東北大学 河田雅圭 教授らとの統合ゲノミクス共同利用研究の一環として行われたアノールトカゲのゲノムアセンブリ決定と種間比較解析に関する論文が、11月4日付で MBC Ecology and Evolution 誌に掲載されました。
トランスオミクス解析室は、NGS解析に貢献しました。
論文
Draft genome of six Cuban Anolis lizards and insights into genetic changes during their diversification, BMC Ecology and Evolution volume 22, Article number: 129 (2022)
DOI: https://doi.org/10.1186/s12862-022-02086-7
東京大学 藤原徹教授らとの共同利用研究の一環として行われた、シロイヌナズナに関する論文が、Plant Biotechnology 誌に掲載されました。
トランスオミクス解析室は、NGS解析に貢献しました。
論文
Role of GSL8 in low calcium tolerance in Arabidopsis thaliana, Plant Biotechnology, 2022, 39 巻, 3 号, p. 221-227
DOI:https://doi.org/10.5511/plantbiotechnology.22.0421a
新潟大学 岡本聡助教らとの統合ゲノミクス共同利用研究の一環として行われた、ダイズとシロイヌナズナ CLE2ペプチドの長距離シグナルに関係する論文が、5月14日付で Plant Physiology 誌に掲載され、プレスリリースが行われました。
トランスオミクス解析室は、質量分析に貢献しました。
プレスリリース
https://www.nibb.ac.jp/pressroom/news/2022/05/26-2.html
論文
Long-distance translocation of CLAVATA3/ESR-related 2 peptide and its positive effect on roots sucrose status
Plant Physiology
doi: 10.1093/plphys/kiac227
昨年度末に、リアルタイム PCR Thermo Fisher 社 QuantStudio 3 を共通棟Ｉ132室に設置しました。
各 4 つの励起及び発光フィルターを使用しており、汎用的に利用される殆どのアプリケーションの遂行が可能です。また、温度制御を 3 ゾーンに分割出来ます。なお、Cy5 を利用するアプリケーションには対応しておりません。
-ポイント-
・96 穴 0.2ml のプレートおよび同容量 8 連チューブ対応の純正品を利用下さい。
（ 8 連チューブは設置方法が従来機と違います）
・Run mode は standard/fast mode 両者対応、fast mode は対応試薬が必要です。
・アニール温度等の制御を 3 分割出来て単一ランでの条件検討が可能です。
-注意点-
・消耗品類、試薬類は各自でご用意下さい。
・光学系の汚染防止のため、プレートやチューブにペンでの記載は絶対にお止め下さい。
・プレートやチューブを氷上に置く場合、氷の汚れが付着しないよう直接置かないようお願いします。
3月25日にテクニカルセミナーをオンライン開催しました。
徳島大学の小迫英尊教授に「近接依存性ビオチン標識 (BioID) 法による生体内タンパク質間相互作用の大規模解」と題しまして、質量分析に関連する取り組みを詳しくご講演いただきました。
参加者は99名。詳細は下記の通りです。
生物機能情報分析室 テクニカルセミナー
日時：2022年3月25日
15:30- 15:35 はじめに
NIBB生物機能情報分析室 重信 秀治 教授
15:35- 16:35 近接依存性ビオチン標識 (BioID) 法による生体内タンパク質間相互作用の大規模解
徳島大学 小迫 英尊 教授
16:35- 16:45 当室の機器及び質量分析体制の紹介
NIBB生物機能情報分析室 牧野由美子 技術職員
4月1日付けで、森祥伍 技術職員は、植物環境応答研究部門へ異動となりました。
改組により、生物機能解析センター 生物機能情報分析室は、超階層生物学センター トランスオミクス解析室となりました。
新型コロナウイルス感染拡大防止のため、基礎生物学研究所はレベル０.５の活動制限を実施しています。
（http://www2.adm.orion.ac.jp/kanri/oshirase/mt_file/katudouseigensisin.pdf）
これに伴い、トランスオミクス解析室では、以下の方針で共同利用研究や施設・機器利用を取り扱うこととさせていただきます。ご不便をおかけいたしますが、ご理解いただけますよう、よろしくお願いいたします。
＊ 施設利用の際は、感染拡大防止の観点から、マスク着用及び手のアルコール消毒をお願いします。
＊ 機器利用の際は、必ず使用簿に利用の記録をつけてください。
＊ 所外の研究者の来所については担当者に事前にご相談ください。感染拡大防止に最大限の配慮をした上で､共同研究を実施します。ただし、感染拡大地域に所在する研究者の来所はご遠慮いただく場合があります。
新型コロナウイルス感染拡大防止のため、基礎生物学研究所はレベル１の活動制限を実施しています（https://www.nibb.ac.jp/pressroom/news/2020/06/01.html）。これに伴い、生物機能情報分析室では、以下の方針で共同利用研究や施設・機器利用を取り扱うこととさせていただきます。ご不便をおかけいたしますが、ご理解いただけますよう、よろしくお願いいたします。
＊ 施設利用の際は、感染拡大防止の観点から、マスク着用及び手のアルコール消毒をお願 いします。
＊ 機器利用の際は、必ず使用簿に利用の記録をつけてください。
＊ 所外の研究者の来所については担当者に事前にご相談ください。感染拡大防止に最大 限の配慮をした上で､共同研究を実施します。ただし、感染拡大地域に所在する研究 者の来所はご遠慮いただく場合があります。
基礎生物学研究所 新美輝幸教授、慶應義塾大学 林良信専任講師、富山大学 前川清人准教授、東京大学 三浦徹教授、琉球大学 徳田岳教授 北條優研究員らとのモデル生物・技術開発共同利用研究及び、統合ゲノミクス共同利用研究の一環として行われた、ヤマトシロアリのゲノム情報の解読及び、社会性進化と遺伝子重複の関係に関する論文が、1月18日付で米国科学アカデミー紀要（PNAS）誌に掲載され、プレスリリースが行われました。
生物機能情報分析室は、ゲノム解析に貢献しました。
プレスリリース
https://www.nibb.ac.jp/press/2022/01/19.html
論文
”Genomic and transcriptomic analyses of the subterranean termite Reticulitermes speratus: Gene duplication facilitates social evolution” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
DOI:https://doi.org/10.1073/pnas.2110361119