R��GO! (Gene Ontology)�ilast update:2009.9.8)


�ڎ�
  • �͂��߂�
  • R�ɂ‚���
  • �p�b�P�[�W�̃C���X�g�[��
  • �p�C�`���[�g
  • topGO
  • �����N

  • �͂��߂�

    ���̃y�[�W�́AWeb�Ȃǂ̏������ƂɎ������s���낵�����ʂ�������������̂ł��B���e�ɂ‚��Ă͂��������ۏ؂ł��܂���̂ł��炩���߂��������������B �܂��܂����e���s�\���ł����A���X�ɏ��������Ă����\��ł��B�Ԉ���Ă���ӏ����A���w�E����������΍K���ł��B �܂��A���̏���؂��R���J���E�ێ����Ă�������X��A���i����l�X�ȃA�h�o�C�X�����������Ă���A�O���o�C�I�C���t�H�}�e�B�N�X���猤�����j�b�g��c���C���� �Ɋ��ӂ������܂��B

    ���̃y�[�W���ŗp����F�ɂ‚��Ă̐����F
    �R�����g
    ���ɂ��Ȃ��Ă������R�}���h

  • R�ɂ‚���

    R���g�����}�C�N���A���C�f�[�^��͂ɂ‚��ẮA��c�����R�Ń}�C�N���A���C�f�[�^������������������BCEL�t�@�C���̓ǂݍ��݂���A �f�[�^�̐��K���A�N���X�^��́A�Q�Ԕ�r�ɂ�锭�����̔F�߂����`�q�̒��o�A�Ƃ����������́i�Ő�[���܂ށj��@�ɂ‚��ċ�̗�������ĉ������Ă��܂��B �����ł́A�u�����ɍ��̂����`�q�̃Z�b�g�͎�ɂ��邱�Ƃ��ł����B���x�͂��̈�`�q�Z�b�g�i�Q�ԂŔ����ɍ��������`�q�̃Z�b�g�j�̋@�\�I�����ɂ‚��Ēm�肽���B�v�Ƃ������Ƃ��̎��̈����ڎw���܂��B

  • �p�b�P�[�W�̃C���X�g�[��


    �O������FR���C���X�g�[������Ă��邱�Ɓi�{�y�[�W���M���_�ł�2.9.2���ŐV�j�B�i���Ӂj�������A�ȉ��ɂ‚��Ă͌����_��R-2.7.2�ł�������m�F���ł��Ă��܂���B2.9.2�ł͂��܂�����܂���i���ݒ������ł��j
    ���o�[�W������R�̃C���X�g�[�����@�����������Q�ƁB�ŐV�ł����������Q�ƁB

    -�֘A����p�b�P�[�W�̃C���X�g�[��-

    Bioconductor����A

    goTools
    rat2302
    topGO

    �̊e�p�b�P�[�W���_�E�����[�h�A�C���X�g�[�����܂��BR���N�����āA�R���\�[���Ɉȉ����R�s�[�y�[�X�g�i�ŏ��̈��݂̂���OK�j�B

    #------    ��������    ------
    source("http://bioconductor.org/biocLite.R")#���܂��Ȃ�
    biocLite("goTools")#goTools�p�b�P�[�W�̃C���X�g�[��
    biocLite("hgu133a")#hgu133a�p�b�P�[�W�̃C���X�g�[��
    biocLite("rat2302")#rat2302�p�b�P�[�W�̃C���X�g�[��
    biocLite("topGO", dependencies=TRUE)#'topGO' ����т��̑��K�v�ƂȂ�eXML�f, �eRBGL�f, �egraph�f, �eSparseM�f, �eALL�f,
    #�ehgu95av2.db�f, �emulttest�f, �eRgraphviz�f, �ehgu133a.db�f��9�‚̃p�b�P�[�W���C���X�g�[������܂�
    
    #------    �����܂�    ------

  • �p�C�`���[�g�i�p�b�P�[�W�FgoTools�j

    ���o������`�q�Z�b�g�̒��ɂ����`�q�̋@�\�������ƕ��ނ��āA�p�C�`���[�g�ŕ\�������B

    -goTools�p�b�P�[�W�Ɋ܂܂�Ă���T���v���f�[�^���g���ė��K-

    1. ����

    R�̃R���\�[���Ɉȉ��̃R�}���h��ł����ށi�R�s�[�y�[�X�g�j�ƁA�p�b�P�[�W"goTools"�ƃT���v���f�[�^���ǂݍ��܂�܂��B

