#------ �������� ------ source("http://bioconductor.org/biocLite.R")#���܂��Ȃ� biocLite("goTools")#goTools�p�b�P�[�W�̃C���X�g�[�� biocLite("hgu133a")#hgu133a�p�b�P�[�W�̃C���X�g�[�� biocLite("rat2302")#rat2302�p�b�P�[�W�̃C���X�g�[�� biocLite("topGO", dependencies=TRUE)#'topGO' ����т��̑��K�v�ƂȂ�eXML�f, �eRBGL�f, �egraph�f, �eSparseM�f, �eALL�f, #�ehgu95av2.db�f, �emulttest�f, �eRgraphviz�f, �ehgu133a.db�f��9�̃p�b�P�[�W���C���X�g�[������܂� #------ �����܂� ------
#------ �������� ------ library(goTools) #�p�b�P�[�W�̓ǂݍ��� data(probeID) #�T���v���f�[�^�iprobeID�j�̓ǂݍ��� #------ �����܂� ------�Ȃ��A�����Ŏg��ontoPlot()���́A���ɂ���Ă͂��܂����삵�Ȃ�������A�v�Z�@�p���[�̖��Ŏ��Ԃ����������肷�邱�Ƃ�����܂��B����Ȏ��̂��߂ɁA�v�Z���ʂ��i�[�����I�u�W�F�N�g��p�ӂ��܂����B
#------ �������� ------ ls() #�ǂݍ��܂�Ă���I�u�W�F�N�g��\�� #------ �����܂� ------�Ɠ��́i�R�s�[�y�[�X�g�j���܂��B
#------ �������� ------ affylist #"affylist"�̓��e��\�� #------ �����܂� ------�Ɠ��́i�R�s�[�y�[�X�g�j���܂��B����Ȋ���(affylist.txt)�ɏo�͂����͂��ł��BL1�AL2�AL3�͂��ꂼ��100�A90�A70��Affy_ID����Ȃ�Alist�`���̃f�[�^�i�I�u�W�F�N�g�j�ł��邱�Ƃ��킩��܂��B���̌�ɏo�Ă���A"ontoCompare()"�Ƃ������́A���͂�list�`���̃I�u�W�F�N�g���K�v�Ȃ悤�ł��Blist�́Aaffylist�̒��g�ł���L1�AL2�AL3�̂悤�ɈقȂ钷���̃x�N�g�����Ɉ�����̂ŕ֗��ł��B
#------ �������� ------ par(mar = c(10, 4, 5, 3)) #�O���t��`�悷��̈���w�� res <- ontoCompare(affylist, probeType = "hgu133a", plot = FALSE) #"affylist"�̓��e��ǂݍ���ŁA�f�t�H���g�ŃZ�b�g����Ă���End Node�ɑ�����Affy_ID�̊����iL1�̏ꍇ��100�AL2��90�AL3��70�����ꂼ��1�Ƃ��������j��_�O���t�ŕ\��(plot =�@FALSE�Ƃ��Ă���̂ŕ\������Ȃ��j ontoPlot(res) #�_�O���t��\�� #------ �����܂� ------�����Ƃ������̂��߂ɃI�u�W�F�N�g��p�ӂ��Ă����܂����B��L�ɂ��܂�Ɏ��Ԃ�������A�Ƃɂ������ʂ��������A�Ƃ����Ƃ��ɂ͈ȉ����R�s�y���Ă��������B
#------ �������� ------ load("090814_affylist_res") #���炩���ߌv�Z���Ă������I�u�W�F�N�gres2�̓ǂݍ��� windows(height=9, width=13) #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j par(mar = c(10, 4, 5, 3)) #�O���t��`�悷��̈���w�� ontoPlot(res) #�_�O���t��\�� #------ �����܂� ------3. �T���v���f�[�^���A�f�t�H���g�ŃZ�b�g����Ă���GO Term����ontoCompare()�����g���ăp�C�`���[�g�\��
#------ �������� ------ res2 <- ontoCompare(affylist["L1"], probeType = "hgu133a", method = "TIDS", plot = FALSE) #"Affylist"�̒���"L1"�݂̂̓��e��ǂݍ���ŁA�f�t�H���g�ŃZ�b�g����Ă���End Node�ɑ�����Affy_ID�̊�����res2�Ɋi�[(plot =�@FALSE�Ȃ̂ŃO���t�͕\������Ȃ��j windows(height=9, width=13) #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j par(mar = c(5, 8, 5, 8)) #�O���t��`�悷��̈���w�� ontoPlot(res2, cex = 0.7) #�p�C�`���[�g�ŕ\���i�ǂݍ���list�̒��g���x�N�g��1�����̏ꍇ�̓p�C�`���[�g�A2�ȏ�̃x�N�g���̏ꍇ�͖_�O���t�ŕ\�������Bcex�͕����T�C�Y�̎w��ŁA���̏ꍇ��0.7�j #------ �����܂� ------�����Ƃ������̂��߂ɃI�u�W�F�N�g��p�ӂ��Ă����܂����B��L�ɂ��܂�Ɏ��Ԃ�������A�Ƃɂ������ʂ��������A�Ƃ����Ƃ��ɂ͈ȉ����R�s�y���Ă��������B
