モデル動物研究支援施設は、基礎生物学研究に必要なモデル動物の飼育を行うと共に、形質転換体の開発・解析・系統維持を行うための施設で、山手地区と明大寺地区それぞれに設置されています。
　山手地区施設には、SPF（specific-pathogen-free、特定の病原微生物を排除した）マウスの飼育エリアと小型魚類の飼育エリアがあり、マウスやメダカ、ゼブラフィッシュの飼育や、それらを用いた実験・解析が行われています。
　明大寺地区には、行動解析のための小型動物総合解析室、ウイルス実験のためのP3実験室を備え、遺伝子操作マウスの飼育・解析が行われています。