ゲノムインフォマティクストレーニングコース 2017 年度の開催予定

Posted on 2017年5月31日 by bino

2017 年度のゲノムインフォマティクストレーニングコースの開催予定を以下のサイトにまとめております。ご興味のある方はぜひご覧ください。

URL：http://www.nibb.ac.jp/gitc/

ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2017 春開催報告

Posted on 2017年4月14日 by bino

ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2017 春
「RNA-seq 入門 – NGS の基礎から de novo 解析まで」
開催報告

　「RNA-seq入門」は、生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シークエンサー（NGS）を使ったトランスクリプトーム解析（RNA-seq）をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目指したコースです。NGS のフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にする de novo RNA-seq 解析などの発展的内容までを、講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行いました。今回は、一般化線形モデルや Gene Ontology 解析のトピックを追加し、コース内容もグレードアップしました。過去最高となる 85 名もの応募があり、選考の結果、準備編に 22 名、実践編に 21 名参加いただきました。受講者からは「これまでに試した NGS 関連の勉強の中では、一番ためになった。」などの感想をいただきました。また本コースのテキストを大学院の授業に使いたいという要望もいただいています。ゲノムインフォマティクストレーニングコースを基生研生物機能解析センターの事業の中核のひとつと位置づけ、さらに質の高いコースをコミュニティに提供していきたいと思います。

（参考：コーススケジュール）
「準備編：UNIX・R・NGS の基本」 2017 年 2 月 23 日（木）10:00 ～ 24 日（金）17:30
・UNIX 基礎
・R 入門
・NGS データ解析入門
・テキスト処理
・シェルスクリプト
・演習

「実践編：RNA-seq 解析パイプライン」 2017 年 3 月 9 日（木）10:00 ～ 10 日（金）17:30
・RNA-seq 入門概論
・NGS 基本データフォーマット
・NGS 基本ツール：Bowtie2、samtools、IGV など
・統計学入門
・RNA-seq 基礎、ゲノムベース、トランスクリプトベース
・多変量解析
・機能アノテーションと Gene Ontology 解析 [ New!! ]
・実践演習まとめ

（参考リンク）
・研究所のトレーニングコース公式ページ：http://www.nibb.ac.jp/training/2017-1st/
・過去のトレーニングコース一覧：http://www.nibb.ac.jp/training/

（文責：重信）

ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2017 夏申込開始

Posted on 2017年4月11日 by bino

基礎生物学研究所は、ゲノムインフォマティクス・トレーニングコースを開催します。

大規模な生物データ解析のための UNIX 入門 : 2017 年 6 月 22 – 23 日

詳細は下記 URL をご覧ください。サイドメニューのバナーからも同 URL へアクセス可能です。

http://www.nibb.ac.jp/training/2017-2nd/~~（申込受付中）~~　※ 申込みは終了しました

ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2017 春終了

Posted on 2017年3月16日 by bino

ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2017 春「RNA-seq 入門 – NGS の基礎から de novo 解析まで – 」は無事に終了しました。

以下のような日程で開催しました。

2017.2.23 – 24 準備編：UNIX・R・NGS の基本
2017.3.9 – 10 実践編：RNA-seq 解析パイプライン

全体で 85 名の応募があり、準備編 22 名、実践編 21 名の方に受講いただきました。
ご応募、そしてご受講いただいた方々、ありがとうございました。

以下、基礎生物学研究所 HP のトレーニングコース開催リストのページもご参考ください。

来年度のコースに関しては 4 月以降にご案内する予定です。
今回残念ながら受講することができなかった方も是非ご応募ください。

ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2016 冬終了

Posted on 2016年12月2日 by bino

12月1日に開催したゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2016 冬「 BLAST 自由自在 ~ 配列解析の極意をマスターする」は無事に終了しました。ご参加いただいた方々に感謝申し上げます。

