メダカは日本発のモデル動物として現在では世界各国で利用されています。モデル生物としてのメダカの特徴として野生集団の特徴を受け継いだ10系統あまりの近交系があります。我々の研究室ではこの近交系を用いて、量的形質のゲノム基盤を明らかにすることを目的として研究を行っています。また性決定システムをモデルとしてメダカ近縁種間の形質変化を司るゲノム配列を同定することで、進化の過程で起きる形質変化がどのようなゲノム構造の変化によって引き起こされるのかという点に注目して研究を進めています。さらに、始原生殖細胞の移動に関する突然変異体の原因遺伝子をポジショナルクローニング法によって同定することで、生殖細胞の移動の分子メカニズムに関する研究も行っています。メダカゲノムリソースの開発としては完全長cDNAシークエンスプロジェクトを推進するとともに、ゲノム多型を明らかにするため次世代シークエンサーを用いた近交系リシークエンスプロジェクトも開始しました。
また2012年より開始された第３期NBRP Medakaを担う研究室として、メダカバイオリソースの収集・保存・配布事業もおこなっています。