    #------    ��������    ------
    library(goTools) #�p�b�P�[�W�̓ǂݍ���
    data(probeID) #�T���v���f�[�^�iprobeID�j�̓ǂݍ���
    
    #------    �����܂�    ------

    �Ȃ��A�����Ŏg��ontoPlot()�֐��́A�‹��ɂ���Ă͂��܂����삵�Ȃ�������A�v�Z�@�p���[�̖��Ŏ��Ԃ����������肷�邱�Ƃ�����܂��B����Ȏ��̂��߂ɁA�v�Z���ʂ��i�[�����I�u�W�F�N�g��p�ӂ��܂����B

    res
    res2
    res3
    res4
    res5

    �ȏ�����̍��ŗ��K���s���O�ɁA��L�e�����N���N���b�N���A�u�ۑ��v�ō�ƃf�B���N�g���i�f�X�N�g�b�v�Ȃǁj�Ƀ_�E�����[�h���Ă����Ă��������B

    �p�b�P�[�W�Ɋ܂܂�Ă���T���v���f�[�^�̏ꍇ�͍�ƃf�B���N�g���͎w�肵�Ȃ��Ă������ł����A�㔼�̎��O�f�[�^��z�肵�����ڂł͂��炩���ߍ�ƃf�B���N�g�����w�肷��K�v������܂��B���̒i�K�ŗႦ�΁u�f�X�N�g�b�v�v�Ȃǂ���ƃf�B���N�g���ɂ��Ă����A��L�I�u�W�F�N�g���_�E�����[�h���Ă����Ƃ悢�Ǝv���܂��B
    ���ɁA�R���\�[����

    #------    ��������    ------
    ls() #�ǂݍ��܂�Ă���I�u�W�F�N�g��\��
    
    #------    �����܂�    ------

    �Ɠ��́i�R�s�[�y�[�X�g�j���܂��B

    [1] "affylist" "operonlist"

    �ƕ\������Ă���΃p�b�P�[�W�̃C���X�g�[���A�ǂݍ��݁A�T���v���f�[�^�̓ǂݍ��ݑS�Ă����܂������Ă��܂��B

    ���ۂɎ����̃f�[�^�ɉ��p���邽�߂ɂ́A�T���v���f�[�^���ǂ̂悤�Ȍ`���ŋL�q����Ă��邩 �i�ǂ̂悤�ȃI�u�W�F�N�g�Ƃ���R�ɓǂݍ��܂�Ă��邩�j��m��K�v������܂��B "affylist" "operonlist"�́u���X�g�i�x�N�g����s��ȂLjقȂ�\���̃f�[�^���W�߂� 1 �‚̃I�u�W�F�N�g�ɂ������́j�v�ł��B

    �f�[�^�𒭂߂Ă݂�ɂ́A
    #------    ��������    ------
    affylist #"affylist"�̓��e��\��
    
    #------    �����܂�    ------

    �Ɠ��́i�R�s�[�y�[�X�g�j���܂��B����Ȋ���(affylist.txt)�ɏo�͂����͂��ł��BL1�AL2�AL3�͂��ꂼ��100�A90�A70�‚�Affy_ID����Ȃ�Alist�`���̃f�[�^�i�I�u�W�F�N�g�j�ł��邱�Ƃ��킩��܂��B���̌�ɏo�Ă���A"ontoCompare()"�Ƃ����֐��́A���͂�list�`���̃I�u�W�F�N�g���K�v�Ȃ悤�ł��Blist�́Aaffylist�̒��g�ł���L1�AL2�AL3�̂悤�ɈقȂ钷���̃x�N�g���𓯎��Ɉ�����̂ŕ֗��ł��B

    2. �T���v���f�[�^���AontoCompare()�֐����g���ăf�t�H���g�ŃZ�b�g����Ă���GO Term���ɖ_�O���t�\��

