生物機能情報分析室に新しい pHメータ METTLER TOLEDO FiveEasy が設置されました。
機器の特徴：
・直径 5 mm の複合ガラス電極を搭載
設置場所：共通施設棟 Ⅰ 131
隣にはヒーター付きスターラーも配備してあります。こちらも最近導入したばかりです。
Author Archives: bino
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2016 春「 RNA-seq 入門 – NGS の基礎から de novo 解析まで」はじまりました
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2016 春
「 RNA-seq 入門 – NGS の基礎から de novo 解析まで」はじまりました。
URL: http://www.nibb.ac.jp/training/2016-1st/
Facebook: https://www.facebook.com/nibb.jpn/?fref=nf
University of Sussex の Dr Helfrid Hochegger が施設を見学しました
本日、University of Sussex の Dr Helfrid Hochegger が施設を見学し、重信秀治特任准教授が施設の説明を行いました。
Dr Helfrid Hochegger は自然科学研究機構の戦略的国際研究交流加速事業の一環(平成27年度) で基礎生物学研究所に来られています。
新しい天秤 METTLER TOLEDO XPE205 DRV が設置されました
生物機能情報分析室に新しい天秤 METTLER TOLEDO XPE205 DRV が設置されました。
機器の特徴：
・非接触センサで防風ドア開閉、風袋引きなどハンズフリー操作可能
・被計量物の帯電を除去する静電気除去装置（コンパクトイオナイザー）付き
ひょう量： 220 g / 81 g
最小表示：0.1 mg / 0.01 mg
設置場所：共通施設棟 Ⅰ 124
第27回生物学技術研究会参加者による施設見学が行われました
第27回生物学技術研究会参加者のうち生物機能情報分析室の見学希望者（8名）が見学に来ていました。
論文発表： 筑波大・和田研究室との共著論文が、PLOS ONE に発表されました
Authors: Hiroyuki Koga, Haruka Fujitani, Yoshiaki Morino, Norio
Miyamoto, Jun Tsuchimoto, Tomoko F. Shibata, Masafumi
Nozawa, Shuji Shigenobu, Atsushi Ogura, Kazunori Tachibana,
Masato Kiyomoto, Shonan Amemiya, Hiroshi Wada
Title: Experimental approach reveals the role of alx1 in the evolution
of the echinoderm larval skeleton
Journal: PLOS ONE
DOI: 10.1371/journal.pone.0149067
RNA-seq 解析によりウニ類における骨片形成の進化過程を明らかにしました。
共同利用研究の成果であるとともに、長谷部新学術の成果でもあります。
共著：重信、（柴田、野澤）
URL: http://www.plosone.org/article/metrics/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0149067
論文発表：神戸大・石崎先生らゼニゴケ研究者コミュニティとの RNA-seq の論文が PCP 誌に発表されました
Authors: Asuka Higo, Masaki Niwa, Katsuyuki T. Yamato, Lixy Yamada, Hitoshi Sawada, Tomoaki Sakamoto, Tetsuya Kurata, Makoto Shirakawa, Motomu Endo, Shuji Shigenobu, Katsushi Yamaguchi, Kimitsune Ishizaki, Ryuichi Nishihama, Takayuki Kohchi and Takashi Araki. (2015).
Title: Transcriptional Framework of Male Gametogenesis in the Liverwort Marchantia polymorpha L .
Journal: Plant & Cell Physiology
doi: 10.1093/pcp/pcw005
URL: https://pcp.oxfordjournals.org/content/early/2016/02/07/pcp.pcw005.abstract
論文発表：井口研究室（基生研）とのワニの RNA-seq の論文が BMC Genomics 誌に発表されました
Authors: Ryohei Yatsu; Shinichi Miyagawa; Satomi Kohno; Benjamin B.
Parrott; Katsushi Yamaguchi; Yukiko Ogino; Hitoshi Miyakawa; Russell
H. Lowers; Shuji Shigenobu; Louis J Guillette Jr; Taisen Iguchi
Title: RNA-seq analysis of the gonadal transcriptome during Alligator
mississippiensis temperature-dependent sex determination and
differentiation
Journal: BMC Genomics
DOI: 10.1186/s12864-016-2396-9
URL: http://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-016-2396-9
生物機能解析センター 所内セミナーを開催しました
2月10日に生物機能解析センターの所内セミナーを開催しました。
プログラムは以下の通りでした。
16:00 – 16:30
内山 郁夫（情報管理解析室・ゲノム情報研究室）
「大規模データを活用した微生物比較ゲノム解析」
16:30 – 16:50
千葉 啓和（ゲノム情報研究室）
「ドメイン単位のオーソログ分類に基づく融合遺伝子の解析」
16:50 – 17:00
重信 秀治（生物機能情報分析室）
「生物機能情報分析室の活動状況」
17:00 – 17:15
山口 勝司（生物機能情報分析室）
「NIBB-RAD-Seq法の開発」
17:15 – 17:30
森 友子（生物機能情報分析室）
「タンパク質・代謝産物の解析とその分析機器」
17:30 – 17:45
小川 浩太（生物機能情報分析室）
「フィロキセラのゲノム解析から紐解くアブラムシの進化」
17:45 – 18:00
重信 秀治（生物機能情報分析室）
「昆虫のソシオゲノミクス」