講師：
   重信 秀治 （基礎生物学研究所 生物機能解析センター 特任准教授） [オーガナイザー]
   内山 郁夫 （基礎生物学研究所 生物機能解析センター 助教）
   佐藤 昌直 （基礎生物学研究所 発生遺伝学研究部門 助教）
   山口 勝司 （基礎生物学研究所 生物機能解析センター 技術職員）
   西出 浩世 （基礎生物学研究所 生物機能解析センター 技術職員）
   前田 太郎 （基礎生物学研究所 生物機能解析センター 研究員）

重信 秀治 特任准教授	内山 郁夫 助教	佐藤 昌直 助教	山口 勝司 技術職員	西出 浩世 技術職員	前田 太郎 研究員

コース概要：
基礎生物学研究所は、2014年9月17日〜19日の日程でゲノムインフォマティクス・トレーニングコース「RNA-seq入門-NGSの基礎からde novo解析まで」を開催します。生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シークエンサー(NGS)を使ったトランスクリプトーム解析（RNA-seq）をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目的としたコースです。次世代シークエンスデータのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にするde novo RNA-seq 解析などの発展的内容までを3日間でカバーします。講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行います。

 

日程：
2014年9月17日（水）13:00〜19日（金）17:00　2.5日間

Day-1 PM (13:30-18:30)
- 概論 （重信）45min 13:30-14:15
- UNIX基礎　（西出） 2h 14:15-16:15
- NGS基本フォーマット（前田）1h 16:30-17:30
- NGS基本ツール前半（前田）3h 17:30-18:30

Day-2 AM (9:00-12:15)
- NGS基本ツール後半（山口）9:00-10:30
- 統計学入門（佐藤）1.5h 10:45-12:15

Day-2 PM (13:15-19:15)
- RNAseq基礎（重信）1h 13:15-14:15
- RNAseq genome base（山口）1.5h 14:15-15:45
- 実戦演習１ 16:00-17:00 （ここまでの復習）
- 多変量解析（佐藤）17:15-19:15

Day-3 AM (9:00-12:15)
- R入門　（内山）1.5h 9:00-10:30
- RNAseq de novo（重信）1.5h 10:45-12:15

Day-3 PM (13:15-17:00)
- 実戦演習 2 13:15-16:45 3.5h
- まとめ 重信　16:45-17:00 30min

場所：
基礎生物学研究所　明大寺地区    （アクセスの詳細はこちらをご覧ください）

 

受講対象者：
次世代シークエンサーによるトランスクリプトーム実験 (RNA-seq)を行っている、もしくは行おうとしている研究者。本コースではイルミナのデータを例に進めますが、コース内容のほとんどは他のシークエンサーにも適応可能です。言い換えれば、プラットフォームによらない「基礎力」を身に付けることを目標にしています。本トレーニングコースは、バイオインフォマティクス専門家の養成コースではなく、いわゆる”wet”研究者がどのようにインフォマティクスを自分の研究課題に援用するかを学ぶことを目指しています。特に前提知識は必要としませんが、多少の予習をお願いします。

 

実習内容：

概論
UNIX基礎
R入門
NGS基本フォーマット
NGS基本ツール (bowtie, IGV, samtools)
統計学入門
RNA-seq基礎
RNA-seq genome base
RNA-seq de novo
多変量解析
実践演習

 

前回の様子

    

 

受講申し込み：
申し込み〆切：２０１４年８月５日（火）
募集定員：１６名

申込方法：
実習受講希望者は、下記より応募して下さい。
応募登録フォーム
応募者多数の場合は選考となります。受講の可否は８月１５日 頃までにメールにてお知らせします。
受付は終了しました

 

その他：
使用パソコンについて
今回のコースでは、研究所で用意したパソコンを用いて実習を行います。よって、パソコンの持参は必要ありません。
宿泊について
宿泊は、研究所周辺のホテルをご利用下さい。

 

お問い合わせ：
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
生物機能情報分析室
E-mail : training14@nibb.ac.jp
TEL : 0564-55-7670