オーガナイザー：重信 秀治（基礎生物学研究所・生物機能解析センター・特任准教授）
講師：重信 秀治（同上）
佐藤 昌直（基礎生物学研究所・発生遺伝学研究部門・助教）
山口 勝司（基礎生物学研究所・生物機能解析センター・技術職員）
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重信 秀治 特任准教授 |
佐藤 昌直 助教 |
山口 勝司 技術職員 |
コース概要：
基礎生物学研究所は、2012年3月22日〜23日の日程でゲノムインフォマティクス・トレーニングコース「トランスクリプトームデータ解析入門」を開催します。生物情報学を必ずしも専門としない生物研究者が、次世代シークエンサー（RNA-seq）やマイクロアレイ(遺伝子発現アレイ)から得られる網羅的な遺伝子発現データを解析し生物学的な情報を抽出するための、基礎的技術と考え方を身に付けることを目的としたコースです。講義とコンピュー タを用いた演習を組み合わせて行います。
プログラム：
3月22日（木）
9:30 - 受付開始
10:00 - 11:00 トランスクリプトームデータ解析概論
11:00 - 12:00 統計学入門
(Lunch:食堂)
13:00 - 14:00 統計学入門
14:30 - 15:30 R入門
15:30 - 17:00 RNA-seqの解析パイプライン
17:00 - 18:00 マッピングデータの基本フォーマットと基本ツール
18:30 - 懇親会
3月23日（金）
9:00 - 11:00 発現データ解析 I: Normalization, differential expression analysis
11:15 - 12:15 発現データ解析 II: 多変量解析
(Lunch:食堂)
13:15 - 14:15 発現データ解析 II: 多変量解析
14:30 - 16:00 実践演習
場所：
基礎生物学研究所 明大寺地区 （アクセスの詳細はこちらをご覧ください）
受講対象者：
トランスクリプトーム実験を行っている、もしくは行おうとしている研究者。次世代シークエンサーのRNA-seqデータ解析を想定していますが、コース内容のほとんどはマイクロアレイのデータ解析にも適応可能です。言い換えれば、プラットフォームによらない「基礎力」を身に付けることを目標にしています。本トレーニングコースは、バイオインフォマティクス専門家の養成コースではなく、いわゆる”wet”研究者がどのようにインフォマティクス を自分の研究課題に援用するかを学ぶことを目指しています。特に前提知識は必要としませんが、多少の予習をお願いする場合があります。
講習・実習内容：
トランスクリプトームデータ解析概論：次世代DNAシークエンサーやマイクロアレイを用いたトランスクリプトーム研究を概観し、そのデータ解析手法の現状 と問題点を概説する。そして、これらのデータ解析のために、われわれ生物学者は何を学ばなければいけないか、を提案する。
統計学入門・R入門：トランスクリプトームデータを解析するためには、統計学的な考え方、それに基づいた実験デザイン法を身に付けることが必須である。また、種々の統計解析をサポートしたプログラミング言語Rの最小限の使い方を習得する。
RNA-seqの解析パイプライン：次世代シークエンサーから得られるシークエンスデータを発現データにまで変換するパイプラインを理解する。リファレンスゲノムへのマッピングと、遺伝子モデルに基づいたカウントの方法の実際を学ぶ。
マッピングデータの基本フォーマットと基本ツール：次世代シークエンシングデータのマッピングデータはSAM/BAMと呼ばれる業界標準フォーマットで保 存される。RNA-seqのマッピングデータを最大限に活用するために、SAM/BAMファイルの操作法や可視化法を学ぶ。samtoolsとIGVとい うソフトウェアを紹介する。
発現データ解析 I：発現変動のある遺伝子を同定することはトランスクリプトーム解析の主要な目的である。Normalizationとdifferential expression analysisの原理と解析法について学ぶ。
発現データ解析 II：トランスクリプトームのような大規模データから特徴を抽出し、人間が見て仮説を立てられるようにするための概念・方法を学ぶ。遺伝子発現解析における多変量解析は、データセット内の挙動の似ているものをまとめて大規模データをより低い次元のデータに縮約し、それを可視化し、実験者の理解を促す手法である。多変量解析の代表的なものの原理と解析法の実際について学ぶ。
実践演習：実データを使って実戦的な演習を行う。演習にはMacOSXを利用する。マシンは基生研が用意する。
前回の様子
受講申し込み方法：
受講料：無料（懇親会費3,000円程度を別途集金予定）
申し込み〆切：2012年2月10日
募集定員：12名
応募者多数の場合には選考になります。受講の可否は2月17日（金）までにメールにてお知らせします。
実習受講希望者は、下記より応募して下さい。
応募登録フォーム
その他：
使用パソコンについて
今回のコースでは、研究所で用意したパソコンを用いて実習を行います。よって、パソコンの持参は必要ありません。
宿泊について
本研究所内の宿泊施設三島ロッジ（1泊2,400円）をご利用いただけます。希望される方は応募登録フォームにてお申し込み下さい。
お問い合わせ：
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
生物機能情報分析室
E-mail : training11@nibb.ac.jp
