講師：
   重信 秀治 （基礎生物学研究所 生物機能解析センター 特任准教授） [オーガナイザー]
   内山 郁夫 （基礎生物学研究所 生物機能解析センター 助教）
   佐藤 昌直 （慶應義塾大学大学院政策・メディア研究科・先端生命科学研究所）
   山口 勝司 （基礎生物学研究所 生物機能解析センター 技術職員）
   西出 浩世 （基礎生物学研究所 生物機能解析センター 技術職員）

オーガナイザー
基礎生物学研究所 重信 秀治 特任准教授	基礎生物学研究所 内山 郁夫 助教	慶應義塾大学 佐藤 昌直 特任助教	基礎生物学研究所 山口 勝司 技術職員	基礎生物学研究所 西出 浩世 技術職員

コース概要：
基礎生物学研究所は、2016年3月10日〜11日の日程でゲノムインフォマティクス・トレーニングコース「RNA-seq入門-- NGSの基礎からde novo解析まで」を開催します。生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シーケンシング(NGS)技術を使ったトランスクリプトーム解析（RNA-seq）をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目的としたコースです。次世代シーケンスデータのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にするde novo RNA-seq 解析などの発展的内容までを2日間でカバーします。講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行います。

 

日程：
2016年3月10日（木）10:00 〜 11日（金）17:30


実習内容：

3月10日（木）
9:30 -	受付開始（基礎生物学研究所 明大寺地区
10:00 - 10:40	RNA-seq入門 概論　[重信]
10:40 - 11:40	NGS基本データフォーマット　[山口]
	(Lunch)
12:40 - 13:40	NGS基本ツール：マッピングツールBowtie2　[内山]
13:40 - 14:40	NGS基本ツール：samtools　[西出]
14:40 - 15:10	復習タイム　（自習）
15:10 - 16:10	NGS基本ツール：IGV　[山口]
16:10 - 16:20	復習タイム　（自習）
16:20 - 17:50	統計学入門　[佐藤]
17:50 - 18:50	RNA-seq基礎　[重信]
3月11日（金）
9:00 - 10:30	RNA-seq：ゲノムベース　[山口]
10:30 - 10:45	復習タイム　（自習）
10:45 - 12:00	RNA-seq：トランスクリプトベース　[重信]
	(Lunch)
13:00 - 13:30	復習タイム　（自習）
13:30 - 14:30	多変量解析　[佐藤]
14:30 - 15:00	復習タイム　（自習）
15:00 - 17:30	実践演習 まとめ

場所：
基礎生物学研究所　明大寺地区    （アクセスの詳細はこちらをご覧ください）

 

受講対象者：
次世代シーケンサーによるトランスクリプトーム実験 (RNA-seq)を行っている、もしくは行おうとしている研究者。本トレーニングコースは、バイオインフォマティクス専門家の養成コースではなく、いわゆる”wet”研究者がどのようにインフォマティクスを自分の研究課題に援用するかを学ぶことを目指しています。応募要件として、基本的なUNIXコマンドの知識とRの基本的な操作ができる程度のコンピュータスキルを有していること、もしくはコースまでに習得すること。（これからUNIXコマンドやRを学習される方は、本コースの前に開催される、基礎生物学研究所ゲノムインフォマティクストレーニングコース「準備編 — UNIXとRの基礎」http://www.nibb.ac.jp/training/unix201602/の受講をお勧めします。）

 

前回の様子

    

 

受講申し込み：
申し込み〆切：２０１６年１月１８日（月）
募集定員：１６名
受講料：無料（懇親会費4,000円程度を別途集金予定）

申込方法：
実習受講希望者は、下記より応募して下さい。
応募登録フォーム
応募者多数の場合は選考となります。受講の可否は１月２７日 頃までにメールにてお知らせします。

 

その他：
使用パソコンについて
今回のコースでは、研究所で用意したパソコンを用いて実習を行います。よって、パソコンの持参は必要ありません。
宿泊について
宿泊は、研究所周辺のホテルをご利用下さい。

 

お問い合わせ：
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
生物機能情報分析室
E-mail : training16@nibb.ac.jp
TEL : 0564-55-7670