    #------    ��������    ------
    par(mar = c(10, 4, 5, 3))  #�O���t��`�悷��̈���w��
    res <- ontoCompare(affylist, probeType = "hgu133a", plot = FALSE)  #"affylist"�̓��e��ǂݍ���ŁA�f�t�H���g�ŃZ�b�g����Ă���End Node�ɑ�����Affy_ID�̊����iL1�̏ꍇ��100�AL2��90�AL3��70�‚����ꂼ��1�Ƃ��������j��_�O���t�ŕ\��(plot =�@FALSE�Ƃ��Ă���̂ŕ\������Ȃ��j
    ontoPlot(res)  #�_�O���t��\��
    #------    �����܂�    ------

    �����Ƃ������̂��߂ɃI�u�W�F�N�g��p�ӂ��Ă����܂����B��L�ɂ��܂�Ɏ��Ԃ�������A�Ƃɂ������ʂ��������A�Ƃ����Ƃ��ɂ͈ȉ����R�s�y���Ă��������B
    #------    ��������    ------
    load("090814_affylist_res")  #���炩���ߌv�Z���Ă������I�u�W�F�N�gres2�̓ǂݍ���
    windows(height=9, width=13)  #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j
    par(mar = c(10, 4, 5, 3))  #�O���t��`�悷��̈���w��
    ontoPlot(res)  #�_�O���t��\��
    
    #------    �����܂�    ------

    3. �T���v���f�[�^���A�f�t�H���g�ŃZ�b�g����Ă���GO Term����ontoCompare()�֐����g���ăp�C�`���[�g�\��

    #------    ��������    ------
    res2 <- ontoCompare(affylist["L1"], probeType = "hgu133a", method = "TIDS", plot = FALSE)  #"Affylist"�̒���"L1"�݂̂̓��e��ǂݍ���ŁA�f�t�H���g�ŃZ�b�g����Ă���End Node�ɑ�����Affy_ID�̊�����res2�Ɋi�[(plot =�@FALSE�Ȃ̂ŃO���t�͕\������Ȃ��j
    windows(height=9, width=13)  #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j
    par(mar = c(5, 8, 5, 8))   #�O���t��`�悷��̈���w��
    ontoPlot(res2, cex = 0.7)  #�p�C�`���[�g�ŕ\���i�ǂݍ���list�̒��g���x�N�g��1�‚����̏ꍇ�̓p�C�`���[�g�A2�ˆȏ�̃x�N�g���̏ꍇ�͖_�O���t�ŕ\�������Bcex�͕����T�C�Y�̎w��ŁA���̏ꍇ��0.7�j
    
    #------    �����܂�    ------

    �����Ƃ������̂��߂ɃI�u�W�F�N�g��p�ӂ��Ă����܂����B��L�ɂ��܂�Ɏ��Ԃ�������A�Ƃɂ������ʂ��������A�Ƃ����Ƃ��ɂ͈ȉ����R�s�y���Ă��������B
    #------    ��������    ------
    load("090814_affylist_L1_res2")  #���炩���ߌv�Z���Ă������I�u�W�F�N�gres2�̓ǂݍ���
    windows(height=9, width=13)  #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j
    par(mar = c(1, 2, 1, 2))   #�O���t��`�悷��̈���w��
    ontoPlot(res2, cex=0.7)  #�p�C�`���[�g�ŕ\���i�����T�C�Y0.7�j
    
    #------    �����܂�    ------

    goTools��PDF�}�j���A��


    -�e�L�X�g�t�@�C���`���̃T���v���f�[�^���g���ė��K-

    1. ����

    �T���v���f�[�^1 (BATtop300.txt)
    �T���v���f�[�^2 (WATtop300.txt)
    �T���v���f�[�^3 (Livertop300.txt)

    2008�N�����̘_�����B���ꂼ��24���Ԑ�H���b�g�̊��F���b�g�D�A���F���b�g�D�A�̑��ɂ����āA�R���g���[���ɔ�ׂĔ����㏸�������300��`�q�̃��X�g�ł��B

    �o�b�N�O���E���h�f�[�^1 (all.txt)

    Rat Genome 230 2.0�ɓ��ڂ���Ă���Sprobe set ID�̃��X�g�ł��B
    �ȏ�����̍��ŗ��K���s���O�ɁA��ƃf�B���N�g����(�t�@�C�����E�N���b�N���āu�Ώۂ��t�@�C���ɕۑ��v��)�_�E�����[�h���Ă����Ă��������B


