成果情報

【画像解析支援:内田誠一(九州大学)】[2022.03.08]
赤木剛士 研究教授(岡山大学)の論文が The Plant Cell に掲載されました


AIが覗き込むトマトゲノム:果実の遺伝子の動きを見抜く~果実が「熟れる」仕組みの緻密なデザイン~

Akagi T., Masuda K., Kuwada E., Takeshita K., Kawakatsu T., Ariizumi T., Kubo Y., Ushijima K., Uchida S. Genome-wide cis-decoding for expression design in tomato using cistrome data and explainable deep learning. The Plant Cell, (2022) DOI:10.1093/plcell/koac079

<概要>本研究では、画像・映像や言語に使われることが多い深層学習技術を応用し、トマトのゲノム内全遺伝子におけるプロモーター領域およびその発現情報に適用することで、トマト果実の成熟過程で重要となる遺伝子発現パターンを予測し、その鍵となった転写因子-シス配列相互作用を予測するモデルを構築しました。ABiS・画像解析支援(支援担当:内田誠一)では、ゲノム配列およびシス配列行列に特化した深層学習モデルの構築に関する支援を行いました。

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