#------ �������� ------ load("090814_affylist_L1_res2") #���炩���ߌv�Z���Ă������I�u�W�F�N�gres2�̓ǂݍ��� windows(height=9, width=13) #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j par(mar = c(1, 2, 1, 2)) #�O���t��`�悷��̈���w�� ontoPlot(res2, cex=0.7) #�p�C�`���[�g�ŕ\���i�����T�C�Y0.7�j #------ �����܂� ------goTools��PDF�}�j���A��
#------ �������� ------ BAT <- as.list(NULL) #BAT(list�`���j�̏����� data <- read.table("BATtop300.txt", header = T) #�f�[�^�̓ǂݍ��� BAT <- as.list(data) #�f�[�^�̌^��list�ɕϊ��ABAT�Ɋi�[ BAT #BAT�̒��g��\�� page(BAT) #�ʃy�[�W��BAT��\�� #------ �����܂� ------��낤�Ƃ��Č����ɂ����܂����B�ǂݍ��߂Ă������Ȃ̂ł����A���g����L��affylist��operonlist�Ɣ�r����Ɣ����ɈႤ�i"Affy_ID"��""�ł������Ă��Ȃ��A�v�f�������Ƃ��ĔF������Ă��Ȃ��j���Ƃ��킩��܂��B�����ontoCompare()���g�����Ƃ���ƁA�G���[���o�đ���܂���B ���낢�뒲�ׂĂ��������ɁA�f�[�^�̓ǂݍ��݂�ʂ̕��@�ł��Ƃ��܂��������ƂɋC�����܂����iWeb�T�C�g�uR-Tips�v�́u46.����Ђ낢�v���Q�Ƃ��܂����j�B
#------ �������� ------ BAT <- scan("BATtop300.txt", list(Probe_ID=""),skip=1) #�f�[�^�̓ǂݍ��݁Alist�Ƃ��ēǂݍ���ŁA"Probe_ID"��x���A1�s�ځi�v�f�Ƃ��Ă�"Probe_ID"�j�͓ǂݍ��܂Ȃ� BAT #BAT�̒��g��\�� #------ �����܂� ------���ꂾ�ƁAaffylist�Ȃǂ̌`���Ɠ����悤�ɓǂݍ��߂Ă���悤�Ɍ����܂��B�T���v���f�[�^1�̒��g�̓x�N�g����������ł��̂ŁAontoCompare()���ɂ���ăp�C�`���[�g���o�͂����͂��ł��B�p�C�`���[�g��`�����Ă݂܂��傤�B�������A�ȉ��̓p�\�R���̃X�y�b�N�ɂ���Ă͔��Ɏ��Ԃ�������\��������܂��B���̌��ݎg���Ă���iMac (3.06 Ghz, Intel Core 2 Duo, 4GB������, OSX 10.5.8�j���Ə\�����Ōv�Z���I���܂����A�ȑO�g�p���Ă���Windows�}�V�� ���ƈ�ӂ�����܂����B
#------ �������� ------ res3 <- ontoCompare(BAT["Probe_ID"], probeType = "rat2302", goType="BP") #"BAT"�̒���"Probe_ID"�݂̂̓��e��ǂݍ���ŁAGO��Biological Process �ȉ���End Node�ɑ�����Affy_ID�̊�����res�Ɋi�[(�����I�Ɏw�肵�Ȃ��Ɓ@plot =�@FALSE�Ȃ̂ŃO���t�͕\������Ȃ��j windows(height=9, width=13) #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j par(mar = c(1, 2, 1, 2)) #�O���t��`�悷��̈���w�� ontoPlot(res3, cex=0.9) #�p�C�`���[�g�ŕ\���i�����T�C�Y0.9�j #------ �����܂� ------�����Ƃ������̂��߂ɃI�u�W�F�N�g��p�ӂ��Ă����܂����B��L�ɂ��܂�Ɏ��Ԃ�������A�Ƃɂ������ʂ��������A�Ƃ����Ƃ��ɂ͈ȉ����R�s�y���Ă��������B
