のトレーニングコース一覧：http://www.nibb.ac.jp/training/

（文責：重信）

基生研セミナー（伊藤啓先生）を開催しました

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昨日、重信秀治特任准教授が世話人となり、基生研セミナーを開催しました。

タイトル：「研究者コミュニティのための共同プロジェクト」
演者：伊藤 啓 先生

詳しくはこちらをご覧ください。

　伊藤先生は、ショウジョウバエやブレインサイエンスの分野で、国内外問わず数々の共同プロジェクトを立ち上げ、研究コミュニティを築き上げて来られた方です。ご講演では、共同プロジェクトを戦略的に運営するノウハウを聞くことができ、とても貴重なセミナーでした。満員となった会場では、質疑応答も活発に行われました。