次世代DNAシーケンシングテクニカルセミナー

Posted on 2021年12月20日 by makino

今年度PacBio社のロングリード１分子シーケンサーSequel IIeが導入されました。
Sequel IIeは従来機Sequelに、大幅な改良・性能アップが成された最新機器です。
この度、両社のマーケッティングと技術担当の方々をお迎えして、機器紹介のテクニ
カルセミナーを開催いたします。ゲノミクスはNIBBが次期重点課題に捉える、超階層
生物学研究の1基盤となるものです。多くの方々の参加を心待ちにしています。

「高精度ロングリードシーケンスが切り拓く非モデル生物の超階層生物学基盤」

2021年12月24日（金）　 13：30　～　15：00

13:30-13:40 Opening テストラン状況で見えた従来機からの性能躍進　山口勝司

13:40-14:00 Pacific Bioscience と弊社Sequel Iie システムのご紹介
パックバイオジャパン合同会社マーケティング部長　　小松鉄平氏

14:00-14:40 HiFi シークエンシングを用いた最新の植物・動物研究のご紹介
トミーデジタルバイオロジー株式会社アライアンスプロダクト
フィールドアプリケーションスペシャリスト　　勝又啓史氏

14:40-14:55 質疑応答

14:55-15:00 Closing 　　重信秀治

マイクロプレートリーダーテクニカルセミナー

Posted on 2021年7月12日 by mori

　皆様に様々な分析機器をご利用いただくため、生物機能情報分析室テクニカルセミナーを開催いたします。

　現在、生物機能情報分析室ではパーキンエルマーNIVO、コロナSH-9000Labの二台のマイクロプレートリーダーを所有しています(機器詳細：https://www.nibb.ac.jp/analyins/jp/?page_id=605)。

　今回は特に利用者の増加しているマイクロプレートリーダーNIVOの紹介と、応用できる実験例についてパーキンエルマージャパンとプロメガのご担当者様に詳しく解説していただきます。

　実際に生物機能情報分析室で所有している機器を用いて行うことのできる実験を含めてご紹介しますので、今後マイクロプレートリーダーの利用を考えている方や最新の実験手法について知りたいという方は是非ご参加ください。

　なお本セミナーはTeamsを使用して行います。参加の方法は生物機能情報分析室へ問い合わせ、あるいは、所内への案内メールをご確認ください。

■マイクロプレートリーダーテクニカルセミナー

日時：7月16日（金曜日）

【前半 13:30~14:30 (株)パーキンエルマージャパン合田氏、塚副氏】

マルチモードプレートリーダーNIVOは発光・蛍光・吸光を測定できるプレートリーダーです。本セミナーではNIVOの仕様や各測定モードのアプリケーションを紹介します。

また発光・蛍光・吸光測定におけるマイクロプレートの選択も重要な点になりますので、マイクロプレートの選択法を本セミナーに加えて開催します。

・マルチプレートリーダーNIVOの仕様・アプリケーション例

・マイクロプレートの選択法

【後半 14:45~16:15 プロメガ(株) 桃井氏】

・発光アッセイ概論：　発光法と吸光法、蛍光法の違いを簡単にご説明し、各測定法に応じたプレートリーダーの測定原理や使い方のポイント、および発光アッセイでできるアプリケーションを一覧の形でご紹介いたします。

・細胞生存性アッセイ：　発光法の細胞生存性、毒性検出アッセイや、その応用としてリアルタイムに細胞生存性をモニターするアッセイをご紹介いたします。

・レポーターアッセイ：　プロメガでは従来のホタルルシフェラーゼに加え、新しいNanoLucルシフェラーゼを製品化しております。

NanoLucルシフェラーゼにより従来のレポーターアッセイがさらに使いやすくなったこと、またNanoLucの登場で可能となった新たなアプリケーションをご紹介いたします。

Visium Spatial Gene Expression解析のテクニカルセミナーを開催しました

Posted on 2020年2月19日 by makino

2月18日 (火)にVisium Spatial Gene Expression解析に関するテクニカルセミナーを開催しました。10x Genomics社の技術担当の方々に「Visium」の紹介をして頂きました。53名の方にご参加いただきました。ありがとうございました。

