ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2017 春
「RNA-seq 入門 – NGS の基礎から de novo 解析まで」
開催報告
「RNA-seq入門」は、生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シークエンサー（NGS）を使ったトランスクリプトーム解析（RNA-seq）をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目指したコースです。NGS のフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にする de novo RNA-seq 解析などの発展的内容までを、講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行いました。今回は、一般化線形モデルや Gene Ontology 解析のトピックを追加し、コース内容もグレードアップしました。 過去最高となる 85 名もの応募があり、選考の結果、準備編に 22 名、実践編に 21 名参加いただきました。受講者からは「これまでに試した NGS 関連の勉強の中では、一番ためになった。」などの感想をいただきました。また本コースのテキストを大学院の授業に使いたいという要望もいただいています。ゲノムインフォマティクストレーニングコースを基生研生物機能解析センターの事業の中核のひとつと位置づけ、さらに質の高いコースをコミュニティに提供していきたいと思います。
（参考：コーススケジュール）
「準備編：UNIX・R・NGS の基本」 2017 年 2 月 23 日（木）10:00 ～ 24 日（金）17:30
・UNIX 基礎
・R 入門
・NGS データ解析入門
・テキスト処理
・シェルスクリプト
・演習
「実践編：RNA-seq 解析パイプライン」 2017 年 3 月 9 日（木）10:00 ～ 10 日（金）17:30
・RNA-seq 入門 概論
・NGS 基本データフォーマット
・NGS 基本ツール：Bowtie2、samtools、IGV など
・統計学入門
・RNA-seq 基礎、ゲノムベース、トランスクリプトベース
・多変量解析
・機能アノテーションと Gene Ontology 解析 [ New!! ]
・実践演習 まとめ
（参考リンク）
・研究所のトレーニングコース公式ページ：http://www.nibb.ac.jp/training/2017-1st/
・過去のトレーニングコース一覧：http://www.nibb.ac.jp/training/
（文責：重信）