トレーニング情報

2023年度(令和5年度)第23回ABiS電子顕微鏡トレーニング
SEMアレイトモグラフィー・アドバンストコース ~みんなで相談会~

 

 

開催日程:2023年9月21日(木)・22日(金)

開催場所:兵庫県立大学 播磨理学キャンパス 研究2期棟
      〒678-1205 兵庫県赤穂郡上郡町光都3-1-2

      ※JR山陽線/山陽新幹線・相生駅南口よりウエスト神姫バス「SPring-8」行きのバスに乗車
      「県立大理学部」(約22分)にて下車。徒歩3分。
      ※バス時刻表
       http://www.spring8.or.jp/ja/about_us/access/bus_schedule

開催概要

開催目的

 本トレーニングでは、SEMアレイトモグラフィーのための連続リボン状超薄切片作製から、SEMによる画像取得、および三次元構造の再構成法までを取り扱います。
 今回は、アドバンストコースとして経験者を対象とし、参加者の持込試料(樹脂包埋した試料、連続超薄切片、連続断層画像データなど)について、事前相談の上、トレーニング用の試料としてプレリミナリーな観察または解析が、可能な場合があります。持込試料を希望する場合は、申し込みの際に備考欄に記載して下さい。申し込み後、持ち込み試料の確認のため、ご連絡させていただきます。
 
 また、本トレーニングで扱うSEMアレイトモグラフィーの他に、超薄切片の電子顕微鏡画像からの三次元再構成法にはTEMトモグラフィーがあります。それぞれSEMとTEMを使用した2つのトモグラフィーの違いや特徴などについても、実際に確認し、議論したいと考えています。

 なお、今回のトレーニングはSEMアレイトモグラフィーを実際に活用している経験者を主な対象とした「アドバンストコース」となりますが、来年(2024年)1月下旬には、未経験者ならびに初心者を対象とした「ジェネラルコース」の開催を予定しています。
 

【SEMアレイトモグラフィーについて】
 SEMアレイトモグラフィーにより高解像度で定量的な解析を行うためには、正しい順序で整列した超薄切片を安定して作製することが不可欠で、この連続超薄切片の成否が最も重要なポイントとなります。超薄切削作業は、長時間の集中力と忍耐力、高度に習熟した手技が必要とされ、作業者にとっては大きな負担となってきました。新方式のウルトラミクロトームARTOS 3Dは、三次元再構成に必要な何百枚もの超薄切片を、連続したリボン状に自動的に作製し、SEM観察用基板へ直接回収するシステムです。切削プロセスの自動化により、これまで必須とされた高難度の手作業が大幅に削減されると共に、試料作製にかかる時間も短縮できます。その後、基板上に回収した連続超薄切片をSEMで観察し、試料の連続断層画像を得ます。この連続断層画像をソフトウエアに取り込み、画像の自動整列とアライメント調整、解析する試料領域の選択などを行い、連続断層画像を積み重ねることにより三次元構造を再構成します。必要に応じて、試料の観察対象となる構造体のセグメンテーションやカラーリングを行うことができます。

 

主な使用装置

・ARTOS 3D (ライカマイクロシステムズ)
・EM TRIM (ライカマイクロシステムズ)
・走査電子顕微鏡JSM-IT800 (日本電子)
・親水化処理装置IB-3 (エイコー)

 

SEM観察・三次元再構成に使用するソフトウエア

・SEM Supporter (システムインフロンティア):SEM観察・連続断層画像取得
・Stack ’n’ Viz (システムインフロンティア):連続断層画像の三次元再構成・可視化
・Colorist (システムインフロンティア):セグメンテーションおよびカラーリングによる解析

 

トレーニング スケジュール

9月21日(木)
  9:50 受付開始(相生駅発9:10または9:45のバスをご利用ください)
  10:20~10:30 朝礼
  10:30~12:00 
 
特別講演
「アレイトモグラフィー 〜その理想と現実〜」(勝野達也・京都大学)

 < 12:00~13:30 昼休み >
  13:30~16:30 実習(1)
ARTOS 3Dを用いた連続超薄切片作製
  16:30~17:00 まとめ・質疑応答
 
9月22日(金)
  9:50~10:00 朝礼
  10:00~12:30 実習(2)
JSM-IT800を用いた連続断層画像撮影
 < 12:30~14:00 昼休み >
  14:00~16:30 実習(3)
連続切片画像からの三次元再構成
  16:30~17:00 まとめ・質疑応答
 

 

 

※トレーニングは2日間のコースとなっていますが、ご都合により午前または午後だけの参加や
  1日間だけの参加でも問題ありません。その場合、備考欄に参加日時を明記して下さい

 

講師

勝野達也(京都大学 大学院医学研究科 電子顕微鏡室)

太田啓介(久留米大学 医学部 先端イメージング研究センター)

豊岡公徳(理化学研究所 環境資源科学研究センター)

伊藤喜子(ライカマイクロシステムズ株式会社)

古河弘光・清水美代子(株式会社システムインフロンティア)

西野有里・宮澤淳夫(兵庫県立大学 大学院理学研究科)

 

主催

学術変革領域研究(学術研究支援基盤形成)先端バイオイメージング支援プラットフォーム

公益社団法人日本顕微鏡学会 生体解析分科会

株式会社システムインフロンティア

ライカマイクロシステムズ株式会社

兵庫県立大学 大学院理学研究科

 

定員

10名(科研費採択者またはその関係者5名程度を含む)

 

受講対象

超薄切片作製法をマスターしている方で
ウルトラミクロトームによる連続リボン状超薄切片を作製を学びたい方
SEMアレイトモグラフィー、TEMトモグラフィーなどの三次元構造の再構成に興味のある方
研究・開発・評価などの仕事で電子顕微鏡法に従事される方

 

参加費

日本顕微鏡学会・会員:10,000円(会員は不課税)

日本顕微鏡学会・非会員:11,000円(非会員は税込み)

      

 ※トレーニング会場受付にて現金でお支払いください(日本顕微鏡学会の領収書をお渡しいたします)

      

 ※科研費採択者の関係者(学生)は無料となる場合がありますので、申し込み時にご連絡ください

 

申込締切日

2023年9月15日(金)

 

申込方法

下記、Webサイトより必要事項をご記入の上、お申し込みください。

https://xlab.leica-microsystems.com/workshop/abis_sep2023

※申込時に役職の明記をお願いします。学生の場合は役職欄に学年の記載をお願いします

※科研費採択者および関係者は、備考欄に下記の記入をお願いします

・科研費採択情報(種目、課題名、研究期間、研究代表者)

・ご自身が科研費に採択されていないポスドク・大学院生等は、指導教員の科研費採択情報

 

その他

※申し込み後、トレーニングに関する電話連絡をすることがあります

※定員になり次第、締め切りとなりますのでご了承ください

※トレーニングの様子を撮影することがありますので予めご了承ください

 

以上

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