年表
研究所設立への要望
生物学研究者の間に研究所設立の要望が高まり，関連学会（日本動物学会，日本植物学会等）を中心に種々検討がなされた。
日本学術会議 勧告
日本学術会議は第46回総会において，生物研究所（仮称）並びに生物科学研究交流センター（仮称）の設立について内閣総理大臣に勧告した。
学術審議会 報告
学術審議会は，分子科学研究所，基礎生物学研究所（仮称）及び生理学研究所（仮称）を緊急に設立すべき旨文部大臣に報告した。
岡崎基礎総合研究所（仮称）調査費 予算計上
1975年度予算に岡崎基礎総合研究所（仮称）調査費が計上された。
岡崎基礎総合研究所（仮称）調査会議 設置
事務次官裁定により，岡崎基礎総合研究所(仮称)調査会議が設置された。
岡崎基礎総合研究所（仮称）調査会議 報告
岡崎基礎総合研究所(仮称)調査会議から文部大臣に報告が行われた。
岡崎総合研究機構調査会議 設置
1976年度予算に分子科学研究所調査室経費が計上され，5月10日，文部大臣裁定により分子科学研究所に調査室(定員5人) 及び岡崎総合研究機構調査会議設置。
岡崎総合研究機構調査会議 報告
岡崎総合研究機構調査会議においては，1975年度の岡崎基礎総合研究所(仮称)調査会議の報告を踏まえ，岡崎地区における総合研究機構はさしあたり基礎生物学及び生理学の2研究所より構成することとし，その具体的事項について調査検討した。
基礎生物学研究所 創設
国立学校設置法の一部を改正する法律(1977年法律第29号)の施行により生物科学総合研究機構が創設され，機構に基礎生物学研究所及び生理学研究所が設置された。桑原萬壽太郎 初代基礎生物学研究所長 就任。基礎生物学研究所創設と同時に3研究系3研究部門1研究施設及び技術課が設置された。創設当初は愛知教育大旧図書館を仮庁舎として使用した。
・発生生物学研究系(生殖研究部門)
・制御機構研究系(情報制御研究部門)
・培養育成研究施設
・技術課
桑原萬壽太郎 初代基礎生物学研究所長
第１回 基礎生物学研究所コンファレンス 開催
第１回 基礎生物学研究所コンファレンスが開催された。
3研究部門 設置
分子科学研究所の管理部が管理局となり，生物科学総合研究機構の事務を併せ処理することとなった。3研究部門が設置された。
・発生生物学研究系(細胞分化研究部門)
・制御機構研究系(感覚情報処理研究部門)
基礎生物学研究所 研究実験棟第１期分 建築中
1978年12月撮影の基礎生物学研究所の様子。基礎生物学研究所研究実験棟第１期分が建築中であり，旧愛教大の古い建物を生理学研究所と基礎生物学研究所が共有していた。
基礎生物学研究所 研究実験棟第１期 竣工
基礎生物学研究所 研究実験棟第１期が竣工した。
3研究部門及び1研究施設 設置
3研究部門及び1研究施設が設置された。
・細胞生物学研究系(細胞内エネルギー変換機構研究部門)
・制御機構研究系(計時機構研究部門，行動制御研究部門)
・アイソトープ実験施設
細胞情報研究部門 設置
細胞生物学研究系に細胞情報研究部門が設置された。
生理研，共通棟・実験動物施設 建築中
1980年撮影の基礎生物学研究所の様子。生理研と共通棟・実験動物施設は建築中。この頃は，基生研の２/３の建物の中で，生理研スタッフと同居して，研究を行なっていた。
岡崎国立共同研究機構 創設
国立学校設置法の一部を改正する法律(1981年法律第23号) の施行により，分子科学研究所及び生物科学総合研究機構(基礎生物学研究所，生理学研究所)は，1981年4月14日をもって総合化され， 3研究所は岡崎国立共同研究機構として一体的に運営されることとなった。細胞生物学研究系に細胞増殖研究部門が設置された。
生理研，実験動物施設 完成
