基礎生物学研究所
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2019 夏


「RNA-seq入門 - NGSの基礎からde novo 解析まで」

申込み受付中



1.準備編 : UNIX・R・NGSの基本
2019年5月16日(木) 10:00~17日(金) 17:30

2.実践編 : RNA-seq解析パイプライン
2019年5月30日(木) 10:00~ 31日(金) 17:30


生物情報学を専門としない生命科学研究者を対象に、次世代シーケンシング(NGS)技術を使ったトランスクリプトーム解析(RNA-seq)をどのように実験デザインし、どのように膨大な遺伝子発現データから生物学的な情報を抽出するのか、その基礎的技術と考え方を身に付けることを目的としたコースです。 次世代シーケンスデータのフォーマットの理解などの基礎的事項から、ゲノム情報のない生物種でトランスクリプトーム解析を可能にするde novo RNA-seq 解析などの発展的内容までカバーします。講義とコンピュータを用いた演習を組み合わせて行います。

本コースは、準備編と実践編の2つから構成され、それぞれ2日間の日程で開催されます。準備編では、データ解析を行う際の共通の基盤として、Unixオペレーティングシステム、および統計解析パッケージRの基本的な使い方を学習します。UnixやRのコマンドを使った基本的な処理の流れを習得することを目的としますが、演習では次世代シーケンサーのデータ解析を想定した例題も扱います。実践編では、RNA-seqによる発現変動解析の原理を理解した上で、実践的なデータ解析パイプラインを習得します。

次世代シーケンサーによるトランスクリプトーム実験 (RNA-seq)を行っている、もしくは行おうとしている研究者。本トレーニングコースは、バイオインフォマティクス専門家の養成コースではなく、いわゆる”wet”研究者がどのようにインフォマティクスを自分の研究課題に援用するかを学ぶことを目指しています。準備編と実践編の両方の受講が最も効果的ですが、片方のみの受講も可能です。ただし、実践編のみの受講希望者は、準備編を過去に受講したことがあるか、準備編修了相当のスキルをすでに習得していることを条件とします。

重信 秀治

基礎生物学研究所
生物機能解析センター
特任准教授
【オーガナイザー】

内山 郁夫

基礎生物学研究所
生物機能解析センター
助教
【オーガナイザー】

佐藤 昌直

北海道大学大学院
農学研究院
助教

山口 勝司

基礎生物学研究所
生物機能解析センター
技術主任

西出 浩世

基礎生物学研究所
生物機能解析センター
技術主任

中村 貴宣

基礎生物学研究所
生物機能解析センター
技術職員

尾納 隆大

基礎生物学研究所
生物機能解析センター
技術職員

杉浦 宏樹

基礎生物学研究所
生物機能解析センター
技術職員

「準備編 : UNIX・R・NGSの基本」

2019年5月16日(木)10:00~ 17日(金)17:30

UNIX基礎
シェルスクリプト
R入門
NGS基本データフォーマット
NGS基本ツール
テキスト処理
演習

「実践編 : RNA-seq解析パイプライン」

2019年5月30日(木) 10:00~ 31日(金)17:30

RNA-seq入門 概論
NGS基本データフォーマット復習
NGS基本ツール:Bowtie2、samtools、IGVなど
統計学入門
RNA-seq基礎・トランスクリプトベース・ゲノムベース・de novo
多変量解析
機能アノテーションと GO 解析
実践演習
まとめ

基礎生物学研究所 明大寺地区

アクセスの詳細 »

申し込み受付開始 : 2019年2月8日(金)
申し込み〆切 : 2019年3月31日(日)
募集定員 : 各コース16名
受講料:無料(5月16日に懇親会を予定しています。会費4,000円程度を別途集金予定)

実習受講希望者は、応募登録フォームより応募して下さい。
応募者多数の場合は選考となります。受講の可否は4月12日頃までにメールにてお知らせします。


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使用パソコンについて
今回のコースでは、研究所で用意したパソコンを用いて実習を行います。よって、パソコンの持参は必要ありません。

宿泊について
宿泊は、研究所周辺のホテルをご利用下さい。

研究所周辺のホテル »

自然科学研究機構 基礎生物学研究所
ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース事務局
E-mail : nibb-gitc@nibb.ac.jp
TEL : 0564-55-7670

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