    2. �T���v���f�[�^1���A�f�t�H���g�ŃZ�b�g����Ă���GO Term����ontoCompare()�֐����g���ăp�C�`���[�g�\��

    ���ۂɎ����̃f�[�^�ɉ��p���邽�߂ɂ́A�f�[�^�����X�g�`���œǂݍ��ޕK�v������܂��B���͂����Ō��\��J���܂����B�܂����s������������܂��B�ŏ��́A�Ƃ肠����read.table()�֐��Ńt�@�C����ǂݍ���ŁAlist�`���Ɍ�t���ŕϊ����Ă��΂悢�Ǝv���A�ȉ��̂悤��
    #------    ��������    ------
    BAT <- as.list(NULL)  #BAT(list�`���j�̏����� 
    data <- read.table("BATtop300.txt", header = T)  #�f�[�^�̓ǂݍ��� 
    BAT <- as.list(data)  #�f�[�^�̌^��list�ɕϊ��ABAT�Ɋi�[ 
    BAT  #BAT�̒��g��\�� 
    page(BAT)  #�ʃy�[�W��BAT��\�� 
    
    #------    �����܂�    ------

    ��낤�Ƃ��Č����ɂ����܂����B�ǂݍ��߂Ă������Ȃ̂ł����A���g����L��affylist��operonlist�Ɣ�r����Ɣ����ɈႤ�i"Affy_ID"��""�ł������Ă��Ȃ��A�v�f�������Ƃ��ĔF������Ă��Ȃ��j���Ƃ��킩��܂��B�����ontoCompare()���g�����Ƃ���ƁA�G���[���o�đ���܂���B ���낢�뒲�ׂĂ��������ɁA�f�[�^�̓ǂݍ��݂�ʂ̕��@�ł��Ƃ��܂��������ƂɋC���‚��܂����iWeb�T�C�g�uR-Tips�v�́u46.����Ђ낢�v���Q�Ƃ��܂����j�B
    #------    ��������    ------
    BAT <- scan("BATtop300.txt", list(Probe_ID=""),skip=1)  #�f�[�^�̓ǂݍ��݁Alist�Ƃ��ēǂݍ���ŁA"Probe_ID"��񃉃x���A1�s�ځi�v�f�Ƃ��Ă�"Probe_ID"�j�͓ǂݍ��܂Ȃ� 
    BAT  #BAT�̒��g��\�� 
    
    #------    �����܂�    ------

    ���ꂾ�ƁAaffylist�Ȃǂ̌`���Ɠ����悤�ɓǂݍ��߂Ă���悤�Ɍ����܂��B�T���v���f�[�^1�̒��g�̓x�N�g������‚����ł��̂ŁAontoCompare()�֐��ɂ���ăp�C�`���[�g���o�͂����͂��ł��B�p�C�`���[�g��`�����Ă݂܂��傤�B�������A�ȉ��̓p�\�R���̃X�y�b�N�ɂ���Ă͔��Ɏ��Ԃ�������”\��������܂��B���̌��ݎg���Ă���iMac (3.06 Ghz, Intel Core 2 Duo, 4GB������, OSX 10.5.8�j���Ə\�����Ōv�Z���I���܂����A�ȑO�g�p���Ă���Windows�}�V�� ���ƈ�ӂ�����܂����B
    #------    ��������    ------
    res3 <- ontoCompare(BAT["Probe_ID"], probeType = "rat2302", goType="BP")  #"BAT"�̒���"Probe_ID"�݂̂̓��e��ǂݍ���ŁAGO��Biological Process �ȉ���End Node�ɑ�����Affy_ID�̊�����res�Ɋi�[(�����I�Ɏw�肵�Ȃ��Ɓ@plot =�@FALSE�Ȃ̂ŃO���t�͕\������Ȃ��j
    windows(height=9, width=13)  #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j
    par(mar = c(1, 2, 1, 2))   #�O���t��`�悷��̈���w��
    ontoPlot(res3, cex=0.9)  #�p�C�`���[�g�ŕ\���i�����T�C�Y0.9�j
    
