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理論生物学領域
理論生物学研究部門（初期発生研究部門に変更予定）
動物の発生では受精卵に始まり、やがて明らかな体軸を持つ構造が形成される。ほ乳類胚においては、受精卵には将来の体軸に関わる明確な情報は見られないが、マウス胚では受精後約6日目には将来の体軸を予想することができる。体軸を決める情報がどのように胚の中に具現化されていくかを明らかにすることを目標としている。主にマウスを用い、胚の中でのそれぞれの細胞の挙動を、ライブイメージングや細胞系譜解析などの手法によって解析している。ライブイメージング観察用の、一連のレポータートランスジェニックマウスの作製、観察用の培養・顕微鏡装置の開発も行っている。更に、細胞が集団としてどの様に振る舞い、胚の形を形成するかについて研究を進めている。
ゲノム情報研究室（培養育成研究施設）
当研究室では、情報科学的アプローチで大量のゲノム情報から生命現象の理解を目指す研究を行っている。特に、近年急速にデータが蓄積し、自然界における多様性の実態が明らかになりつつある微生物のゲノムを対象として、網羅的な比較解析によるゲノム情報の体系化と、それに基づくゲノムの機能や進化の解明を目指した研究を行っている。このため、多数のゲノムを同時に比較するための高速オーソログ分類手法の開発や、それに基づく網羅的な比較ゲノムデータベースの構築を行ってきた。こうした情報基盤に基づいて、水平移動を含む複雑な微生物ゲノムの進化プロセスの解明に向けた取り組みを進めている。