基礎生物学研究所
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2020 春


「RNA-seq入門 - NGSの基礎からde novo 解析まで」

新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の影響により開催日程を変更しております

1.準備編 : UNIX・R・NGSの基本  
2020年2月27日(木) 10:00~ 2月28日(金) 17:30
(2月6日, 7日に実施予定だったものが日程変更となりました)
準備編は終了しました

2.実践編 : RNA-seq解析パイプライン
2020年6月4日(木) 10:00~ 6月5日(金) 17:30
(2月27日, 28日に実施予定だったものが日程変更となりました)
実践編の申し込みは締め切りました
実践編はオンラインでの開催となります

バイオインフォマティクスを専門としない生物学研究者を対象に、次世代シーケンシング(NGS)技術を使ったトランスクリプトーム解析(RNA-seq)をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目的としたコースです。 次世代シーケンスデータのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にするde novo RNA-seq 解析などの発展的内容までカバーします。講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行います。

本コースは、準備編と実践編の2つから構成され、それぞれ2日間の日程で開催されます。準備編では、データ解析を行う際の共通の基盤として、Unixオペレーティングシステム、および統計解析パッケージRの基本的な使い方を学習します。UnixやRのコマンドを使った基本的な処理の流れを習得することを目的としますが、演習では次世代シーケンサーのデータ解析を想定した例題も扱います。実践編では、RNA-seqによる発現変動解析の原理を理解した上で、実践的なデータ解析パイプラインを習得します。

次世代シーケンサーによるトランスクリプトーム実験 (RNA-seq)を行っている、もしくは行おうとしている研究者。本トレーニングコースは、バイオインフォマティクス専門家の養成コースではなく、いわゆる”wet”研究者がどのようにインフォマティクスを自分の研究課題に援用するかを学ぶことを目指しています。準備編と実践編の両方の受講が最も効果的ですが、片方のみの受講も可能です。ただし、実践編のみの受講希望者は、準備編を過去に受講したことがあるか、準備編修了相当のスキルをすでに習得していることを条件とします。

重信 秀治

基礎生物学研究所
生物機能解析センター
教授
【オーガナイザー】

内山 郁夫

基礎生物学研究所
生物機能解析センター
助教
【オーガナイザー】

佐藤 昌直

北海道大学大学院
農学研究院
助教

山口 勝司

基礎生物学研究所
生物機能解析センター
技術主任

西出 浩世

基礎生物学研究所
生物機能解析センター
技術主任

中村 貴宣

基礎生物学研究所
生物機能解析センター
技術職員

杉浦 宏樹

基礎生物学研究所
生物機能解析センター
技術職員

「準備編 : UNIX・R・NGSの基本」

2020年2月27日(木)10:00~ 28日(金)17:30

UNIX基礎
シェルスクリプト
R入門
NGS基本データフォーマット
NGS基本ツール
テキスト処理
統計学入門
演習

「実践編 : RNA-seq解析パイプライン」

2020年6月4日(木)10:00~ 5日(金)17:30

RNA-seq入門 概論
NGS基本データフォーマット復習
NGS基本ツール:Bowtie2、samtools、IGVなど
RNA-seq基礎・トランスクリプトベース・ゲノムベース・de novo
多変量解析
機能アノテーションと GO 解析
実践演習
まとめ

準備編:基礎生物学研究所 明大寺地区
実践編:オンラインでの開催となります。基礎生物学研究所まで来ていただく必要はございません。

アクセスの詳細 »

実践編申し込み受付開始 : 2020年4月1日(水)
実践編申し込み〆切 : 2020年5月7日(木)
実践編募集定員 : 26名
受講料:無料

実践編の実習受講希望者は、応募登録フォームより応募して下さい。
応募者多数の場合は選考となります。受講の可否は2020年5月15日頃までにメールにてお知らせします。
新型コロナウィルス(COVID-19)感染症への対応として、今回のトレーニングコースはオンライン方式で開催いたします。受講生の皆様には、インターネットに接続可能なコンピュータをご自身でご準備いただきます。(4月6日(月)追記)

使用パソコンについて
準備編:研究所で用意したパソコンを用いて実習を行います。よって、パソコンの持参は必要ありません。
実践編:参加者の方がお持ちのパソコンで実習を行います。

宿泊について
準備編:宿泊は、研究所周辺のホテルをご利用下さい。
実践編:オンラインでの開催となります。基礎生物学研究所まで来ていただく必要はございません。

研究所周辺のホテル »

自然科学研究機構 基礎生物学研究所
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース事務局
E-mail : nibb-gitc@nibb.ac.jp
TEL : 0564-55-7626

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