    #------    �����܂�    ------

    �����Ƃ������̂��߂ɃI�u�W�F�N�g��p�ӂ��Ă����܂����B��L�ɂ��܂�Ɏ��Ԃ�������A�Ƃɂ������ʂ��������A�Ƃ����Ƃ��ɂ͈ȉ����R�s�y���Ă��������B
    #------    ��������    ------
    load("090814_BATtop300_res3")  #���炩���ߌv�Z���Ă������I�u�W�F�N�gres3�̓ǂݍ���
    windows(height=9, width=13)  #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j
    par(mar = c(1, 2, 1, 2))   #�O���t��`�悷��̈���w��
    ontoPlot(res3, cex=0.9)  #�p�C�`���[�g�ŕ\���i�����T�C�Y0.9�j
    
    #------    �����܂�    ------

    3. �����T���v���f�[�^���A�J�X�^�}�C�Y����GO Term����ontoCompare()�֐����g���Ė_�O���t�\���i1�j

    �������A�����̓�������f�[�^�Z�b�g�ɂ‚��Ăǂ̂悤�ȋ@�\����������`�q���ǂ̂��炢�܂܂�Ă��邩�ɂ‚��āA�p�C�`���[�g�ŕ\���̂��悢�̂ł����A���̃f�[�^�Z�b�g�Ɣ�r�������A���邢�̓o�b�N�O���E���h�f�[�^�Ɣ�r�������A�Ȃ�Ă������Ƃ�����Ǝv���܂��B�܂��A�f�t�H���g�̕��ނ����łȂ��A�����ł�����x�@�\���ނ��w�肵�����A�Ƃ������Ƃ�����Ǝv���܂��B����ȃP�[�X�ɂ��Ή��”\�ł��B����Ă݂܂��傤�B
    #------    ��������    ------
    hoge <- scan("all.txt", list(all=""),skip=1)�@ #�o�b�N�O���E���h�f�[�^�̓ǂݍ���
    hoge2 <- scan("Livertop300.txt", list(top_300=""),skip=1)�@ #�̑��f�[�^�̓ǂݍ���
    hoge4 <- scan("BATtop300.txt", list(top_300=""),skip=1)�@ #���F���b�g�D�f�[�^�̓ǂݍ���
    hoge5 <- scan("WATtop300.txt", list(top_300=""),skip=1)�@ #���F���b�g�D�f�[�^�̓ǂݍ���
    hoge6 <- c(list(hoge[[1]]),list(hoge2[[1]]),list(hoge4[[1]]),list(hoge5[[1]])) #list()��()�̒��g�̓��X�g�ł͂Ȃ��x�N�^�[�ɂ���K�v������݂����B
    myname <- c("all", "Liver", "BAT","WAT")       # ���x�����‚���B�iR-tips 26:names�����Ɨv�f�̃��x���Q�Ɓj
    names(hoge6) <- myname  #�t�������x�����I�u�W�F�N�g"hoge6"�̃��x���Ƃ��Ďg�p
    
    #������endnode���ȉ��̃Z�b�g�ł���Ă݂�
    #GO:0006810 : transport ( 15525 ) 
    #GO:0006629 : lipid metabolism ( 3599 ) 
    #GO:0008152 : metabolism ( 51001 ) 
    #GO:0009058 : biosynthesis ( 14115 ) 
    #GO:0005975 : carbohydrate metabolism ( 3823 ) 
    #GO:0006259 : DNA metabolism ( 5122 ) 
    #GO:0019538 : protein metabolism ( 16428 )
    #GO:0016070 : RNA metabolism ( 3603 ) 
    
    BPendnode <- c("GO:0006810","GO:0006629","GO:0008152","GO:0009058","GO:0005975","GO:0006259","GO:0019538","GO:0016070")  #��L��GO term���J�X�^�}�C�Y����EndNode�Ƃ��ăZ�b�g
    
    windows(height=9, width=13)  #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j
    par(xpd=T) #�`��p�����[�^�̐ݒ�i��}�̈�ɂ����܂�悤�Ɂj
    par(cex=0.8, mai=c(1.5,0.7,0.7,0.5)) #�`��p�����[�^�̐ݒ�i���x���̎��̑傫���A�}�[�W���i������E�j�j
    res4 <- ontoCompare(hoge6, probeType = "rat2302", endnode = BPendnode, goType="BP",plot =F) #�J�X�^�}�C�Y����EndoNodde��p����Blist�̐���2�ˆȏ�Ȃ̂Ŗ_�O���t�ɂȂ�͂�
    ontoPlot(res4)  #���ʂ́i�_�j�O���t��\��
    
