講師：
重信 秀治 （基礎生物学研究所・生物機能解析センター特任准教授） [オーガナイザー]
内山 郁夫 （基礎生物学研究所・生物機能解析センター助教）
三輪 朋樹 （基礎生物学研究所・生物機能解析センター技術職員）
山口 勝司 （基礎生物学研究所・生物機能解析センター技術職員）
前田 太郎 （基礎生物学研究所・生物機能解析センター研究員）
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重信 秀治 特任准教授 |
内山 郁夫 助教 |
三輪 朋樹 技術職員 |
山口 勝司 技術職員 |
前田 太郎 研究員 |
ランチョンセミナー：
若林 憲一 （東京工業大学 資源化学研究所 准教授）
コース概要：
基礎生物学研究所は、２０１３年９月１９日～２０日の日程でゲノムインフォマティクス・トレーニングコース「次世代ＤＮＡシークエンサーデータ解析入門」を開催します。生物情報学を必ずしも専門としない生物研究者が、次世代シークエンサーから得られるデータを解析し生物学的な情報を抽出するための、基礎的技術と考え方を身に付けることを目的としたコースです。講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行います。
日程：
9月19日（木）
09:30 - 受付（基礎生物学研究所 明大寺地区）
10:00 - 11:00 NGSデータ解析概論
11:00 - 12:00 UNIX入門 (前編)
12:10 - 13:10 ランチョンセミナー* [若林憲一先生（東工大）]
13:20 - 14:20 UNIX入門（後編）
14:30 - 16:00 NGS基本データフォーマット
16:15 - 18:00 NGS基本ツール１:mapping
18:30 - 懇親会
9月20日（金）
09:00 - 12:00 NGS基本ツール２:IGV, ３:samtools
(昼食)
13:00 - 14:00 テキストデータ処理法
14:15 - 17:00 実践演習
*ランチョンセミナー：
「四十の手習い： 緑藻クラミドモナス新奇変異株のゲノムリシーケンスによる変異同定」
若林 憲一（東工大）
過去の本トレーニングコース修了生である若林先生に、トレーニングコースで学んだことがどのようにご自身の研究に活かされたか、苦労話など体験談をまじえながらお話しいただきます。
場所：
基礎生物学研究所 明大寺地区 （アクセスの詳細はこちらをご覧ください）
受講対象者：
次世代DNAシークエンサーを用いた実験を行っている、もしくは行おうとしている研究者。SOLiDおよびIlluminaのプラットフォームが対象。本トレーニングコースは、バイオインフォマティクス専門家の養成コースではなく、いわゆる”wet”研究者がどのようにインフォマティクスを自分の研究課題に援用するかを学ぶことを目指している。UNIXやプログラミングの基礎を含めて、特に前提知識は必要としませんが、多少の予習をお願する場合があります。
実習内容：
| ①次世代シークエンサーのデータ解析概論 |
| ②UNIX入門・プログラミング入門 |
| ③次世代シークエンサーの基本データフォーマット |
| ④次世代シークエンサーの基本ツール |
| ⑤実践演習 |
①次世代シークエンサーのデータ解析概論：次世代DNAシークエンサーを用いた研究を概観し、そのデータ解析手法の現状と問題点を概説する。そして、日々進歩している次世代シークエンサーのデータ解析のためには、われわれ生物学者は何を学ばなければいけないか、を提案する。
②UNIX入門・プログラミング入門：次世代DNAシークエンサーのデータ解析にはUNIXのツールの利用が必須である。UNIXの基礎を学ぶ。また、Rubyという言語を用いて最小限のプログラミング手法も学ぶ。
③次世代シークエンサーの基本データフォーマット：fastq, GFF, BAM, bedなど次世代シークエンサーデータで頻用されるフォーマットを理解する。
④次世代シークエンサーの基本ツール：基本フォーマットを処理するための基本ツール(samtools, bedtoolsなど）を使いこなせるようにする。さらに、マッピングデータをIGVなどのツールを使って可視化する。
⑤実践演習：実データを使って実戦的な演習を行う。演習にはMacOSXを利用する。マシンは基生研が用意する。
前回の様子
受講申し込み：
受講料：無料（懇親会費及び弁当代4,000円程度集金予定）
申し込み〆切：２０１３年８月５日（月）
募集定員：１２名
申込方法：
実習受講希望者は、下記より応募して下さい。
応募登録フォーム
応募者多数の場合は選考となります。受講の可否は８月２３日 (金)までにメールにてお知らせします。
その他：
使用パソコンについて
今回のコースでは、研究所で用意したパソコンを用いて実習を行います。よって、パソコンの持参は必要ありません。
宿泊について
宿泊は、研究所周辺のホテルをご利用下さい。
お問い合わせ：
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
生物機能情報分析室
E-mail : training13@nibb.ac.jp
TEL : 0564-55-7670
