基礎生物学研究所は総合研究大学院大学・生命科学研究科・基礎生物学専攻に属しております。
基礎生物学専攻には５年一貫制の博士課程と博士後期過程があります。
前者は学部卒業生、後者は修士課程卒業生を対象としております。
年に２回大学院説明会及び、選抜試験が行われております。

また体験入学の制度も導入しております。
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小型魚類（ゼブラフィッシュ、メダカ）を用いて、運動・行動を司る神経回路の解明を目指した研究を進めています。トランスジェニック技法を駆使した研究が特徴です。分子生物学、神経解剖学、イメージング、電気生理学、行動解析など、さまざまな手法を総動員して研究を進めています。
今までの経験を生かしたい、あるいは新しいことに挑戦してみたいという方、どなたでも研究に参加して下さい。