1981年6月撮影の基礎生物学研究所の様子。生理研と実験動物施設が完成し，生理研スタッフは引っ越し。愛教大の頃からの建物が取り壊され，跡地に共通棟・機器試作室・洗滌室が建設された。職員会館も完成した。
形態形成研究部門 設置
発生生物学研究系に形態形成研究部門が設置された。
金谷晴夫 第2代所長 就任
金谷晴夫 第2代基礎生物学研究所長 就任。発生生物学研究系に発生生物学研究部門が設置された。
金谷晴夫 第2代基礎生物学研究所長
岡田節人 第3代所長 就任
岡田節人 第3代基礎生物学研究所長 就任。
岡田節人 第3代基礎生物学研究所長
第一回バイオサイエンストレーニングコース 開催
最先端の研究技術の国内若手研究者への普及を目指し，第一回バイオサイエンストレーニングコースが開催された。
創立10周年
創立10周年を記念し，記念式典と施設公開を実施した。「転換期をむかえた生物科学」と題した10周年記念講演会が京都にて開催された。
遺伝子発現統御研究部門 設置
制御機構研究系に遺伝子発現統御研究部門が設置された。
総合研究大学院大学 創設
日本初の大学院大学である，国立大学総合研究大学院大学が創設。基礎生物学研究所に同大学生命科学研究科分子生物機構論専攻（３年制の博士課程 ）が置かれる。
形質統御実験施設 設置
遺伝子発現統御研究部門が廃止され，形質統御実験施設(遺伝子発現統御第一研究部門，遺伝子発現統御第二研究部門) が設置された。
竹内郁夫 第4代所長 就任
竹内郁夫 第4代基礎生物学研究所長 就任。
竹内郁夫 第4代基礎生物学研究所長
種分化機構第一研究部門 設置
形質統御実験施設に種分化機構第一研究部門が設置された。
毛利秀雄 第5代所長 就任
毛利秀雄 第5代基礎生物学研究所長 就任。
毛利秀雄 第5代基礎生物学研究所長
種分化機構第二研究部門 設置
形質統御実験施設に種分化機構第二研究部門が設置された。
形質統御実験棟 竣工
基礎生物学研究所研究実験棟に隣接して，形質統御実験棟が竣工した。
建築中の形質統御実験棟
創立20周年
創立20周年を迎え，記念式典が新たに竣工した岡崎コンファレンスセンターにて行われた。
形質転換生物研究施設 設置
形質転換生物研究施設が設置された。
生命環境科学研究センター 設置
生命環境科学研究センターが設置された。
統合バイオサイエンスセンター 設置
アイソトープ実験施設，生命環境科学研究センターが廃止。
共通研究施設として，統合バイオサイエンスセンター，計算科学研究センター，動物実験センター，アイソトープ実験センターが設置された。
情報生物学研究センター 設置
情報生物学研究センターが設置された。
勝木元也 第6代所長 就任
勝木元也 第6代基礎生物学研究所長 就任。
勝木元也 第6代基礎生物学研究所長
山手１号館，２号館東 竣工
山手地区に山手１号館と２号館東が竣工。以後山手地区には2004年3月までに順次，5号館までが竣工した。
第1回生物学国際高等コンファレンス（Okazaki Biology Conference） 開催
生物学が取り組むべき新たな研究分野の国際的コミュニティー形成を支援する為の国際研究集会として，第1回生物学国際高等コンファレンス（Okazaki Biology Conference）が開催された。
大学共同利用機関法人自然科学研究機構 創設
国立大学法人法の施行により，国立天文台，核融合科学研究所，基礎生物学研究所，生理学研究所及び分子科学研究所が統合再編され，大学共同利用機関法人自然科学研究機構となった。岡崎国立共同研究機構管理局が大学共同利用機関法人自然科学研究機構岡崎統合事務センターとなった。3研究系の廃止とともに研究部門名を変更し，新たに研究室を設けた。統合バイオサイエンスセンターは岡崎統合バイオサイエンスセンターに名称変更。総合研究大学院大学は国立大学法人に移行。生命科学研究科分子生物機構論専攻に５年一貫制の博士課程が設置された。