GITC2016winter_01

GITC2016winter_02

今後のトレーニングコースの予定に関しては下記ページをご確認ください。

今後のゲノムインフォマティクス・トレーニングコースの予定について

今後のゲノムインフォマティクス・トレーニングコースの予定について

Posted on 2016年10月13日 by bino

基礎生物学研究所は、ゲノムインフォマティクス・トレーニングコースを開催します。

今後の開催予定についてお知らせします。

●　BLAST 自由自在 ~ 配列解析の極意をマスターする：2016 年 12 月 1 日

詳細~~とお申し込み~~は下記 URL をご覧ください。

http://www.nibb.ac.jp/training/2016-3rd/（終了しました）

●　RNA-seq 入門 – NGS の基礎から de novo 解析まで
準備編：UNIX・R・NGS の基本：2017 年 2 月 23 – 24 日
実践編：RNA-seq 解析パイプライン：2017 年 3 月 9 – 10 日

詳細~~とお申し込み~~は下記 URL をご覧ください。

http://www.nibb.ac.jp/training/2017-1st/（申し込みは終了しました）

ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2016 秋

Posted on 2016年5月12日 by bino

基礎生物学研究所は、ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース「RNA-seq入門-NGSの基礎からde novo解析まで」を開催します。

詳しくは以下のページをご覧ください。
http://www.nibb.ac.jp/training/2016-2nd/

過去の開催報告に関しては以下のページをご覧ください。
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2016 春開催報告

ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2016 春開催報告

Posted on 2016年4月11日 by bino

ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2016 春
「RNA-seq 入門 – NGS の基礎から de novo 解析まで」
開催報告

生物機能情報分析室　重信秀治

日程：2016 年 3 月 10 日 – 11 日
受講生：21 名
講師：
重信秀治（基礎生物学研究所生物機能解析センター特任准教授）【オーガナイザー】
内山郁夫（基礎生物学研究所生物機能解析センター助教）
佐藤昌直（慶應義塾大学特任助教）
山口勝司（基礎生物学研究所生物機能解析センター技術職員）
西出浩世（基礎生物学研究所生物機能解析センター技術職員）

概要
　ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース「RNA-seq入門」は、生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シークエンサー（NGS）を使ったトランスクリプトーム解析（RNA-seq）をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目指したものです。次世代シークエンスデータのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にする de novo RNA-seq 解析などの発展的内容までを、講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行いました。

　RNA-seq が生物学の各方面へ浸透してきた事を反映して、生物学者からの RNA-seq データ解析技術習得のニーズはとても高い状況にあります。今回も定員（16名）を大幅に超える 67 名もの応募があり、書類選考の結果、21 名に参加いただきました。学部生から PI まで幅広い年齢層の受講生全員が、2 日間のタイトなスケジュールでの講義や演習に熱心に取り組みました。アンケートの結果からは、コースに対する満足度は大変高いことが伺えました。

　今回ははじめての取り組みとして、準備編（2 日間）と RNA-seq 入門（2 日間）を分割して実施しました。受講生からは、準備編で UNIX や R の基礎を学んだあと、2 週間復習をして RNA-seq 入門に望む事が出来良かった、という声がほとんどでした。RNA-seq は新しい技術ですが、モデル生物・非モデル生物問わず、また、基礎から応用分野まで爆発的に普及してきています。一方で、RNA-seq をはじめとする次世代シーケンシングデータは巨大かつ複雑で、その扱いは専門家以外には未だハードルの高いものであることも事実です。多くの生物学者が自由自在に RNA-seq 等のビッグデータを活用できるように、今後も基生研はゲノムインフォマティクストレーニングコースを改良しながら続けて参ります。

参考リンク
研究所のトレーニングコース公式ページ：　http://www.nibb.ac.jp/training/2016-1st/
コースのサポートページ：　https://github.com/nibb-gitc/gitc2016mar-rnaseq/wiki

プログラム
日程：2016 年 3 月 10 日（木）10:00 ～ 11 日（金）17:30 2日間

1日目：
– 概論
– NGS 基本フォーマット
– NGS 基本ツール Bowtie2, samtools, IGV
– 統計学入門
– RNA-seq 基礎
– 懇親会

2日目：
– RNAseq genome base
– RNAseq de novo
– 多変量解析
– 実践演習