テクニカルセミナー：Visium Spatial Gene Expression解析

Posted on 2020年2月5日 by makino

次世代DNAシーケンサーの台頭により、RNA-Seqやsingle cell RNA-Seqのテクノロジーは、広く活用される時代となりました。しかし、RNA-Seqでの発現情報はサンプリングされた組織・部位に含まれる多様な細胞集団での平均値に過ぎず、またsingle cell RNA-Seqは細胞の位置情報が失われ、隣接細胞間の発現コミュニケーション等を解析するのは困難です。
これらの問題を解決する手法として、最近注目されているSpatial Gene Expression解析。この度、10x Genomics社の技術担当の方々をお迎えして、「Visium」のテクニカルセミナーを開催します。

日時：2020 年 2 月 18 日（火）14：15 ～ 15：45

場所：基礎生物学研究所・会議室 ( 111 – 112 室)

プログラム：
14:15 – 14:20　　始めに
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　重信秀治・山口勝司

14:20 – 14:40　　Visium Spatial Gene Expression
―空間的遺伝子発現ソリューションのご紹介
　　　　　　　　　　　　　　 10x Genomics Regional marketing manager　大崎研氏

14:40 – 15:30　　Envision New Dimensions
―Introducing the Visium Spatial Gene Expression Solution
　　　　　　　　　　　　　10x Genomics Field application scientist　Ph.D. Leo Chan

15:30 – 15:45　　質疑応答

連絡先：
基礎生物学研究所・生物機能解析センター・生物機能情報分析室
担当：山口勝司（ ex. 7670 ）

テクニカルセミナー：NIBB NGS 利用説明会およびSequelのテクニカルセミナーを開催しました

Posted on 2019年5月14日 by makino

５月１４日 (火)に基生研におけるNGS研究環境の最新情報および共同利用研究制度に関するテクニカルセミナーを開催しました。昨年度当室に導入しましたロングリード型次世代シーケンサーSequel (PacBio社)に関しては、トミーデジタルバイオロジー株式会社のご担当者の方に、「SequelシステムにおけるSMRTシークエンシングの基本ワークフロー」を紹介して頂きました。２５名の方にご参加いただきました。ありがとうございました。

テクニカルセミナー：NIBB NGS利用説明会およびSequel のテクニカルセミナーを開催します

Posted on 2019年4月26日 by makino

生物機能情報分析室は次世代DNA シーケンシング (NGS)を行うための最先端機器として各種シーケンサーを管理・運用し、さらにsingle cell RNA-seq用ライブラリ作製装置など多様かつ高度な前処理装置も配備しています。昨年度、当施設において新たにロングリード型次世代シーケンサーSequel (PacBio社) を導入しました。今回、これらの当施設における研究環境の最新情報および共同利用研究制度について紹介します。

テクニカルセミナー：「できる！シングルセル RNA-seq」を開催します

Posted on 2019年2月7日 by bino

皆様

　最近、多数の細胞のトランスクリプトームをシングルセル単位で一気に解析する、
single cell RNA-seq (scRNAseq) が注目されています。次世代シーケンシングのた
めの環境整備の一環として、私たち基生研・生物機能情報分析室にも、10x Genomics 社 Chromium と、Fluidigm 社 C1 といった、 scRNAseq 解析を行うための最先端機器が
すでに配備されています。これらの機器を活用した scRNAseq 研究を推進するため、この度、両社の技術担当の方々をお迎えして、scRNAseq にテーマを絞ったテクニカルセミナーを開催いたします。

「できる！シングルセル RNA-seq」

日時：2019 年 2 月 26 日（火）14：00 ～ 16：00

場所：基礎生物学研究所・会議室 ( 111 – 112 室)

プログラム：
14:00 – 14:10　　イントロダクション
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　重信秀治

14:10 – 15:00　　10x Genomics Chromium システムによるシングルセル RNA-seq
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　10x Genomics　大崎研氏

15:00 – 15:50　　Fluidigm C1 システムによるシングルセル RNA-seq
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　フリューダイム　中島達郎氏

15:50 – 16:00　　質疑応答

連絡先：
基礎生物学研究所・生物機能解析センター・生物機能情報分析室
担当：山口勝司・尾納隆大（ ex. 7670 ）