#------ �������� ------ load("090814_BATtop300_res3") #���炩���ߌv�Z���Ă������I�u�W�F�N�gres3�̓ǂݍ��� windows(height=9, width=13) #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j par(mar = c(1, 2, 1, 2)) #�O���t��`�悷��̈���w�� ontoPlot(res3, cex=0.9) #�p�C�`���[�g�ŕ\���i�����T�C�Y0.9�j #------ �����܂� ------3. �����T���v���f�[�^���A�J�X�^�}�C�Y����GO Term����ontoCompare()�����g���Ė_�O���t�\���i1�j
#------ �������� ------ hoge <- scan("all.txt", list(all=""),skip=1)�@ #�o�b�N�O���E���h�f�[�^�̓ǂݍ��� hoge2 <- scan("Livertop300.txt", list(top_300=""),skip=1)�@ #�̑��f�[�^�̓ǂݍ��� hoge4 <- scan("BATtop300.txt", list(top_300=""),skip=1)�@ #���F���b�g�D�f�[�^�̓ǂݍ��� hoge5 <- scan("WATtop300.txt", list(top_300=""),skip=1)�@ #���F���b�g�D�f�[�^�̓ǂݍ��� hoge6 <- c(list(hoge[[1]]),list(hoge2[[1]]),list(hoge4[[1]]),list(hoge5[[1]])) #list()��()�̒��g�̓��X�g�ł͂Ȃ��x�N�^�[�ɂ���K�v������݂����B myname <- c("all", "Liver", "BAT","WAT") # ���x��������B�iR-tips 26:names�����Ɨv�f�̃��x���Q�Ɓj names(hoge6) <- myname #�t�������x�����I�u�W�F�N�g"hoge6"�̃��x���Ƃ��Ďg�p #������endnode���ȉ��̃Z�b�g�ł���Ă݂� #GO:0006810 : transport ( 15525 ) #GO:0006629 : lipid metabolism ( 3599 ) #GO:0008152 : metabolism ( 51001 ) #GO:0009058 : biosynthesis ( 14115 ) #GO:0005975 : carbohydrate metabolism ( 3823 ) #GO:0006259 : DNA metabolism ( 5122 ) #GO:0019538 : protein metabolism ( 16428 ) #GO:0016070 : RNA metabolism ( 3603 ) BPendnode <- c("GO:0006810","GO:0006629","GO:0008152","GO:0009058","GO:0005975","GO:0006259","GO:0019538","GO:0016070") #��L��GO term���J�X�^�}�C�Y����EndNode�Ƃ��ăZ�b�g windows(height=9, width=13) #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j par(xpd=T) #�`��p�����[�^�̐ݒ�i��}�̈�ɂ����܂�悤�Ɂj par(cex=0.8, mai=c(1.5,0.7,0.7,0.5)) #�`��p�����[�^�̐ݒ�i���x���̎��̑傫���A�}�[�W���i������E�j�j res4 <- ontoCompare(hoge6, probeType = "rat2302", endnode = BPendnode, goType="BP",plot =F) #�J�X�^�}�C�Y����EndoNodde��p����Blist�̐���2�ȏ�Ȃ̂Ŗ_�O���t�ɂȂ�͂� ontoPlot(res4) #���ʂ́i�_�j�O���t��\�� #------ �����܂� ------�����Ƃ������̂��߂ɃI�u�W�F�N�g��p�ӂ��Ă����܂����B��L�ɂ��܂�Ɏ��Ԃ�������A�Ƃɂ������ʂ��������A�Ƃ����Ƃ��ɂ͈ȉ����R�s�y���Ă��������B
#------ �������� ------ load("090814_Barplot_res4") #���炩���ߌv�Z���Ă������I�u�W�F�N�gres4�̓ǂݍ��� windows(height=9, width=13) #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j par(xpd=T) #�`��p�����[�^�̐ݒ�i��}�̈�ɂ����܂�悤�Ɂj par(cex=0.8, mai=c(1.5,0.7,0.7,0.5)) #�`��p�����[�^�̐ݒ�i���x���̎��̑傫���A�}�[�W���i������E�j�j ontoPlot(res4) #�O���t��\�� #------ �����܂� ------4. �����T���v���f�[�^���A�J�X�^�}�C�Y����GO Term����ontoCompare()�����g���Ė_�O���t�\���i2�j
