生理学研究所・バイオフォトニクス研究部門は、スピニングディスク式2光子共焦点顕微鏡（2光子CSU顕微鏡）を共用している世界で唯一のサイトです。本顕微鏡は、励起光として近赤外超短光パルスレーザーを用いることで、マルチビームスキャン方式の高速性、低侵襲性という特性はそのままに、生体組織の深部観察を可能としています。その他、世界最深部の生体断層イメージングに成功した生体用2光子顕微鏡、２光子STED顕微鏡、SRRF超解像イメージングシステム及び各種解析ソフトウエアなどが利用可能です。