連携・広報企画運営戦略室 設置
連携・広報企画運営戦略室が設置された。総合研究大学院大学分子生物機構論専攻は基礎生物学専攻に名称変更された。
欧州分子生物学研究所(EMBL)と自然科学研究機構間での共同研究協定 調印
欧州分子生物学研究所(EMBL)と自然科学研究機構との間で共同研究協定が調印された。基礎生物学研究所とEMBLとの連携活動開始。
第1回 NIBB International Practical Course 開催
バイオサイエンストレーニングコースにかわり，国内外の若手研究者を対象とした国際的な研究技術普及および交流活動として，第1回 NIBB International Practical Courseが開催された。
岡田清孝 第7代所長 就任
岡田清孝 第7代基礎生物学研究所長 就任。
岡田清孝 第7代基礎生物学研究所長
創立30周年
基礎生物学研究所は，創設30周年を迎えた。6月1日に30周年記念式典が開催された。
生物機能解析センター，モデル生物研究センター 設置
生物機能解析センターおよびモデル生物研究センターが設置された。
IBBPセンター 設置
災害に強い生命科学研究の実現のために，生物遺伝資源のバックアップ体制を構築する「大学連携バイオバックアッププロジェクト（IBBP)」を国内7大学との連携により開始。プロジェクトの中核としてIBBPセンターが設置された。
山本正幸 第8代所長 就任
山本正幸 第8代基礎生物学研究所長 就任。
山本正幸 第8代基礎生物学研究所長
研究力強化戦略室 設置
研究力強化戦略室が設置された。
新規モデル生物開発センター 設置
新規モデル生物開発センターが設置された。
大隅良典名誉教授 ノーベル生理学・医学賞 受賞
大隅良典名誉教授がノーベル生理学・医学賞を受賞された。
阿形清和 第9代所長 就任
阿形清和 第9代基礎生物学研究所長 就任。
阿形清和 第9代基礎生物学研究所長
Centre for Organismal Studies (COS) Heidelberg と学術交流協定 締結
基礎生物学研究所とハイデルベルグ大 Centre for Organismal Studies (COS) Heidelberg との間で学術交流協定を締結した。
北海道大学低温科学研究所と連携協定 締結
基礎生物学研究所と北海道大学低温科学研究所との間で連携協定を締結した。
熊本大学発生医学研究所と連携協定 締結
基礎生物学研究所と熊本大学発生医学研究所との間で連携協定を締結した。
徳島大学先端酵素学研究所と連携協定 締結
基礎生物学研究所と徳島大学先端酵素学研究所との間で連携協定を締結した。
群馬大学生体調節研究所と連携協定 締結
基礎生物学研究所と群馬大学生体調節研究所との間で連携協定を締結した。
超階層生物学センター 設置
生物機能解析センター，モデル生物研究センター，新規モデル開発センターを改組し，超階層生物学センターが設置された。
中部大学と連携協定 締結
基礎生物学研究所と生理学研究所が中部大学との間で連携協定を締結した。
生物社会学解析室 設置
超階層生物学センターに生物社会学解析室が設置された。
琉球大学熱帯生物圏研究センターと連携協定 締結
基礎生物学研究所と琉球大学熱帯生物圏研究センターとの間で連携協定を締結した。
三浦正幸 第10代所長 就任
三浦正幸 第10代基礎生物学研究所長 就任。
三浦正幸 第10代基礎生物学研究所長
コンスタンツ大学 KoRS-CB / CRC 1756と連携協定 締結
基礎生物学研究所とコンスタンツ大学 KoRS-CB / CRC 1756 との間で連携協定を締結した。