    #------    �����܂�    ------

    �����Ƃ������̂��߂ɃI�u�W�F�N�g��p�ӂ��Ă����܂����B��L�ɂ��܂�Ɏ��Ԃ�������A�Ƃɂ������ʂ��������A�Ƃ����Ƃ��ɂ͈ȉ����R�s�y���Ă��������B
    #------    ��������    ------
    load("090814_Barplot_res4")  #���炩���ߌv�Z���Ă������I�u�W�F�N�gres4�̓ǂݍ���
    windows(height=9, width=13)  #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j
    par(xpd=T) #�`��p�����[�^�̐ݒ�i��}�̈�ɂ����܂�悤�Ɂj
    par(cex=0.8, mai=c(1.5,0.7,0.7,0.5)) #�`��p�����[�^�̐ݒ�i���x���̎��̑傫���A�}�[�W���i������E�j�j
    ontoPlot(res4)  #�O���t��\��
    
    #------    �����܂�    ------

    4. �����T���v���f�[�^���A�J�X�^�}�C�Y����GO Term����ontoCompare()�֐����g���Ė_�O���t�\���i2�j

    ���ۂɘ_�������������́A��s����R-Y. Li et al,BBRC 344(2006)562-570�̘_���̐}���Q�l�ɂ��܂����B���̘_���Ŏg���Ă������ނ����ƂɁAEndNode���J�X�^�}�C�Y���Ă݂܂��B
    #------    ��������    ------
    #endnode�̃Z�b�g���AR-Y. Li et al,BBRC 344(2006)562-570�̘_���ɋ߂Â��Ă݂�
    
    #GO:0008150 : biological_process ( 144962 )
    #GO:0051301 : cell division ( 1060 ) 
    #GO:0007154 : cell communication ( 12527 ) 
    #GO:0006928 : cell motility ( 1752 ) 
    #GO:0007582 : physiological process ( 94562 )  
    #GO:0006955 : immune response ( 1522 ) 
    #GO:0006350 : transcription ( 8833 )  
    #GO:0006412 : protein biosynthesis ( 6116 )
    #GO:0008152 : metabolism ( 51001 )  
    
    BPendnode2 <- c("GO:0008150","GO:0051301","GO:0007154","GO:0006928","GO:0007582","GO:0006955","GO:0006350","GO:0006412","GO:0008152")  #��L�_���̃Z�b�g�ɋ߂��J�e�S��
    
    windows(height=9, width=13)  #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j
    par(xpd=T) #�`��p�����[�^�̐ݒ�i��}�̈�ɂ����܂�悤�Ɂj
    par(cex=0.8, mai=c(1.5,0.7,0.7,0.5)) #�`��p�����[�^�̐ݒ�i���x���̎��̑傫���A�}�[�W���i������E�j�j
    res5 <- ontoCompare(hoge6, probeType = "rat2302", endnode = BPendnode2, goType="BP",plot =F) #�J�X�^�}�C�Y����EndoNodde��p����Blist�̐���2�ˆȏ�Ȃ̂Ŗ_�O���t�ɂȂ�͂�
    ontoPlot(res5)  #���ʂ́i�_�j�O���t��\��
    
    #------    �����܂�    ------

    �����Ƃ������̂��߂ɃI�u�W�F�N�g��p�ӂ��Ă����܂����B��L�ɂ��܂�Ɏ��Ԃ�������A�Ƃɂ������ʂ��������A�Ƃ����Ƃ��ɂ͈ȉ����R�s�y���Ă��������B
    #------    ��������    ------
    load("090814_Barplot_res5")  #���炩���ߌv�Z���Ă������I�u�W�F�N�gres4�̓ǂݍ���
    windows(height=9, width=13)  #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j
    par(xpd=T) #�`��p�����[�^�̐ݒ�i��}�̈�ɂ����܂�悤�Ɂj
    par(cex=0.8, mai=c(1.5,0.7,0.7,0.5)) #�`��p�����[�^�̐ݒ�i���x���̎��̑傫���A�}�[�W���i������E�j�j
    ontoPlot(res5)  #�O���t��\��
    
