基礎生物学研究所・超階層生物学センター・「トランスオミクス解析室」は、遺伝子・タンパク質等分析機器の管理・運用および、共同利用研究の推進を担当している。
超遠心機やリアルタイム PCR のような汎用機器から、次世代 DNA シーケンサーや質量分析装置のような先端機器に至るまで、約 70 種類 90 台にのぼる機器を備え、専門の職員が技術サポートを行なっている。これらの機器の多くは、大学共同利用機関として、多くは所外の研究者にも開放している。
機器の管理のみならず、共同利用研究、セミナー・トレーニングコースを通した当該分野の情報共有と人的ネットワークの構築も推進している。近年は、機能ゲノミクスに力を入れており、次世代 DNA シーケンシンングを中心とした共同利用研究やトレーニングコースを行なっている。