ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2015 春
「RNA-seq 入門 – NGS の基礎から de novo 解析まで」
開催報告
生物機能情報分析室 重信秀治
日時：2015年2月25 – 27日
受講生：22名（所外19名、所内3名）
講師：
重信秀治（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 特任准教授）【オーガナイザー】
内山郁夫（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 助教）
佐藤昌直（基礎生物学研究所 発生遺伝学研究部門 助教）
山口勝司（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 技術職員）
西出浩世（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 技術職員）
前田太郎（基礎生物学研究所 生物機能解析センター 研究員）
概要
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 「RNA-seq入門」は、生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シークエンサー（NGS）を使ったトランスクリプトーム解析（RNA-seq）をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目指したものである。NGS データのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にする de novo RNA-seq 解析などの発展的内容までを、講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行った。単にソフトウェアの使い方等小手先の技術の習得を目指すのではなく、応用のきく基本要素（実験デザインのための統計学入門やUNIX入門など）を重視したプログラム構成とした。
参加者は 22 名であり、定員（16名）を大幅に超える 62 名もの応募から書類選考を行った。回を重ねるごとに受講生の年齢層と研究分野が拡大しており、今回は学部 3 年生を含む若年層の応募が増加した点が特徴的であった。学部学生から PI クラスのシニアまで、どの受講生もモチベーションが高く、大変充実したトレーニングコースとなった。1 日目夕刻の懇親会では受講生同士の情報交換も活発に行われた。受講生には、演習用のデータセットを USB ディスクにコピーして配布し、復習が可能なように配慮した。アンケートの結果からも高い満足度を伺うことができ、学生や同僚にも是非勧めたいコースであるとのコメントを複数いただいた。
プログラム：
2月25日(水)
13:00 – 受付
13:30-14:15 – 概論 [重信]
14:15-15:55 – UNIX入門 [西出]
16:10-17:10 – NGS基本フォーマット [前田]
17:10-18:10 – NGS基本ツール１，２ [前田]
18:10-18:30 – 復習タイム(自習)
18:30 – 懇親会
2月26日(木)
9:00-10:30 – NGS基本ツール３ [山口]
10:40-12:10 – 統計学入門 [佐藤]
(昼食)
13:10-14:40 – R入門 [内山]
14:40-15:20 – 復習タイム(自習)
15:20-16:20 – RNA-seq 基礎 [重信]
16:20-17:50 – RNAseq genome base [山口]
18:00-19:30 – RNAseq de novo [重信]
2月27日(金)
9:00-10:00 – 復習タイム(自習)
10:00-11:40 – 多変量解析 [佐藤]
(昼食)
12:40-16:30 – 実践演習
16:30-17:00 – まとめ [重信]
