オーガナイザー：
  重信 秀治（基礎生物学研究所・生物機能解析センター・特任准教授）

講師：
  重信 秀治（同上）
  佐藤 昌直（基礎生物学研究所・発生遺伝学研究部門・助教）
  内山 郁夫（基礎生物学研究所・生物機能解析センター・助教）
  山口 勝司（基礎生物学研究所・生物機能解析センター・技術職員）

重信 秀治　特任准教授	佐藤 昌直　助教	内山 郁夫　助教	山口 勝司　技術職員

コース概要：
基礎生物学研究所は、2013年3月14日〜15日の日程でゲノムインフォマティクス・トレーニングコース「トランスクリプトームデータ解析入門」を開催します。生物情報学を必ずしも専門としない生物研究者が、次世代シークエンサー（RNA-seq）やマイクロアレイ(遺伝子発現アレイ)から得られる網羅的な遺伝子発現データを解析し生物学的な情報を抽出するための、基礎的技術と考え方を身に付けることを目的としたコースです。講義とコンピュー タを用いた演習を組み合わせて行います。

 

プログラム：
      ※スケジュールは変更の可能性があります。
3月14日（木）
        9:30 - 受付開始
      10:00 - 10:45 トランスクリプトームデータ解析概論
      10:45 - 12:15 統計学入門
      (Lunch:食堂)
      13:15 - 14:45 R入門
      15:00 - 16:30 RNA-seqの解析パイプライン
      16:45 - 18:15 次世代シークエンサー基本フォーマットと基本ツール
      18:30 - 懇親会
3月15日（金）
        9:00 - 11:00 発現データ解析 I: 発現変動解析
      11:15 - 12:15 発現データ解析 II: 多変量解析
      (Lunch:食堂)
      13:15 - 14:15 発現データ解析 II: 多変量解析
      14:30 - 16:30 実践演習
      16:30 - 17:00 まとめ

 

場所：
基礎生物学研究所　明大寺地区    （アクセスの詳細はこちらをご覧ください）

 

受講対象者：
トランスクリプトーム実験を行っている、もしくは行おうとしている研究者。次世代シークエンサーのRNA-seqデータ解析を想定していますが、コース内容のほとんどはマイクロアレイのデータ解析にも適応可能です。言い換えれば、プラットフォームによらない「基礎力」を身に付けることを目標にしています。本トレーニングコースは、バイオインフォマティクス専門家の養成コースではなく、いわゆる”wet”研究者がどのようにインフォマティクス を自分の研究課題に援用するかを学ぶことを目指しています。特に前提知識は必要としませんが、多少の予習をお願いする場合があります。

 

講習・実習内容：
トランスクリプトームデータ解析概論：次世代DNAシークエンサーやマイクロアレイを用いたトランスクリプトーム研究を概観し、そのデータ解析手法の現状 と問題点を概説する。そして、これらのデータ解析のために、われわれ生物学者は何を学ばなければいけないか、を提案する。

統計学入門：トランスクリプトームデータを定量的に解析するためには、統計学的な考え方、それに基づいた実験デザイン法を身に付けることが必須である。基本的な統計量、検定の仕組みを解説し、実験を組み立てる上で重要な統計学のエッセンスを学ぶ。

R入門：種々の統計解析をサポートしたプログラミング言語Rの初歩を習得する。トランスクリプトーム解析でよく使われる手法を重点的に学ぶ。

RNA-seqの解析パイプライン：次世代シークエンサーから得られるシークエンスデータを発現データにまで変換するパイプラインを理解する。リファレンスゲノムへのマッピングと、遺伝子モデルに基づいたカウントの方法の実際を学ぶ。ゲノムリファレンスのないde novo RNA-seqも紹介する。

次世代シークエンサーの基本フォーマットと基本ツール：次世代シークエンシングデータのマッピングデータはSAM/BAMと呼ばれる業界標準フォーマットで保 存される。RNA-seqのマッピングデータを最大限に活用するために、SAM/BAMファイルの操作法や可視化法を学ぶ。samtoolsとIGVとい うソフトウェアを紹介する。

発現データ解析 I：発現変動のある遺伝子を同定することはトランスクリプトーム解析の主要な目的である。Normalizationとdifferential expression analysisの原理と解析法について学ぶ。

発現データ解析 II：トランスクリプトームのような大規模データから特徴を抽出し、人間が見て仮説を立てられるようにするための概念・方法を学ぶ。トランスクリプトームデータなど網羅的解析は観測点が多く、次元が高いため、人間には直感的に理解しにくい。多変量解析はそのような大規模データに存在する特徴を抽出して、可視化可能な低い次元のデータに縮約し、実験者によるデータの解釈を促す手法である。多変量解析の代表的なものの原理と解析法の実際について学ぶ。

実践演習：実データを使って実戦的な演習を行う。演習にはMacOSXを利用する。マシンは基生研が用意する。

 

前回の様子

    

 

受講申し込み方法：  ※募集は終了しました
受講料：無料（懇親会費4,000円程度を別途集金予定）
申し込み〆切：2013年2月11日
募集定員：12名
応募者多数の場合には選考になります。受講の可否は2月18日（月）までにメールにてお知らせします。

実習受講希望者は、下記より応募して下さい。
応募登録フォーム

 

その他：
使用パソコンについて
今回のコースでは、研究所で用意したパソコンを用いて実習を行います。よって、パソコンの持参は必要ありません。
宿泊について
近隣のホテルを各自確保をお願いします。
近隣のホテル情報はこちら　（三島ロッジは対象外です）

 

お問い合わせ：
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
生物機能情報分析室
E-mail : training11@nibb.ac.jp