#------ �������� ------ #endnode�̃Z�b�g���AR-Y. Li et al,BBRC 344(2006)562-570�̘_���ɋ߂Â��Ă݂� #GO:0008150 : biological_process ( 144962 ) #GO:0051301 : cell division ( 1060 ) #GO:0007154 : cell communication ( 12527 ) #GO:0006928 : cell motility ( 1752 ) #GO:0007582 : physiological process ( 94562 ) #GO:0006955 : immune response ( 1522 ) #GO:0006350 : transcription ( 8833 ) #GO:0006412 : protein biosynthesis ( 6116 ) #GO:0008152 : metabolism ( 51001 ) BPendnode2 <- c("GO:0008150","GO:0051301","GO:0007154","GO:0006928","GO:0007582","GO:0006955","GO:0006350","GO:0006412","GO:0008152") #��L�_���̃Z�b�g�ɋ߂��J�e�S�� windows(height=9, width=13) #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j par(xpd=T) #�`��p�����[�^�̐ݒ�i��}�̈�ɂ����܂�悤�Ɂj par(cex=0.8, mai=c(1.5,0.7,0.7,0.5)) #�`��p�����[�^�̐ݒ�i���x���̎��̑傫���A�}�[�W���i������E�j�j res5 <- ontoCompare(hoge6, probeType = "rat2302", endnode = BPendnode2, goType="BP",plot =F) #�J�X�^�}�C�Y����EndoNodde��p����Blist�̐���2�ȏ�Ȃ̂Ŗ_�O���t�ɂȂ�͂� ontoPlot(res5) #���ʂ́i�_�j�O���t��\�� #------ �����܂� ------�����Ƃ������̂��߂ɃI�u�W�F�N�g��p�ӂ��Ă����܂����B��L�ɂ��܂�Ɏ��Ԃ�������A�Ƃɂ������ʂ��������A�Ƃ����Ƃ��ɂ͈ȉ����R�s�y���Ă��������B
#------ �������� ------ load("090814_Barplot_res5") #���炩���ߌv�Z���Ă������I�u�W�F�N�gres4�̓ǂݍ��� windows(height=9, width=13) #��}�̈�̎w��i����9�C���`�A��13�C���`�j par(xpd=T) #�`��p�����[�^�̐ݒ�i��}�̈�ɂ����܂�悤�Ɂj par(cex=0.8, mai=c(1.5,0.7,0.7,0.5)) #�`��p�����[�^�̐ݒ�i���x���̎��̑傫���A�}�[�W���i������E�j�j ontoPlot(res5) #�O���t��\�� #------ �����܂� ------
#------ �������� ------ library(topGO) library(ALL) data(ALL) ls() BPterms <- ls(GOBPTerm) str(BPterms) affyLib <- paste(annotation(ALL), "db", sep = ".") library(package = affyLib, character.only = TRUE) library(genefilter) f1 <- pOverA(0.25, log2(100)) f2 <- function(x) (IQR(x) > 0.5) ff <- filterfun(f1, f2) eset <- ALL[genefilter(ALL, ff), ] ls() geneNames <- featureNames(eset) length (geneNames) myInterestedGenes <- sample(geneNames, 100) geneList <- factor(as.integer(geneNames %in% myInterestedGenes)) names(geneList) <- geneNames str(geneList) GOdata <- new("topGOdata", ontology = "MF", allGenes = geneList, annot = annFUN.db, affyLib = affyLib) test.stat <- new("classicCount", testStatistic = GOFisherTest,name = "Fisher test") resultFis <- getSigGroups(GOdata, test.stat) showSigOfNodes(GOdata, score(resultFis), firstTerms = 5,useInfo = "all") #------ �����܂� ------R�Ń}�C�N���A���C�f�[�^��́i��c����j