基礎生物学研究所は、生物の生きる仕組みを解明するために昭和５２年度に設置されました。それ以来、本研究所は我が国における生物科学の基礎研究を推進するための中核的研究機関として機能してきました。

　前世紀の後半から今世紀にかけての生物学の進展は目覚ましく、生物の種々の機能や現象を遺伝子の働きとして解析できるようになってきました。このような生物学研究の流れから、世界的レベルでゲノムプロジェクトが進行し、膨大な数の遺伝子が新たに発見されました。今後の生物学研究は、こうして発見された遺伝子の機能を遺伝子改変技術を駆使することによって、生物個体レベルで解析していくことが重要であると考えられています。。

　こうした要求に呼応して、多くのモデル動物・植物の形質転換体作製技術の開発、形質転換体の総合的解析を行う施設として、形質転換生物研究施設が平成１０年度に新設されました。平成１５年度には、鉄筋コンクリート製５階建ての施設が山手地区に竣工いたしました（左の写真）。当施設には、遺伝子変換マウス・小型魚類・鳥類の飼育・開発・解析・保存をする設備が整えられています。平成１６年度には、明大寺地区にもマウス飼育室が設置され、同地区におけるサポート体制を充実させました。

　平成２２年度の組織改編により、施設名称は、モデル生物研究センター・モデル動物研究支援室へと変更になりました。
　平成２５年度には、外部からの小型魚類持ち込みに対応するための検疫室が、新たに山手地区の施設内に設置されました。
　令和４年度の組織改編により、施設名称は、超階層生物学センター・モデル動物研究支援室・モデル動物研究支援施設へと変更になりました。