基礎生物学研究所
生物データ解析のための・Python AI プログラミング・トレーニングコース 2024


生物データ解析のための・Python AI プログラミング・トレーニングコース 2024
日程:2024年9月18日(水)~ 9月19日(木)
場所:基礎生物学研究所(オンサイト(現地)のみ)


コース内容:
データ解析のためのPythonプログラミングの基礎(講義と演習)
プログラミング入門からデータ解析まで
開発環境の整備
AI(深層学習)の基礎(講義と演習)
AIによる画像解析の実装(講義と演習)

参加費:無料

参加は、原則として全日程参加可能な人に限ります。
申込多数の場合は、勝手ながら事務局で選考の上、受講のニーズが高いと判断される方を優先します。ねらいをご覧ください。

申込み締切:8月 18 日(日)

主催:基礎生物学研究所/基礎生物学研究所 超階層生物学センター AI解析室
/科学研究費助成事業 学術変革領域研究 学術研究支援基盤形成「先端バイオイメージング支援プラットフォーム」

近年、生命科学においてデータサイエンスの重要性が増しています。すなわち、顕微鏡画像、トランスクリプトームといった多様な情報が取得可能になったことで、これらのデータを扱う技術、および、そこから生物学的に意味のある情報を抽出する技術が必要不可欠になりつつあります。さらに、深層学習AIの技術の急速な発展も相まって、上記の情報に対してAIを用いて研究するという論文が多数発表されるようになりました。一方で、生命科学系研究者の多くが、多量のデータを扱う技術や知識に疎いこともあり、必ずしも実験で得られたデータがデータサイエンスの土俵に効果的に乗っていないという現状があります。本トレーニングコースにおいては、生命科学系研究者が上記に関する基礎的な知識と技術を習得することを目指します。

具体的には、データサイエンスを実行する上での代表的な基盤であるpythonプログラミング技術、ならびに、その発展版としてAIの活用を指向した講義と演習を行います。また、既に開催実績のある「生物画像データ解析トレーニングコース」との連続的発展性を考慮して、AIを用いた画像解析をとりあげます。

これらの講義と演習を通して、基本的な解析は自身で実施可能な技術を習得するとともに、高度な解析については基礎的な知識を理解した上で専門家に相談できるようになることを目指します。

小山 宏史

基礎生物学研究所
初期発生研究部門
助教
【代表】

加藤 輝

基礎生物学研究所
超階層生物学センター
バイオイメージング解析室
RMC助教

渡辺 英治

基礎生物学研究所
超階層生物学センター
AI解析室
准教授

杉浦 宏樹

基礎生物学研究所
超階層生物学センター
データ統合解析室
技術職員

中村 貴宣

基礎生物学研究所
超階層生物学センター
データ統合解析室
技術主任

西出 浩世

基礎生物学研究所
超階層生物学センター
データ統合解析室
技術係長

スーパーバイザー

藤森 俊彦

基礎生物学研究所
超階層生物学センター長


上野 直人

基礎生物学研究所
超階層生物学センター
バイオイメージング解析室
特任教授

1日目:2024年9月18日(水)

12:30 – 13:00 受付
13:00 – 13:20 はじめに
13:20 – 14:10 pythonの導入
14:10 – 14:30 休憩
14:30 – 15:50 プログラミングの基礎
15:50 – 16:00 休憩
16:00 – 16:50 データの入出力
16:50 – 17:10 休憩
17:10 – 19:00 基礎的なデータ解析と演習
懇親会(参加希望者)

2日目:2024年9月19日(木)

09:00 – 09:30 ファイル名の操作
09:30 – 09:40 休憩
09:40 – 10:40 ユーザ定義関数・class
10:40 – 10:50 休憩
10:50 – 12:20 深層学習の基礎
12:20 – 13:10 昼休憩
13:20 – 14:00 基盤AI講義、画像処理の基本の講義
14:00 – 14:10 休憩
14:10 – 17:00 深層学習AIによる画像解析

*日程・講義内容は現時点での予定です.今後の状況に応じ変更される可能性があります.

会場は基礎生物学研究所 明大寺キャンパス(愛知県岡崎市明大寺町西郷中38)1階会議室(111)です。

基礎生物学研究所へのアクセスは こちらを参照してください。

宿泊は各自で近隣のホテルをご予約ください。もしお困りのことがありましたら事務局までお問い合わせください。

申し込みフォームは近日(7月中)公開の予定です。
申し込みフォーム(Google Formsを利用しています)からお申し込み下さい。

受講人数は 16 名程度を予定しています。申込多数の場合は、勝手ながら世話人一同で選考の上、受講の必要性が高いと判断される方を優先します。

選考にあたっては本コースの「ねらい」によく合致する方を優先しています。 現在進行形でデータ解析・画像解析を試みている、かつ孤軍奮闘で頑張っている方は、私達が最も応援したいと考えている対象です。

また、イメージングやデータ解析のfacilityのスタッフとして多くの研究者のサポートに当たっている方も、ご自身の研究として解析対象となるデータ・画像はお持ちではないことが多いかと思われますが、 本コースの講習内容を広くご活用いただけるであろうことを考慮し、ご参加を歓迎いたしております。

また、講師陣が受講者のニーズを把握して効果的な講義・実習を実施するために、コース中に受講者の研究概要をお尋ねする場合がございます。コース中の議論の俎上にあがることの可否についてあらかじめご自身の研究責任者(研究室主宰者等)とご相談していただくよう御願い致します。

受講の採否は 8月下旬 を目処にお伝えする予定です。

本コースに関する問い合わせは
E-mail: sugiura@nibb.ac.jp(杉浦宏樹)
迄お願いします。


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基礎生物学研究所(明大寺地区):岡崎市明大寺町字西郷中38