    #------    �����܂�    ------

  • topGO�i�H�����j

    topGO�́A����GO term�ɂ‚��āA�u�������A�b�v���[�h������`�q�Z�b�g���ɐ�߂邻�̃J�e�S���Ɋ܂܂���`�q�̊����v�ƁA �u�o�b�N�O���E���h�i����̏ꍇ��GeneChip��̑S�v���[�u�Z�b�g�j���ɐ�߂邻�̃J�e�S���Ɋ܂܂���`�q�̊����v�Ƃ��r���A �ǂ�قǗL�ӂɊ��������܂��Ă��邩�i�Z�k����Ă��邩�j���v�Z���A�O���t�\�����Ă���܂��B������Gene Enrichment Analysis���s�����߂̃p�b�P�[�W�ł��B ���q�l�b�g���[�N���Ž������鋭�͂ȃc�[���ł���"Cytoscape"�́A�v���O�C���ł���"BiNGO"�Ƃ悭�����o�͂��Ԃ��Ă��܂��B

    �i�����jR�̑��ɁAGraphviz�Ƃ����\�t�g�i�t���[�j���K�v�B���̕ӁiR�P�Ƃłł��Ȃ��Ƃ����_�j��������Ƃ߂�ǂ������ł��ˁBR���N������O�ɁA Graphviz�̃T�C�g�́ADownload����

  • graphviz-2.24.msi�i�����_��Windows��stable�̍ŐV�o�[�W�����j

    ���f�X�N�g�b�v�Ƀ_�E�����[�h����B�f�X�N�g�b�v�̏�L�A�C�R�����_�u���N���b�N���A�C���X�g�[������B�ݒ蓙�͑S�ăf�t�H���g��OK�B

    �X�^�[�g���j���[���R���g���[���p�l�����V�X�e�����ڍאݒ聄�‹��ϐ��@���`�F�b�N�A"�V�X�e���‹��ϐ�"�̒����X�N���[���_�E������"Path"��\���A�N���b�N���ĕҏW�A "C:\Program Files\Graphviz2.24\bin";�@���Ō�ɂ����‚��Ă�����A�Z�~�R�������c���ăN�H�[�e�[�V�����}�[�N���͂����B�ŏI�I�ɁA

    �E�E�E;C:\Program Files\Graphviz 2.24\bin;

    �Ƃ����L�q�ɂȂ��OK�B

    �̂͂��������̂ł����AWindows Vista��R-2.9.1�Ƃ����‹��ł͏�L�ŐV��graphviz���C���X�g�[�����Ă��G���[���o�čŌ�̃O���t���o�͂���܂���Bgraphviz�̕��̖��̂悤�ł��B

    -ALL�p�b�P�[�W�Ɋ܂܂�Ă���T���v���f�[�^���g���ė��K-

    #------    ��������    ------
    library(topGO)
    library(ALL)
    data(ALL)
    ls()
    
    BPterms <- ls(GOBPTerm)
    str(BPterms)
    
    affyLib <- paste(annotation(ALL), "db", sep = ".")
    library(package = affyLib, character.only = TRUE)
    
    library(genefilter)
    
    f1 <- pOverA(0.25, log2(100))
    f2 <- function(x) (IQR(x) > 0.5)
    ff <- filterfun(f1, f2)
    eset <- ALL[genefilter(ALL, ff), ]
    ls()
    
    geneNames <- featureNames(eset)
    length (geneNames)
    
    myInterestedGenes <- sample(geneNames, 100)
    geneList <- factor(as.integer(geneNames %in% myInterestedGenes))
    names(geneList) <- geneNames
    str(geneList)
    
    GOdata <- new("topGOdata", ontology = "MF", allGenes = geneList, annot = annFUN.db, affyLib = affyLib)
    
    test.stat <- new("classicCount", testStatistic = GOFisherTest,name = "Fisher test")
    resultFis <- getSigGroups(GOdata, test.stat)
    
    showSigOfNodes(GOdata, score(resultFis), firstTerms = 5,useInfo = "all")
    
    #------    �����܂�    ------

    �����N

    R�Ń}�C�N���A���C�f�[�^��́i��c����j
    R�{�Ƃ̃T�C�g
    Bioconductor
    CRAN�i�}�g��w�̃~���[�T�C�g�j
    R & Bioconductor Manual


    ���[���A�h���X���ł��B
    ���ӌ��A�����z�����҂����Ă��܂��B